 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 5012 | 回復(fù): 12 | |||||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||||||
thelrgbird金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
關(guān)于VASP一些瑣事的求助（K點(diǎn)，吸附優(yōu)化等）
|
||||||
|
請教一下大家一些問題，我用的軟件是VASP： 首先對于吸附計(jì)算來說，一開始要進(jìn)行吸附材料的結(jié)構(gòu)優(yōu)化計(jì)算。一般在優(yōu)化的時候是不是直接ISIF=3進(jìn)行優(yōu)化就可以了？如果被吸附的物質(zhì)只是一個材料的某一片層的話，我可不可以直接對bulk進(jìn)行ISIF=3的優(yōu)化，然后對bulk切出我想要的那個面，直接用ISIF=2，（假設(shè)片層材料包括四層），固定第四層的原子，將其余的原子進(jìn)行弛豫，進(jìn)行優(yōu)化呢？ 上面說的是結(jié)構(gòu)優(yōu)化時ISIF參數(shù)設(shè)置的問題，接下來就是K點(diǎn)設(shè)置的問題了： 我看到好多做計(jì)算的人的k點(diǎn)設(shè)置都是n*n*y（例如8*8*1；11*11*3等等）。那他們的K點(diǎn)是怎么確定下來的呢？先做前兩個參數(shù)的篩選，然后在進(jìn)行第三個參數(shù)的篩選嗎？對于n*n*y這樣參數(shù)的設(shè)置的方法與n*n*n這樣設(shè)置的方法在計(jì)算上會不會明顯的節(jié)約資源？還有的就是奇偶數(shù)字的問題，我在manu上看到：“It is recommended to use even meshes (e.g. 8*8*8) for up to n=8 . From there on odd meshes are more efficient (e.g.11*11*11 ).” 但是我在文獻(xiàn)中也常�？吹�5*5*5的K點(diǎn)出現(xiàn)，請問這是什么原因呢？ （對于K點(diǎn)我還有一個疑問就是看木蟲上很多人的K點(diǎn)都可以直接用一個個小格子畫出來，具體專業(yè)性的描述我不大清楚怎么說，以前我沒有接觸過，想順便在此也請教大家一下怎么畫？以及畫出來的圖像與實(shí)際的體相材料有什么樣的聯(lián)系？） 說完了K點(diǎn)的設(shè)置接下來就是吸附的過程了。在我吸附的時候被吸附原子在添加之前以及添加之后一定會對原本的體相材料的對稱性有一定的影響，那么這樣的話，我還可以仍舊使用原來體相材料的K點(diǎn)參數(shù)進(jìn)行計(jì)算嗎？這樣的計(jì)算還會準(zhǔn)嗎？需不需要再一次的進(jìn)行K-mesh搜尋之后再進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化呢？ 最后就是一個比較實(shí)際的問題，在我目前的計(jì)算當(dāng)中常常會出現(xiàn)內(nèi)存不足的現(xiàn)象（我只是做一個H在Ni的(111)面吸附的一個過程，體系中只有1個H和36個Ni原子），但是在計(jì)算的過程中，我通過估算manu上一個公式的估算，算出我這個體系需要約70GB的內(nèi)存才能夠計(jì)算出來，因此我的這個任務(wù)因內(nèi)存溢出而失敗了。我在木蟲上看到有人用的是一個叫做make***的東西來預(yù)測內(nèi)存使用的，不知道是怎么預(yù)測的呢？還有就是通過什么辦法可以讓我的內(nèi)存使用降低部分呢？ 由于我是我們組第一個搞計(jì)算的人，很多基礎(chǔ)性的問題不是很懂，問的問題有些很幼稚，讓你給大家見笑了。麻煩大家?guī)兔χ更c(diǎn)一下，不勝感激！ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 VASP | VASP | first principle | 第一性原理 |
| 仿真建模與計(jì)算 |
» 猜你喜歡
290求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿西南交通 專碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
295復(fù)試調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
279分求調(diào)劑 一志愿211
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
工科材料085601 279求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
274求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
招收調(diào)劑碩士
已經(jīng)有11人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助關(guān)于vasp磁矩設(shè)置的說明書的詳細(xì)理解
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 新手求助~關(guān)于VASP位置優(yōu)化的問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】VASP求助
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于vasp進(jìn)行分子動力學(xué)模擬的求助
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】簡單問題----關(guān)于vasp晶格優(yōu)化
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于vasp NEB
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于vasp態(tài)密度計(jì)算
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】vasp 5.2 光學(xué)計(jì)算的一些細(xì)節(jié)
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】vasp中關(guān)于電場單位的問題
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】vasp算不了嗎
已經(jīng)有23人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于鋰原子vasp計(jì)算后的1s2s2p分波態(tài)密度處理
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】vasp5.2異常退出的問題
已經(jīng)有16人回復(fù)
thelrgbird
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 1250.1
- 散金: 25
- 帖子: 150
- 在線: 89.8小時
- 蟲號: 597343
- 注冊: 2008-09-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
★
WDD880227(金幣+1): 歡迎交流~~ 2011-12-23 08:36:25
WDD880227(金幣+1): 歡迎交流~~ 2011-12-23 08:36:25
|
