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panwenxiao

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[交流] 【求助】PM3優(yōu)化出錯(cuò)：Incomplete coordinate system.

用PM3計(jì)算兩個(gè)分子的相互作用，已經(jīng)跑了28個(gè)點(diǎn)了，報(bào)錯(cuò)結(jié)束：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
SLEqS1 Cycle:  5071 Max:0.538619E-09 RMS:0.391054E-10 Conv:0.227262E-10
Incomplete coordinate system.  Try restarting with
Geom=Check Guess=Read Opt=(ReadFC,NewRedundant)
Incomplete coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /home/gauss/g03/l103.exe at Wed Nov 10 03:33:30 2010.
Job cpu time:  0 days  0 hours 46 minutes  2.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    47 Int=    0 D2E=    0 Chk=    30 Scr=    1
不知道是什么原因，還請(qǐng)各位高手幫忙解決一下！急！

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1樓 2010-11-13 20:45:24

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ykwang

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panwenxiao(金幣+1):謝謝參與

可能是內(nèi)坐標(biāo)和直角坐標(biāo)轉(zhuǎn)換時(shí)出錯(cuò)，特別是當(dāng)分子中有三個(gè)及以上的原子處在一條直線上時(shí)很容易出這類錯(cuò)誤。直接按提示做就可以啦。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-13 at 22:02 ]

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2樓2010-11-13 21:57:59

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panwenxiao

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引用回帖:

Originally posted by ykwang at 2010-11-13 21:57:59:
可能是內(nèi)坐標(biāo)和直角坐標(biāo)轉(zhuǎn)換時(shí)出錯(cuò)，特別是當(dāng)分子中有三個(gè)及以上的原子處在一條直線上時(shí)很容易出這類錯(cuò)誤。直接按提示做就可以啦。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-13 at 22:02 ]

試過(guò)了，還是不行

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4樓2010-11-15 11:01:08

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qzhaosdu

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panwenxiao(金幣+1):謝謝參與

轉(zhuǎn)自CCL：
http://ftp.ccl.net/chemistry/res ... .003-dir/index.html
Hi Adlane,
The error message indicates that the transformation of Cartesian forces
to internals did not converge (for semiempiricals, the "large
molecular"
iterative transformations are used by default, Opt=Small changes that
but may need more memory and much more CPU time, but no guarantee that
it solves the original problem). This usually means that due to changes
in the molecular geometry the initially built redundant internal
coordinate system should be changed. Building up a new coordinate system
usually helps in such situations (the error message gives this advice).
If the error message came in the first optimization cycle or the adviced
restart did not solve the problem than the internal coordinates should
be examined and some manual modifications can help. If you think that
the automatically generated coordinate system should be manually changed
please add some trivial H-bonds or send me the structure directly and
hopefully I can make the necessary changes. For testing the coordinate
system you can use an MM optimization with the Opt=Large option.
Best wishes,
Ödön

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5樓2010-11-15 11:09:16

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ykwang

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panwenxiao(金幣+1): 2010-11-16 17:25:03

引用回帖:

Originally posted by panwenxiao at 2010-11-15 11:01:08:
試過(guò)了，還是不行

正如樓上所建議的，看來(lái)你得手動(dòng)對(duì)分子結(jié)構(gòu)作某些微調(diào)了。不過(guò)，我仍然懷疑你的分子中是否有三個(gè)(或以上)相鄰原子近似在一條直線上。如是，則建議直接用直角坐標(biāo)進(jìn)行優(yōu)化，不要使用內(nèi)坐標(biāo)或Z矩陣。

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6樓2010-11-15 11:24:42

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天下楓葉

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panwenxiao(金幣+1):謝謝參與

微調(diào)是可以，但是會(huì)不會(huì)影響結(jié)果啊

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7樓2011-07-31 22:50:51

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簡(jiǎn)單回復(fù)

梓軒3樓

2010-11-14 14:53 回復(fù)

panwenxiao(金幣+1):謝謝參與

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