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freewain

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[交流] 【求助】Transiesta 計(jì)算出錯(cuò)

大家好，我在計(jì)算 ZnO 納米線的輸運(yùn)性質(zhì)。這是我的輸入文件：

#General system descriptors
SystemLabel ZnO
SystemName Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies 3
NumberOfAtoms 50

%block ChemicalSpeciesLabel
1 30 Zn
2 8 O
3 79 Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

#Basis set and KB projectors
PAO.BasisSize DZP
PAO.EnergyShift 0.02 Ry

#Structural information
LatticeConstant 1.00 Ang
MD.UseStructFile true
WriteCoorXmol true
WriteMDXmol true

#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0 0.0
0  1  0 0.0
0  0 30 0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

#Exchange-correlation functionals
XC.functional GGA
XC.authors PBE

#SCF loop
MaxSCFIterations 150
DM.MixingWeight 0.05
DM.NumberPulay 5

#Other
MeshCutoff 400 Ry
SaveHS true
SolutionMethod transiesta

#Band structure analysis
BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1 0.0  0.0  0.0  \Gamma
20 0.0  0.0  0.5  X
%endblock BandLines

#DOS
%block ProjectedDensityOfStates
-10.0 5.0 0.10 151 eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

%block LocalDensityOfStates
-6.00 2.00 eV
%endblock LocalDensityOfStates

COOP.Write true

#charge densities and potentials on the grid
SaveRho true
SaveDeltaRho true
SaveElectrostaticPotential true
SaveTotalPotential true

WriteDenchar true

#Relaxation
MD.TypeOfRun CG
MD.NumCGSteps 0

UseSaveData true

WriteMDhistory true

%block GeometryConstraints
  position from  1 to  19
  position from -1 to -19
%endblock GeometryConstraints

TS.HSFileLeft /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsLeft 19
TS.HSFileRight /home/niu/new/elec/Au.TSHS
TS.NumUsedAtomsRight 19

TS.ComplexContour.Emin -50.0 eV
TS.ComplexContour.NPoles 03
TS.ComplexContour.NCircle 30
TS.ComplexContour.NLine 10
TS.BiasContour.NumPoints 20
WriteEigenValues true

TS.SaveHS true
TS.MixH true

TS.TBT.NPoints 400
TS.TBT.Emin -1.00 eV
TS.TBT.Emax    1.00 eV
TS.TBT.OutputRegionData False
TS.TBT.NEigen 5
TS.TBT.PDOSFrom 3
TS.TBT.PDOSTo 9
TS.Voltage -1.00 eV

但是計(jì)算中間出現(xiàn)錯(cuò)誤，輸入文件的后半部分是這樣的：

Begin LEFT
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:       81225
Efermi: -3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->          1
Got LEFT Electrode GF
Done
Begin RIGHT
unit cell:
37.7945  0.0000  0.0000
  0.0000 37.7945  0.0000
  0.0000  0.0000 13.0819
Size:       81225
Efermi: 3.6748994224532205E-002
GF: Spin number ->          1
Got RIGHT  Electrode GF
Done
L-ELEC: lastoL:          0          15          30          45
         60          75          90       105       120       135
      150       165       180       195       210       225
      240       255       270       285
R-ELEC: lastoR:          0          15          30          45
         60          75          90       105       120       135
      150       165       180       195       210       225
      240       255       270       285
TRANSIESTA: Initializing lists
From SIESTA: Efermi=  -3.171
qc0 : 0.000
qcn0 : 419.530
nou,NGL,NGR:       738       285       285
TranSiesta: Qsol,Qtot:  526.113  526.000 1.000

