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513279618銀蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】mega軟件的應(yīng)用求助？ 已有4人參與
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| 我是一位mega軟件的初學(xué)者，由于文章需要做系統(tǒng)進(jìn)化樹，但是mega軟件的應(yīng)用，我很困難。希望各位大俠幫幫忙，給提供點(diǎn)資料或應(yīng)用幫助。謝謝啦！�。�！ |
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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2樓2010-11-17 10:49:24
keqindeng
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
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- 專業(yè): 生化分析及生物傳感
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
dhd997(金幣+2):good 2010-12-11 08:37:28
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dhd997(金幣+2):good 2010-12-11 08:37:28
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1. 將clustal x比對(duì)好的序列轉(zhuǎn)成MEGA格式 2.打開MEGA格式的文件，點(diǎn)PHYLOGENY，要建BOOTSTRAP檢驗(yàn)的樹，有四種建樹方法，NJ， ME， MP， UPGMA。后面以NJ為例。 3。點(diǎn)擊NJ后。點(diǎn)擊綠色方格可以改變BOOTSTRAP中重復(fù)的次數(shù)（＞１００），GAP是pairwise 還是complete deletion （一般選ＰＡＩＲＷＩＳＥ）, 適合你數(shù)據(jù)的替換模型（有ＭＯＤＥＬＴＥＳＴ可以檢驗(yàn)）。（一定要根據(jù)自己的數(shù)據(jù)來(lái)設(shè)這些值） 4。點(diǎn)擊COMPUTE。結(jié)果如下，紅圈中的數(shù)字就是bootstrap 值，一般大于７０％的枝認(rèn)為比較有意義． 5。如果有外類群，你可以直接點(diǎn)擊你的外類群，能得到有根樹 |
3樓2010-12-11 02:30:05
4樓2011-01-08 15:08:55
rongshuxia
木蟲 (著名寫手)
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- 專業(yè): 微生物資源與分類學(xué)
5樓2011-01-12 11:43:44
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