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thelrgbird

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[求助] 關(guān)于VASP一些瑣事的求助（K點，吸附優(yōu)化等）

請教一下大家一些問題，我用的軟件是VASP：
首先對于吸附計算來說，一開始要進(jìn)行吸附材料的結(jié)構(gòu)優(yōu)化計算。一般在優(yōu)化的時候是不是直接ISIF=3進(jìn)行優(yōu)化就可以了？如果被吸附的物質(zhì)只是一個材料的某一片層的話，我可不可以直接對bulk進(jìn)行ISIF=3的優(yōu)化，然后對bulk切出我想要的那個面，直接用ISIF=2，（假設(shè)片層材料包括四層），固定第四層的原子，將其余的原子進(jìn)行弛豫，進(jìn)行優(yōu)化呢？

上面說的是結(jié)構(gòu)優(yōu)化時ISIF參數(shù)設(shè)置的問題，接下來就是K點設(shè)置的問題了：
我看到好多做計算的人的k點設(shè)置都是n*n*y（例如8*8*1；11*11*3等等）。那他們的K點是怎么確定下來的呢？先做前兩個參數(shù)的篩選，然后在進(jìn)行第三個參數(shù)的篩選嗎？對于n*n*y這樣參數(shù)的設(shè)置的方法與n*n*n這樣設(shè)置的方法在計算上會不會明顯的節(jié)約資源？還有的就是奇偶數(shù)字的問題，我在manu上看到：“It is recommended to use even meshes (e.g. 8*8*8) for up to n=8 . From there on odd meshes are more efficient (e.g.11*11*11 ).” 但是我在文獻(xiàn)中也常�？吹�5*5*5的K點出現(xiàn)，請問這是什么原因呢？

（對于K點我還有一個疑問就是看木蟲上很多人的K點都可以直接用一個個小格子畫出來，具體專業(yè)性的描述我不大清楚怎么說，以前我沒有接觸過，想順便在此也請教大家一下怎么畫？以及畫出來的圖像與實際的體相材料有什么樣的聯(lián)系？）

說完了K點的設(shè)置接下來就是吸附的過程了。在我吸附的時候被吸附原子在添加之前以及添加之后一定會對原本的體相材料的對稱性有一定的影響，那么這樣的話，我還可以仍舊使用原來體相材料的K點參數(shù)進(jìn)行計算嗎？這樣的計算還會準(zhǔn)嗎？需不需要再一次的進(jìn)行K-mesh搜尋之后再進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化呢？

最后就是一個比較實際的問題，在我目前的計算當(dāng)中常常會出現(xiàn)內(nèi)存不足的現(xiàn)象（我只是做一個H在Ni的(111)面吸附的一個過程，體系中只有1個H和36個Ni原子），但是在計算的過程中，我通過估算manu上一個公式的估算，算出我這個體系需要約70GB的內(nèi)存才能夠計算出來，因此我的這個任務(wù)因內(nèi)存溢出而失敗了。我在木蟲上看到有人用的是一個叫做make***的東西來預(yù)測內(nèi)存使用的，不知道是怎么預(yù)測的呢？還有就是通過什么辦法可以讓我的內(nèi)存使用降低部分呢？

由于我是我們組第一個搞計算的人，很多基礎(chǔ)性的問題不是很懂，問的問題有些很幼稚，讓你給大家見笑了。麻煩大家?guī)兔χ更c一下，不勝感激！

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1樓 2011-12-22 20:14:51

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zhxd1028

禁蟲 (小有名氣)

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thelrgbird(金幣+80): ★★★★★最佳答案雙手奉上俺的金幣，謝謝幫助！對我來說太有用了！能加一個qq嗎？以后有機會多多交流。謝謝！ 2011-12-23 13:26:12
WDD880227(金幣+2): 很有幫助~~謝謝交流~~ 2011-12-23 14:50:19
liliangfang(金幣+2): 多謝指教 2011-12-23 14:50:20
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WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 14:59:53
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 15:00:20
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 15:00:37
WDD880227(金幣+20): 樓主要求給你追加的金幣~~~謝謝交流~~~ 2011-12-23 15:01:04