* Maximum dynamic memory allocated = 423 MB

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs    =    -3712.819471
siesta: Eions =    56290.310725
siesta: Ena    =    2049.915289
siesta: Ekin =    35787.957698
siesta: Enl    = -18060.566835
siesta: DEna =    301.485341
siesta: DUscf =       36.453196
siesta: DUext =       0.000000
siesta: Exc    = -131533.815024
siesta: eta*DQ  =       0.000000
siesta: Emadel  =       0.000000
siesta: Emeta =       0.000000
siesta: Emolmec =       0.000000
siesta: Ekinion =       0.000000
siesta: Eharris = -167708.882424
siesta: Etot = -167708.881061
siesta: FreeEng = -167708.881061

transiesta: TSiscf Eharris(eV)    E_KS(eV) FreeEng(eV) dDmax  Ef(eV)
transiesta: 1  -167708.8824  -167708.8811  -167708.8811  0.0001 -3.1707
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF       1    0.000 0.00
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF       1    0.000 0.00
timer: Routine,Calls,Time,% = TS          1 3611.599  89.88
elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS          1    902.900  89.88
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF       1 3992.787  99.36
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF       1    998.197  99.36

siesta: E_KS(eV) =       -167708.8811

siesta: E_KS - E_eggbox = -167708.8811
rank 0 in job 5  amd_34368 caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9

請(qǐng)問這是什么原因造成的呢？謝謝解答：）

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1樓 2010-11-18 15:11:28

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★ ★
freewain(金幣+1):謝謝參與
freewain(金幣+9):謝謝廣平師兄！問題解決了。我是測(cè)好電極距離后直接拿過(guò)來(lái)用了，也沒刪掉態(tài)密度的內(nèi)容。上面的運(yùn)算是出錯(cuò)之后又計(jì)算的，TSDE是第一遍就算出來(lái)的。不過(guò)之后的計(jì)算，每次會(huì)使用上一次的TSDE和DM文件。 2010-11-18 17:58:08
sunyang1988(金幣+3):謝謝指點(diǎn) 2010-11-18 22:02:15

引用回帖:

Originally posted by freewain at 2010-11-18 08:11:28:
大家好，我在計(jì)算 ZnO 納米線的輸運(yùn)性質(zhì)。這是我的輸入文件：

#General system descriptors
SystemLabel ZnO
SystemName Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies 3
NumberOfAtoms 50

%block ChemicalSpeciesLab ...

你把你的輸入文件里面加上一行
TS.CalcGF  F
并且把下面的東西注釋掉
#Band structure analysis
BandLinesScale             ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1 0.0  0.0  0.0  \Gamma
20 0.0  0.0  0.5  X
%endblock BandLines

#DOS
%block ProjectedDensityOfStates
-10.0 5.0 0.10 151 eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

%block LocalDensityOfStates
-6.00 2.00 eV
%endblock LocalDensityOfStates
（這三項(xiàng)，尤其是LDOS，能帶，好像不能在算輸運(yùn)的時(shí)候算。因?yàn)樗皇且粋€(gè)周期體系了，怎么算能帶。LDOS只有方法是Diagon的時(shí)候能算的。）
還在你的原來(lái)那個(gè)目錄計(jì)算�？匆幌逻@次行不行。主要是再算一次�？吹侥愫孟裼玫氖且呀�(jīng)收斂好的*TSDE算的。如果是這樣，這個(gè)TSDE是怎么得到的呢？計(jì)算到這兒，已經(jīng)到了結(jié)尾部分了。

[ Last edited by zhangguangping on 2010-11-18 at 09:11 ]

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2樓2010-11-18 16:01:29

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
sunyang1988(金幣+2):謝謝指點(diǎn) 2010-11-18 22:02:34

引用回帖:

找到出錯(cuò)原因了？原因是什么��？可以分享一下。是我猜測(cè)的原因嗎？以后想用上一個(gè)計(jì)算的密度，直接用*TSDE文件就行。如果沒有*TSDE，還想加速的話，就是用*DM。程序會(huì)先檢查*TSDE文件，如果沒有才去找*DM文件的。如果兩個(gè)都沒有，那么就從頭計(jì)算，先產(chǎn)生*DM,再去產(chǎn)生*TSDE。

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3樓2010-11-18 21:48:34

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freewain

銅蟲 (初入文壇)

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蟲號(hào): 987873

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2010-11-18 21:48:34:

找到出錯(cuò)原因了？原因是什么�。靠梢苑窒硪幌�。是我猜測(cè)的原因嗎？以后想用上一個(gè)計(jì)算的密度，直接用*TSDE文件就行。如果沒有*TSDE，還想加速的話，就是用*DM。程序會(huì)先檢查*TSDE文件，如果沒有才去找*DM文件的 ...

