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zhaoyxcas

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[交流] 【求助】過(guò)渡態(tài)問(wèn)題分子結(jié)構(gòu)輸入部分如何得來(lái)？

%mem=64mb
#p RHF/6-31G(d) Opt=QST2

SiH2 + H2 --> SiH4 Reactants

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=2.0
A1=80.0
A2=22.0

SiH2 + H2 --> SiH4 Products

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=1.48
A1=125.2
A2=109.5
分子結(jié)構(gòu)輸入部分怎么得來(lái)的？不是原子坐標(biāo)？？費(fèi)解，謝謝�。�

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1樓 2010-11-11 11:10:49

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manson1998

金蟲 (著名寫手)

zhaoyxcas(金幣+3): 2010-11-12 11:46:46

引用回帖:

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-11 16:03:31:

不太清楚，分子很大的話也適合用內(nèi)坐標(biāo)表示嗎？看著很復(fù)雜！

qst2是由反應(yīng)物和產(chǎn)物來(lái)計(jì)算過(guò)渡態(tài)的，所以輸入文件里當(dāng)然包含了兩個(gè)分子的坐標(biāo)。例子里分的很清楚用不同的title card隔開(kāi)了。至于內(nèi)坐標(biāo) 或者笛卡爾坐標(biāo)，用誰(shuí)都可以無(wú)所謂。

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8樓2010-11-11 17:03:54

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manson1998

金蟲 (著名寫手)

zhaoyxcas(金幣+3): 2010-11-11 16:05:57

貌似是98的格式？

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2樓2010-11-11 11:40:15

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zhangmt

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zhaoyxcas(金幣+3): 2010-11-11 16:05:49

當(dāng)然是坐標(biāo)，只不過(guò)不是你通�？吹降牡芽栕鴺�(biāo)，而是內(nèi)坐標(biāo)。也就是用鍵長(zhǎng)、鍵角、二面角來(lái)描述的分子坐標(biāo)。
由于是用QST2方式找過(guò)渡態(tài)的，所以分別給了反應(yīng)物和產(chǎn)物兩套坐標(biāo)，讓gaussian根據(jù)提供的情況去猜測(cè)、尋找、優(yōu)化過(guò)渡態(tài)的坐標(biāo)。。。
至于怎么來(lái)的——這應(yīng)該是最基礎(chǔ)的問(wèn)題，任何一個(gè)學(xué)生學(xué)習(xí)gaussian計(jì)算，第一課都要學(xué)習(xí)怎么手寫內(nèi)坐標(biāo)的。。

[ Last edited by zhangmt on 2010-11-11 at 13:50 ]

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3樓2010-11-11 13:49:43

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引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
當(dāng)然是坐標(biāo)，只不過(guò)不是你通�？吹降牡芽栕鴺�(biāo)，而是內(nèi)坐標(biāo)。也就是用鍵長(zhǎng)、鍵角、二面角來(lái)描述的分子坐標(biāo)。
由于是用QST2方式找過(guò)渡態(tài)的，所以分別給了反應(yīng)物和產(chǎn)物兩套坐標(biāo)，讓gaussian根據(jù)提供的情況去猜測(cè)、 ...

嗯，謝謝，還沒(méi)算過(guò)過(guò)渡態(tài)，直接由gjf產(chǎn)生的坐標(biāo)可以嗎。嘗試中謝謝指導(dǎo)！

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4樓2010-11-11 15:51:26

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