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【求助】過渡態(tài)問題 分子結(jié)構(gòu)輸入部分如何得來？
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%mem=64mb #p RHF/6-31G(d) Opt=QST2 SiH2 + H2 --> SiH4 Reactants 0,1 Si X 1 1.0 H 1 1.48 2 55.0 H 1 1.48 2 55.0 3 180.0 H 1 R 2 A1 3 90.0 H 1 R 5 A2 2 180.0 R=2.0 A1=80.0 A2=22.0 SiH2 + H2 --> SiH4 Products 0,1 Si X 1 1.0 H 1 1.48 2 55.0 H 1 1.48 2 55.0 3 180.0 H 1 R 2 A1 3 90.0 H 1 R 5 A2 2 180.0 R=1.48 A1=125.2 A2=109.5 分子結(jié)構(gòu)輸入部分怎么得來的？ 不是原子坐標？？費解，謝謝��！ |
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2樓2010-11-11 11:40:15
zhaoyxcas(金幣+3): 2010-11-11 16:05:49
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當然是坐標，只不過不是你通�？吹降牡芽栕鴺�，而是內(nèi)坐標。也就是用鍵長、鍵角、二面角來描述的分子坐標。 由于是用QST2方式找過渡態(tài)的，所以分別給了反應物和產(chǎn)物兩套坐標，讓gaussian根據(jù)提供的情況去猜測、尋找、優(yōu)化過渡態(tài)的坐標。。。 至于怎么來的——這應該是最基礎的問題，任何一個學生學習gaussian計算，第一課都要學習怎么手寫內(nèi)坐標的。。 [ Last edited by zhangmt on 2010-11-11 at 13:50 ] |
3樓2010-11-11 13:49:43
4樓2010-11-11 15:51:26
5樓2010-11-11 16:03:31
6樓2010-11-11 16:05:28
7樓2010-11-11 16:39:20
8樓2010-11-11 17:03:54
9樓2010-11-12 11:46:37
，希望你能弄明白，幫我解惑��！
10樓2010-11-12 11:48:15
zhaoyxcas(金幣+1): 2010-11-12 22:26:03
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建議你google一下qst2在gv下的實現(xiàn)操作，或者看一下gv的手冊。gv是直接可以保存為qst2型輸入文件的。 當然你也可以將你認為符合qst2要求的兩個分子的坐標手動添加到文本里，格式就是 # title 0 1 coordinations title 0 1 coordinations 你最開始給的那個結(jié)構(gòu)貌似是98中的一個例子，是內(nèi)坐標形式，不過和03的不太一樣，我試了一下無法識別，可能是格式問題吧。 [ Last edited by manson1998 on 2010-11-12 at 12:27 ] |
11樓2010-11-12 12:25:53
12樓2010-11-12 22:25:56
13樓2010-11-15 15:53:19
佩服 14樓2010-11-15 15:54:21
15樓2010-11-15 16:00:13
16樓2010-11-15 17:10:05
17樓2010-11-15 17:11:49
18樓2010-11-15 17:14:52
19樓2010-11-15 17:39:41
20樓2010-11-15 18:41:04
21樓2010-11-16 10:01:49
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26樓2010-11-16 17:39:36
27樓2010-11-16 19:56:04
28樓2010-12-30 11:02:46
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