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thelrgbird

7樓2011-12-23 13:16:16

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cenwanglai

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WDD880227(金幣+1): 歡迎交流~~ 2011-12-23 08:35:26

說說你的計算硬件~

嗯，列出計算硬件列表吧：cpu個數(shù)，核數(shù)，主頻，內(nèi)存~

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2樓2011-12-22 20:47:41

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thelrgbird

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WDD880227(金幣+1): 感謝交流~~ 2011-12-23 08:36:02

引用回帖:

2樓: Originally posted by cenwanglai at 2011-12-22 20:47:41:
說說你的計算硬件~

嗯，列出計算硬件列表吧：cpu個數(shù)，核數(shù)，主頻，內(nèi)存~

我用的是天河1A大系統(tǒng)進(jìn)行計算的，硬件方面不是很懂，下面是粘貼的他們網(wǎng)站上的信息：
“二期系統(tǒng)（TH-1A）于2010年8月在國家超級計算天津中心升級完成，峰值速度提升為4700TFlops，持續(xù)速度提升為2566TFlops（LINPACK實測值），部分采用了自主研制的飛騰－1000中央處理器�！�
我所擁有的是3個節(jié)點，每個節(jié)點有兩個CPU，每個CPU有6個核；一個核分配2G內(nèi)存。
因此我總共有3個節(jié)點，6個CPU，36個核，72GB的內(nèi)存

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3樓2011-12-22 21:02:27

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WDD880227(金幣+1): 歡迎交流~~ 2011-12-23 08:36:25

引用回帖:

2樓: Originally posted by cenwanglai at 2011-12-22 20:47:41:
說說你的計算硬件~

嗯，列出計算硬件列表吧：cpu個數(shù)，核數(shù)，主頻，內(nèi)存~

這里是總體技術(shù)指標(biāo)：

（1）峰值速度4700TFlops，持續(xù)速度2566TFlops（LINPACK實測值），內(nèi)存總?cè)萘?62TB，存儲總?cè)萘?PB。

（2）計算處理系統(tǒng)：包含7168個計算結(jié)點和1024個服務(wù)結(jié)點。每個計算結(jié)點包含2路英特爾CPU和一路英偉達(dá)GPU，每個服務(wù)結(jié)點包含2路飛騰CPU。全系統(tǒng)共計23552個微處理器，其中英特爾至強X5670 CPU（2.93GHz、6核）14336個、飛騰－1000 CPU（1.0GHz、8核）2048個、英偉達(dá)M2050 GPU（1.15GHz、14核/448個CUDA核）7168個，CPU核共計102400個，GPU核共計100352個。

（3）互連通信系統(tǒng)：采用自主設(shè)計的高階路由芯片NRC和高速網(wǎng)絡(luò)接口芯片NIC，實現(xiàn)光電混合的胖樹結(jié)構(gòu)高階路由網(wǎng)絡(luò)，鏈路雙向帶寬160Gbps，延遲1.57us。

（4）輸入輸出系統(tǒng)：采用Lustre全局分布共享并行I/O結(jié)構(gòu)，6個元數(shù)據(jù)管理結(jié)點，128個對象存儲結(jié)點，總?cè)萘?PB。

（5）監(jiān)控診斷系統(tǒng)：采用分布式集中管理結(jié)構(gòu)，實現(xiàn)系統(tǒng)實時安全監(jiān)測、控制和調(diào)試診斷。

（6）基礎(chǔ)架構(gòu)系統(tǒng)：采用高密度雙面對插組裝結(jié)構(gòu)，冷凍水空調(diào)密閉風(fēng)冷散熱。環(huán)境溫度10℃～35℃，濕度10％～90％。

（7）操作系統(tǒng)：64位麒麟Linux，面向高性能并行計算優(yōu)化，支持能耗管理、高性能虛擬計算域等，可廣泛支持第三方應(yīng)用軟件。

（8）編譯系統(tǒng)：支持C、C++、Fortran77/90/95、Java語言，支持OpenMP、MPI并行編程，支持異構(gòu)協(xié)同編程框架，高效發(fā)揮CPU和GPU的協(xié)同計算能力。

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4樓2011-12-22 21:03:59

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zhxd1028

禁蟲 (小有名氣)