這里是總體技術(shù)指標(biāo)： （1）峰值速度4700TFlops，持續(xù)速度2566TFlops（LINPACK實(shí)測值），內(nèi)存總?cè)萘?62TB，存儲總?cè)萘?PB。 （2）計(jì)算處理系統(tǒng)：包含7168個計(jì)算結(jié)點(diǎn)和1024個服務(wù)結(jié)點(diǎn)。每個計(jì)算結(jié)點(diǎn)包含2路英特爾CPU和一路英偉達(dá)GPU，每個服務(wù)結(jié)點(diǎn)包含2路飛騰CPU。全系統(tǒng)共計(jì)23552個微處理器，其中英特爾至強(qiáng)X5670 CPU（2.93GHz、6核）14336個、飛騰－1000 CPU（1.0GHz、8核）2048個、英偉達(dá)M2050 GPU（1.15GHz、14核/448個CUDA核）7168個，CPU核共計(jì)102400個，GPU核共計(jì)100352個。 （3）互連通信系統(tǒng)：采用自主設(shè)計(jì)的高階路由芯片NRC和高速網(wǎng)絡(luò)接口芯片NIC，實(shí)現(xiàn)光電混合的胖樹結(jié)構(gòu)高階路由網(wǎng)絡(luò)，鏈路雙向帶寬160Gbps，延遲1.57us。 （4）輸入輸出系統(tǒng)：采用Lustre全局分布共享并行I/O結(jié)構(gòu)，6個元數(shù)據(jù)管理結(jié)點(diǎn)，128個對象存儲結(jié)點(diǎn)，總?cè)萘?PB。 （5）監(jiān)控診斷系統(tǒng)：采用分布式集中管理結(jié)構(gòu)，實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)實(shí)時安全監(jiān)測、控制和調(diào)試診斷。 （6）基礎(chǔ)架構(gòu)系統(tǒng)：采用高密度雙面對插組裝結(jié)構(gòu)，冷凍水空調(diào)密閉風(fēng)冷散熱。環(huán)境溫度10℃～35℃，濕度10％～90％。 （7）操作系統(tǒng)：64位麒麟Linux，面向高性能并行計(jì)算優(yōu)化，支持能耗管理、高性能虛擬計(jì)算域等，可廣泛支持第三方應(yīng)用軟件。 （8）編譯系統(tǒng)：支持C、C++、Fortran77/90/95、Java語言，支持OpenMP、MPI并行編程，支持異構(gòu)協(xié)同編程框架，高效發(fā)揮CPU和GPU的協(xié)同計(jì)算能力。 |
4樓2011-12-22 21:03:59
cenwanglai
榮譽(yù)版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
- 1ST強(qiáng)帖: 5
- 應(yīng)助: 46 (小學(xué)生)
- 貴賓: 8.842
- 金幣: 7440.4
- 散金: 9654
- 紅花: 118
- 沙發(fā): 23
- 帖子: 5306
- 在線: 1961.4小時
- 蟲號: 537452
- 注冊: 2008-04-01
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
- 管轄: 仿真模擬
2樓2011-12-22 20:47:41
thelrgbird
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 1250.1
- 散金: 25
- 帖子: 150
- 在線: 89.8小時
- 蟲號: 597343
- 注冊: 2008-09-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
★
WDD880227(金幣+1): 感謝交流~~ 2011-12-23 08:36:02
WDD880227(金幣+1): 感謝交流~~ 2011-12-23 08:36:02
|
我用的是天河1A大系統(tǒng)進(jìn)行計(jì)算的，硬件方面不是很懂，下面是粘貼的他們網(wǎng)站上的信息： “二期系統(tǒng)（TH-1A）于2010年8月在國家超級計(jì)算天津中心升級完成，峰值速度提升為4700TFlops，持續(xù)速度提升為2566TFlops（LINPACK實(shí)測值），部分采用了自主研制的飛騰－1000中央處理器。” 我所擁有的是3個節(jié)點(diǎn)，每個節(jié)點(diǎn)有兩個CPU，每個CPU有6個核；一個核分配2G內(nèi)存。 因此我總共有3個節(jié)點(diǎn)，6個CPU，36個核，72GB的內(nèi)存 |
3樓2011-12-22 21:02:27
★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+3): 很有用，感謝交流~~~感謝對本版的幫助~~~ 2011-12-23 08:37:33
liliangfang(金幣+1): 多謝交流，很有用 2011-12-23 09:05:38
fzx2008(金幣+2): 講的很好 2011-12-23 09:16:10
thelrgbird(金幣+20): ★★★很有幫助 謝謝指教！俺還有些細(xì)節(jié)問題想要咨詢一下，麻煩您再看一下，謝謝！ 2011-12-23 10:34:06
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+3): 很有用，感謝交流~~~感謝對本版的幫助~~~ 2011-12-23 08:37:33
liliangfang(金幣+1): 多謝交流，很有用 2011-12-23 09:05:38
fzx2008(金幣+2): 講的很好 2011-12-23 09:16:10
thelrgbird(金幣+20): ★★★很有幫助 謝謝指教！俺還有些細(xì)節(jié)問題想要咨詢一下，麻煩您再看一下，謝謝！ 2011-12-23 10:34:06
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
5樓2011-12-23 00:36:41
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +6 | 困于星晨 2026-03-17 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +4 | 申子申申 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！ +3 | lemonzzn 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +7 | sllhht 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
 271材料工程求調(diào)劑
+7
|
.6lL 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +9 | 冷笙123 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[教師之家] 焦慮 +9 | 水冰月月野兔 2026-03-13 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +6 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)336分求調(diào)劑 +6 | zbzihdhd 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +5 | 煙火先于春 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請] 被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +5 | heming3743 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請]
今年的國基金是打分制嗎？
 50+3
|
zhanghaozhu 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +4 | 這么名字咋樣 2026-03-14 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 297一志愿上交085600求調(diào)劑 +5 | 指尖八千里 2026-03-14 | 5/250 |
|