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thelrgbird金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于VASP一些瑣事的求助（K點(diǎn)，吸附優(yōu)化等）
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請(qǐng)教一下大家一些問(wèn)題，我用的軟件是VASP： 首先對(duì)于吸附計(jì)算來(lái)說(shuō)，一開(kāi)始要進(jìn)行吸附材料的結(jié)構(gòu)優(yōu)化計(jì)算。一般在優(yōu)化的時(shí)候是不是直接ISIF=3進(jìn)行優(yōu)化就可以了？如果被吸附的物質(zhì)只是一個(gè)材料的某一片層的話(huà)，我可不可以直接對(duì)bulk進(jìn)行ISIF=3的優(yōu)化，然后對(duì)bulk切出我想要的那個(gè)面，直接用ISIF=2，（假設(shè)片層材料包括四層），固定第四層的原子，將其余的原子進(jìn)行弛豫，進(jìn)行優(yōu)化呢？ 上面說(shuō)的是結(jié)構(gòu)優(yōu)化時(shí)ISIF參數(shù)設(shè)置的問(wèn)題，接下來(lái)就是K點(diǎn)設(shè)置的問(wèn)題了： 我看到好多做計(jì)算的人的k點(diǎn)設(shè)置都是n*n*y（例如8*8*1；11*11*3等等）。那他們的K點(diǎn)是怎么確定下來(lái)的呢？先做前兩個(gè)參數(shù)的篩選，然后在進(jìn)行第三個(gè)參數(shù)的篩選嗎？對(duì)于n*n*y這樣參數(shù)的設(shè)置的方法與n*n*n這樣設(shè)置的方法在計(jì)算上會(huì)不會(huì)明顯的節(jié)約資源？還有的就是奇偶數(shù)字的問(wèn)題，我在manu上看到：“It is recommended to use even meshes (e.g. 8*8*8) for up to n=8 . From there on odd meshes are more efficient (e.g.11*11*11 ).” 但是我在文獻(xiàn)中也常�？吹�5*5*5的K點(diǎn)出現(xiàn)，請(qǐng)問(wèn)這是什么原因呢？ （對(duì)于K點(diǎn)我還有一個(gè)疑問(wèn)就是看木蟲(chóng)上很多人的K點(diǎn)都可以直接用一個(gè)個(gè)小格子畫(huà)出來(lái)，具體專(zhuān)業(yè)性的描述我不大清楚怎么說(shuō)，以前我沒(méi)有接觸過(guò)，想順便在此也請(qǐng)教大家一下怎么畫(huà)？以及畫(huà)出來(lái)的圖像與實(shí)際的體相材料有什么樣的聯(lián)系？） 說(shuō)完了K點(diǎn)的設(shè)置接下來(lái)就是吸附的過(guò)程了。在我吸附的時(shí)候被吸附原子在添加之前以及添加之后一定會(huì)對(duì)原本的體相材料的對(duì)稱(chēng)性有一定的影響，那么這樣的話(huà)，我還可以仍舊使用原來(lái)體相材料的K點(diǎn)參數(shù)進(jìn)行計(jì)算嗎？這樣的計(jì)算還會(huì)準(zhǔn)嗎？需不需要再一次的進(jìn)行K-mesh搜尋之后再進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化呢？ 最后就是一個(gè)比較實(shí)際的問(wèn)題，在我目前的計(jì)算當(dāng)中常常會(huì)出現(xiàn)內(nèi)存不足的現(xiàn)象（我只是做一個(gè)H在Ni的(111)面吸附的一個(gè)過(guò)程，體系中只有1個(gè)H和36個(gè)Ni原子），但是在計(jì)算的過(guò)程中，我通過(guò)估算manu上一個(gè)公式的估算，算出我這個(gè)體系需要約70GB的內(nèi)存才能夠計(jì)算出來(lái)，因此我的這個(gè)任務(wù)因內(nèi)存溢出而失敗了。我在木蟲(chóng)上看到有人用的是一個(gè)叫做make***的東西來(lái)預(yù)測(cè)內(nèi)存使用的，不知道是怎么預(yù)測(cè)的呢？還有就是通過(guò)什么辦法可以讓我的內(nèi)存使用降低部分呢？ 由于我是我們組第一個(gè)搞計(jì)算的人，很多基礎(chǔ)性的問(wèn)題不是很懂，問(wèn)的問(wèn)題有些很幼稚，讓你給大家見(jiàn)笑了。麻煩大家?guī)兔χ更c(diǎn)一下，不勝感激！ |
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WDD880227(金幣+2): 很有幫助~~謝謝交流~~ 2011-12-23 14:50:19
liliangfang(金幣+2): 多謝指教 2011-12-23 14:50:20
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 14:59:46
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WDD880227(金幣+20): 樓主要求給你追加的金幣~~~謝謝交流~~~ 2011-12-23 15:01:04
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WDD880227(金幣+2): 很有幫助~~謝謝交流~~ 2011-12-23 14:50:19
liliangfang(金幣+2): 多謝指教 2011-12-23 14:50:20