★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+3): 很有用，感謝交流~~~感謝對本版的幫助~~~ 2011-12-23 08:37:33
liliangfang(金幣+1): 多謝交流，很有用 2011-12-23 09:05:38
fzx2008(金幣+2): 講的很好 2011-12-23 09:16:10
thelrgbird(金幣+20): ★★★很有幫助謝謝指教！俺還有些細(xì)節(jié)問題想要咨詢一下，麻煩您再看一下，謝謝！ 2011-12-23 10:34:06

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5樓2011-12-23 00:36:41

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引用回帖:

5樓: Originally posted by zhxd1028 at 2011-12-23 00:36:41:
對于H在Ni（111）面的吸附這樣的問題，你的計算條件完全夠了。
回答的問題:
(1)一般來說，表面吸附優(yōu)化結(jié)構(gòu)ISIF=2就行了。
(2)K點的設(shè)置沒有固定的規(guī)則，只要K點夠大，保證K點的精度就可以了。就像文獻(xiàn)中用的5 ...

謝謝幫助！
我還是有一些問題想問一下：
第一個：您說的ISIF=2的優(yōu)化是說對slab的優(yōu)化以及slab吸附完一個原子之后的模型的優(yōu)化這兩個都用ISIF=2的意思嗎？
第二個關(guān)于K點的：
我對K點的篩選是按照侯老師的那個腳本進(jìn)行篩選的，篩選結(jié)果如下：
9 88 -182.505998
11 146 -182.480363
13 231 -182.483605
15 349 -182.487558
17 489 -182.458022
19 670 -182.458942
第一個就是n*n*n中的n；第二個是不可約K點；第三個就是您所說的TOTEN了。因此我用的是17。
對于您所提到的n*n*y中固定比例擴大K點設(shè)置的方法我很感興趣，可不可以麻煩您做一下更詳盡的解釋呢？或者告訴我下在哪里可以看到更詳細(xì)的解釋呢？謝謝啦。對于您說的那個n*n*y的K點設(shè)置中我還是有一個問題：您說的貌似是對bulk設(shè)置K點的情況吧？對于slab中K點的設(shè)置我認(rèn)為還需要考慮的真空層的大小，那這樣的話，怎么設(shè)置比較好呢？其實我想問的還是如何篩選較好的K點來降低計算成本的問題。
第三個問題還是關(guān)于內(nèi)存的：
在我計算任務(wù)提交之后就會有這樣的log文件產(chǎn)生：
Job started at:  Thu Dec 22 01:15:44 CST 2011
yhrun: error: cn4248: task 25: Killed
yhrun: error: cn4246: task 1: Killed
yhrun: error: cn4248: task 24: Killed
yhrun: error: cn4246: task 0: Killed
yhrun: error: cn4247: task 13: Killed
yhrun: error: cn4247: task 12: Killed
yhrun: error: cn4246: task 5: Killed
yhrun: error: cn4248: task 29: Killed
yhrun: error: cn4247: task 17: Killed
yhrun: error: cn4248: task 26: Killed
yhrun: error: cn4247: task 14: Killed
yhrun: error: cn4248: task 27: Killed
yhrun: error: cn4246: task 3: Killed
yhrun: error: cn4247: task 15: Killed
yhrun: error: cn4246: task 2: Killed
yhrun: First task exited 60s ago
yhrun: tasks 4,6-11,16,18-23,28,30-35: running
yhrun: tasks 0-3,5,12-15,17,24-27,29: exited abnormally
yhrun: Terminating job step 110086.0
slurmd[cn4246]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:07 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn4248]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:18:07 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn4247]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:00 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
slurmd[cn4246]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:07 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn4247]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:00 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn4248]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:18:07 WITH SIGNAL 9 ***
Job finished at:  Thu Dec 22 01:17:08 CST 2011
貌似還是內(nèi)存的問題…… 所以不知道通過什么辦法可以達(dá)到預(yù)先判斷內(nèi)存使用量的方法（之前在網(wǎng)上查到了makeparam這個可以來查詢，但是我還是搞不明白怎么去編譯……麻煩您指導(dǎo)一下。）另外一個問題還是想如何去設(shè)法降低我的內(nèi)存使用量。
我把我的設(shè)置參數(shù)貼上來，請您指教一下：
INCAR：
Start parameter
  NWRITE    = 2
  PREC       = high
  ISTART    = 0
  ICHARG    = 2
  ISPIN       = 2             non spin calculation

