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ice_rain鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】關(guān)于vasp進行分子動力學(xué)模擬的求助
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我對分子動力學(xué)一點也不了解，就想模擬一下氧化表面小分子的動力學(xué)行為。（不知道表述清楚不）遇到問題如下 1.POSCAR 中加上Selective dynamics， 除了標記是做動力學(xué)模擬之外，是否有固定原子的作用。 2.由于是氧化表面，分子的吸附對表面影響不是很大，如果能固定個別原子，是否能只讓吸附分子進行優(yōu)化�；蛘咦屢粋�top layer也relax 3.關(guān)于模擬時間的問題，我沒有做過動力學(xué)模擬的測試，一般的100多個原子的體系，1000步，動力學(xué)要用多少時間（CPU時間）（問題很弱，主要權(quán)衡時間和效果，有沒有必要進行計算）。關(guān)于模擬體系的時間問題，如果是水分子，大約多少ps合適，或者多少步合適。 目前想到這些問題。謝謝大家的幫助。 |
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valenhou001
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★ ★ ★
bingmou(金幣+3):感謝侯老師 2010-10-27 16:33:15
ice_rain(金幣+5):侯老師太牛了。謝謝指導(dǎo) 2010-10-27 22:19:01
bingmou(金幣+3):感謝侯老師 2010-10-27 16:33:15
ice_rain(金幣+5):侯老師太牛了。謝謝指導(dǎo) 2010-10-27 22:19:01
| 做MD之前，先要弄清楚，你想要研究或想了解的是什么問題。就你提到的“氧化表面小分子的動力學(xué)行為”，如果要進行分子動力學(xué)的模擬，需要做constraint MD 或restarint MD，前者是直接固定某些自由度并通過shake算法來實現(xiàn)，而后者通過加入某些限制的potential來限制自由度，這兩者在當前版本的vasp中都沒有實現(xiàn)。你可以改用CPMD里面的cpmd分子動力學(xué)，以及quantum-esspresso里面的pw.x模塊里面基于BOMD的分子動力學(xué)，或cp.x模塊基于cpmd分子動力學(xué)模擬。 |
10樓2010-10-27 13:10:45
江山8806
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| 祝福�。� |
4樓2010-10-27 08:38:45
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7樓2010-10-27 09:22:59
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