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7樓2011-12-23 13:16:16
cenwanglai
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老和山猥瑣派九段
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2樓2011-12-22 20:47:41
thelrgbird
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WDD880227(金幣+1): 感謝交流~~ 2011-12-23 08:36:02
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我用的是天河1A大系統(tǒng)進(jìn)行計(jì)算的，硬件方面不是很懂，下面是粘貼的他們網(wǎng)站上的信息： “二期系統(tǒng)（TH-1A）于2010年8月在國(guó)家超級(jí)計(jì)算天津中心升級(jí)完成，峰值速度提升為4700TFlops，持續(xù)速度提升為2566TFlops（LINPACK實(shí)測(cè)值），部分采用了自主研制的飛騰－1000中央處理器�！� 我所擁有的是3個(gè)節(jié)點(diǎn)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)有兩個(gè)CPU，每個(gè)CPU有6個(gè)核；一個(gè)核分配2G內(nèi)存。 因此我總共有3個(gè)節(jié)點(diǎn)，6個(gè)CPU，36個(gè)核，72GB的內(nèi)存 |
3樓2011-12-22 21:02:27
thelrgbird
金蟲(chóng) (小有名氣)
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這里是總體技術(shù)指標(biāo)： （1）峰值速度4700TFlops，持續(xù)速度2566TFlops（LINPACK實(shí)測(cè)值），內(nèi)存總?cè)萘?62TB，存儲(chǔ)總?cè)萘?PB。 （2）計(jì)算處理系統(tǒng)：包含7168個(gè)計(jì)算結(jié)點(diǎn)和1024個(gè)服務(wù)結(jié)點(diǎn)。每個(gè)計(jì)算結(jié)點(diǎn)包含2路英特爾CPU和一路英偉達(dá)GPU，每個(gè)服務(wù)結(jié)點(diǎn)包含2路飛騰CPU。全系統(tǒng)共計(jì)23552個(gè)微處理器，其中英特爾至強(qiáng)X5670 CPU（2.93GHz、6核）14336個(gè)、飛騰－1000 CPU（1.0GHz、8核）2048個(gè)、英偉達(dá)M2050 GPU（1.15GHz、14核/448個(gè)CUDA核）7168個(gè)，CPU核共計(jì)102400個(gè)，GPU核共計(jì)100352個(gè)。 （3）互連通信系統(tǒng)：采用自主設(shè)計(jì)的高階路由芯片NRC和高速網(wǎng)絡(luò)接口芯片NIC，實(shí)現(xiàn)光電混合的胖樹(shù)結(jié)構(gòu)高階路由網(wǎng)絡(luò)，鏈路雙向帶寬160Gbps，延遲1.57us。 （4）輸入輸出系統(tǒng)：采用Lustre全局分布共享并行I/O結(jié)構(gòu)，6個(gè)元數(shù)據(jù)管理結(jié)點(diǎn)，128個(gè)對(duì)象存儲(chǔ)結(jié)點(diǎn)，總?cè)萘?PB。 （5）監(jiān)控診斷系統(tǒng)：采用分布式集中管理結(jié)構(gòu)，實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)實(shí)時(shí)安全監(jiān)測(cè)、控制和調(diào)試診斷。 （6）基礎(chǔ)架構(gòu)系統(tǒng)：采用高密度雙面對(duì)插組裝結(jié)構(gòu)，冷凍水空調(diào)密閉風(fēng)冷散熱。環(huán)境溫度10℃～35℃，濕度10％～90％。 （7）操作系統(tǒng)：64位麒麟Linux，面向高性能并行計(jì)算優(yōu)化，支持能耗管理、高性能虛擬計(jì)算域等，可廣泛支持第三方應(yīng)用軟件。 （8）編譯系統(tǒng)：支持C、C++、Fortran77/90/95、Java語(yǔ)言，支持OpenMP、MPI并行編程，支持異構(gòu)協(xié)同編程框架，高效發(fā)揮CPU和GPU的協(xié)同計(jì)算能力。 |
4樓2011-12-22 21:03:59
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+3): 很有用，感謝交流~~~感謝對(duì)本版的幫助~~~ 2011-12-23 08:37:33
liliangfang(金幣+1): 多謝交流，很有用 2011-12-23 09:05:38
fzx2008(金幣+2): 講的很好 2011-12-23 09:16:10
thelrgbird(金幣+20): ★★★很有幫助 謝謝指教！俺還有些細(xì)節(jié)問(wèn)題想要咨詢(xún)一下，麻煩您再看一下，謝謝！ 2011-12-23 10:34:06
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+3): 很有用，感謝交流~~~感謝對(duì)本版的幫助~~~ 2011-12-23 08:37:33