Electronic Relaxation  1  (overall)
  ENCUT       = 600.0 eV
  NELM       = 60;    NELMIN =  6;    NELMDL = -10
  EDIFF       = 1E-03
  LREAL       = Auto
  VOSKOWN    = 0

Electronic Relaxation  2  (details)
  ALGO       = Fast

Ionic Relaxation
  EDIFFG    = -.1E-01
  NSW       = 250
  NBLOCK    = 1;    KBLOCK =  250
  IBRION    = 1
  NFREE       = 10
  ISIF       = 2
  IWAVPR    = 11
  ISYM       = 2
  POTIM       = 0.50

DOS related values:
  EMIN       = -10.00; EMAX = 10.00 energy-range for DOS
  ISMEAR    = 2;       SIGMA  = 0.2 broadening in eV -4-tet -1-fermi 0-
gaus

Parallelisation Sets:
  LPLANE =    .F
  NPAR =    6
  NSIM =    4

Write flag
  LWAVE       = .FALSE.
  LCHARG    = .FALSE.
  LVTOT       = .FALSE.
  LORBIT    = .FALSE.

KPOINTS：
A
0
M
17  17  17
0.0 0.0 0.0

所提交任務(wù)的腳本：
#! /bin/bash

export LD_LIBRARY_PATH=/vol-th/lib:/vol-th/lib/mklem64t/:$LD_LIBRARY_PATH

date >> ~/job_list
pwd >> ~/job_list
echo "Job started at: " `date`
yhrun -p TH_NET -n 36 ./vasp > ./out
echo "Job finished at: " `date`
date >> ~/job_list

麻煩您了！如果能幫助我解決這個問題，再加送給您100金幣以表謝意！謝謝！

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回復(fù)此樓

6樓2011-12-23 10:31:26

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引用回帖:

樓: Originally posted by zhxd1028 at 2011-12-23 13:16:16:
第一個問題：我說的ISIF=2就是slab的吸附兩種情況的，因為你只是在Ni（111）吸附H原子，這不會改變模型的大小，只是在這個模型中添加了一個或者數(shù)個原子而已，所以對于模型大小不會有很大的影響，H的吸附之多是對 ...

我第一次用追加金幣…… 沒想到給完金幣就不能再追加了…… 你別著急，我問問版主，看看能不能讓版主幫幫忙，再轉(zhuǎn)給你100金幣…… 謝謝你的幫助！

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8樓2011-12-23 13:29:42

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

內(nèi)存的用量不完全跟原子個數(shù)成正比。
個人認(rèn)為與體系的電子數(shù)，原子核數(shù)有關(guān)更恰當(dāng)些。并且K點越密內(nèi)存用量回急劇上升。
個人愚見。

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回復(fù)此樓

9樓2012-03-24 16:46:52

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707462558

銀蟲 (著名寫手)

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引用回帖:

6樓: Originally posted by thelrgbird at 2011-12-23 10:31:26
謝謝幫助！
我還是有一些問題想問一下：
第一個：您說的ISIF=2的優(yōu)化是說對slab的優(yōu)化以及slab吸附完一個原子之后的模型的優(yōu)化這兩個都用ISIF=2的意思嗎？
第二個關(guān)于K點的：
我對K點的篩選是按照侯老師的那個 ...

你好  我想問下您

第二個關(guān)于K點的：
我對K點的篩選是按照侯老師的那個腳本進(jìn)行篩選的，篩選結(jié)果如下：
9 88 -182.505998
11 146 -182.480363
13 231 -182.483605
15 349 -182.487558
17 489 -182.458022
19 670 -182.458942
第一個就是n*n*n中的n；第二個是不可約K點；第三個就是您所說的TOTEN了。因此我用的是17。
用17的原因是什么呢  我沒有看出來啊
n和k不一樣嗎  n不就是每個方向的k點嗎

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回復(fù)此樓

無論生活和你開了多大的玩笑我們都得繼續(xù)生活

10樓2012-10-17 21:43:29

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