liliangfang(金幣+1): 多謝交流，很有用 2011-12-23 09:05:38
fzx2008(金幣+2): 講的很好 2011-12-23 09:16:10
thelrgbird(金幣+20): ★★★很有幫助 謝謝指教！俺還有些細(xì)節(jié)問(wèn)題想要咨詢(xún)一下，麻煩您再看一下，謝謝！ 2011-12-23 10:34:06
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5樓2011-12-23 00:36:41
thelrgbird
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謝謝幫助！ 我還是有一些問(wèn)題想問(wèn)一下： 第一個(gè)：您說(shuō)的ISIF=2的優(yōu)化是說(shuō)對(duì)slab的優(yōu)化以及slab吸附完一個(gè)原子之后的模型的優(yōu)化這兩個(gè)都用ISIF=2的意思嗎？ 第二個(gè)關(guān)于K點(diǎn)的： 我對(duì)K點(diǎn)的篩選是按照侯老師的那個(gè)腳本進(jìn)行篩選的，篩選結(jié)果如下： 9 88 -182.505998 11 146 -182.480363 13 231 -182.483605 15 349 -182.487558 17 489 -182.458022 19 670 -182.458942 第一個(gè)就是n*n*n中的n；第二個(gè)是不可約K點(diǎn)；第三個(gè)就是您所說(shuō)的TOTEN了。因此我用的是17。 對(duì)于您所提到的n*n*y中固定比例擴(kuò)大K點(diǎn)設(shè)置的方法我很感興趣，可不可以麻煩您做一下更詳盡的解釋呢？或者告訴我下在哪里可以看到更詳細(xì)的解釋呢？謝謝啦。對(duì)于您說(shuō)的那個(gè)n*n*y的K點(diǎn)設(shè)置中我還是有一個(gè)問(wèn)題：您說(shuō)的貌似是對(duì)bulk設(shè)置K點(diǎn)的情況吧？對(duì)于slab中K點(diǎn)的設(shè)置我認(rèn)為還需要考慮的真空層的大小，那這樣的話(huà)，怎么設(shè)置比較好呢？其實(shí)我想問(wèn)的還是如何篩選較好的K點(diǎn)來(lái)降低計(jì)算成本的問(wèn)題。 第三個(gè)問(wèn)題還是關(guān)于內(nèi)存的： 在我計(jì)算任務(wù)提交之后就會(huì)有這樣的log文件產(chǎn)生： Job started at: Thu Dec 22 01:15:44 CST 2011 yhrun: error: cn4248: task 25: Killed yhrun: error: cn4246: task 1: Killed yhrun: error: cn4248: task 24: Killed yhrun: error: cn4246: task 0: Killed yhrun: error: cn4247: task 13: Killed yhrun: error: cn4247: task 12: Killed yhrun: error: cn4246: task 5: Killed yhrun: error: cn4248: task 29: Killed yhrun: error: cn4247: task 17: Killed yhrun: error: cn4248: task 26: Killed yhrun: error: cn4247: task 14: Killed yhrun: error: cn4248: task 27: Killed yhrun: error: cn4246: task 3: Killed yhrun: error: cn4247: task 15: Killed yhrun: error: cn4246: task 2: Killed yhrun: First task exited 60s ago yhrun: tasks 4,6-11,16,18-23,28,30-35: running yhrun: tasks 0-3,5,12-15,17,24-27,29: exited abnormally yhrun: Terminating job step 110086.0 slurmd[cn4246]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:07 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn4248]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:18:07 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn4247]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:00 WITH SIGNAL 9 *** yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish. slurmd[cn4246]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:07 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn4247]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:00 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn4248]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:18:07 WITH SIGNAL 9 *** Job finished at: Thu Dec 22 01:17:08 CST 2011 貌似還是內(nèi)存的問(wèn)題…… 所以不知道通過(guò)什么辦法可以達(dá)到預(yù)先判斷內(nèi)存使用量的方法（之前在網(wǎng)上查到了makeparam這個(gè)可以來(lái)查詢(xún)，但是我還是搞不明白怎么去編譯……麻煩您指導(dǎo)一下。）另外一個(gè)問(wèn)題還是想如何去設(shè)法降低我的內(nèi)存使用量。 我把我的設(shè)置參數(shù)貼上來(lái)，請(qǐng)您指教一下： INCAR： Start parameter NWRITE = 2 PREC = high ISTART = 0 ICHARG = 2 ISPIN = 2 non spin calculation Electronic Relaxation 1 (overall) ENCUT = 600.0 eV NELM = 60; NELMIN = 6; NELMDL = -10 EDIFF = 1E-03 LREAL = Auto VOSKOWN = 0 Electronic Relaxation 2 (details) ALGO = Fast Ionic Relaxation EDIFFG = -.1E-01 NSW = 250 NBLOCK = 1; KBLOCK = 250 IBRION = 1 NFREE = 10 ISIF = 2 IWAVPR = 11 ISYM = 2 POTIM = 0.50 DOS related values: EMIN = -10.00; EMAX = 10.00 energy-range for DOS ISMEAR = 2; SIGMA = 0.2 broadening in eV -4-tet -1-fermi 0- gaus Parallelisation Sets: LPLANE = .F NPAR = 6 NSIM = 4 Write flag LWAVE = .FALSE. LCHARG = .FALSE. LVTOT = .FALSE. LORBIT = .FALSE. KPOINTS： A 0 M 17 17 17 0.0 0.0 0.0 所提交任務(wù)的腳本： #! /bin/bash export LD_LIBRARY_PATH=/vol-th/lib:/vol-th/lib/mklem64t/:$LD_LIBRARY_PATH date >> ~/job_list pwd >> ~/job_list echo "Job started at: " `date` yhrun -p TH_NET -n 36 ./vasp > ./out echo "Job finished at: " `date` date >> ~/job_list 麻煩您了！如果能幫助我解決這個(gè)問(wèn)題，再加送給您100金幣以表謝意！謝謝！ |
6樓2011-12-23 10:31:26
thelrgbird
金蟲(chóng) (小有名氣)
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送鮮花一朵
WDD880227(金幣-20): 給zhxd1028追加金幣~~ 2011-12-23 14:57:49
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:58:35
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送鮮花一朵WDD880227(金幣-20): 給zhxd1028追加金幣~~ 2011-12-23 14:57:49
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:58:35
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我第一次用追加金幣…… 沒(méi)想到給完金幣就不能再追加了…… 你別著急，我問(wèn)問(wèn)版主，看看能不能讓版主幫幫忙，再轉(zhuǎn)給你100金幣…… 謝謝你的幫助！ |
8樓2011-12-23 13:29:42
wydzyx2003
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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9樓2012-03-24 16:46:52
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你好 我想問(wèn)下您 第二個(gè)關(guān)于K點(diǎn)的： 我對(duì)K點(diǎn)的篩選是按照侯老師的那個(gè)腳本進(jìn)行篩選的，篩選結(jié)果如下： 9 88 -182.505998 11 146 -182.480363 13 231 -182.483605 15 349 -182.487558 17 489 -182.458022 19 670 -182.458942 第一個(gè)就是n*n*n中的n；第二個(gè)是不可約K點(diǎn)；第三個(gè)就是您所說(shuō)的TOTEN了。因此我用的是17。 用17的原因是什么呢 我沒(méi)有看出來(lái)啊 n和k不一樣嗎 n不就是每個(gè)方向的k點(diǎn)嗎 |
10樓2012-10-17 21:43:29
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