就是廣平師兄你說(shuō)的原因，把那些注釋掉就好了。

另外一個(gè)問題，算完 transiesta 之后，再算 tbtrans，結(jié)果現(xiàn)在一個(gè)多小時(shí)了，輸出文件一直停在 Starting K-Point loop for spin: 1 那里。我查了一下官方的郵件列表，一共有兩個(gè)相同問題的郵件，你回答了其中一個(gè)，說(shuō)這是正常情況，只要慢慢等就可以了�？墒菚r(shí)間也太久了。。。

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4樓2010-11-18 23:30:31

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+2):謝謝指教 2010-11-19 11:47:00

引用回帖:

Originally posted by freewain at 2010-11-18 16:30:31:

就是廣平師兄你說(shuō)的原因，把那些注釋掉就好了。

另外一個(gè)問題，算完 transiesta 之后，再算 tbtrans，結(jié)果現(xiàn)在一個(gè)多小時(shí)了，輸出文件一直停在 Starting K-Point loop for spin: 1 那里。我查了一下官方的 ...

就是這個(gè)樣子。如果你的體系是自旋極化的，還要有
Starting K-Point loop for spin: 2，自旋非極化的在這個(gè)地方節(jié)省一半的時(shí)間。
等等就好了�？茨泱w系的大小和k點(diǎn)的多少，等待的時(shí)間不一。

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5樓2010-11-19 08:39:32

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xiongxiong5712

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★
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引用回帖:

30913樓: Originally posted by freewain at 2010-11-18 15:11:28
大家好，我在計(jì)算 ZnO 納米線的輸運(yùn)性質(zhì)。這是我的輸入文件：

#General system descriptors
SystemLabel ZnO
SystemName Au-ZnO-Au

NumberOfSpecies 3
NumberOfAtoms 50

%block ChemicalSpeciesLabel ...

麻煩請(qǐng)問一下，你的文件里這兩個(gè)參數(shù)是什么意思？能否解釋一下？我在手冊(cè)里面沒有看到過(guò)
TS.TBT.PDOSFrom 3
TS.TBT.PDOSTo 9

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6樓2012-11-17 17:17:39

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xiongxiong5712

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引用回帖:

32744樓: Originally posted by zhangguangping at 2010-11-18 16:01:29
你把你的輸入文件里面加上一行
TS.CalcGF  F
并且把下面的東西注釋掉
#Band structure analysis
BandLinesScale             ReciprocalLatticeVectors
%block BandLines
1 0.0  0.0  0.0  \Gamma
20 ...

你好，我注意到他的輸入文件里k點(diǎn)的設(shè)置是這樣的：
#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0 0.0
0  1  0 0.0
0  0 30 0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

用transiesta計(jì)算，是非周期結(jié)構(gòu)，這樣設(shè)置k點(diǎn)正確嗎？不是z方向?yàn)榉侵芷趩�，k點(diǎn)應(yīng)該為1*1*1吧？

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7樓2012-11-19 09:23:44

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zhangguangping

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引用回帖:

1981532樓: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-11-19 09:23:44
你好，我注意到他的輸入文件里k點(diǎn)的設(shè)置是這樣的：
#k-point sampling
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1  0  0 0.0
0  1  0 0.0
0  0 30 0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

用transiesta計(jì)算，是非 ...

z方向在做輸運(yùn)的時(shí)候，自動(dòng)忽略掉k點(diǎn)的設(shè)置，程序會(huì)按照1來(lái)做的。
但是這個(gè)kz值在做開始的SIESTA的時(shí)候可能會(huì)用到。

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8樓2012-11-19 09:42:03

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xiongxiong5712

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引用回帖:

1981535樓: Originally posted by zhangguangping at 2012-11-19 09:42:03
z方向在做輸運(yùn)的時(shí)候，自動(dòng)忽略掉k點(diǎn)的設(shè)置，程序會(huì)按照1來(lái)做的。
但是這個(gè)kz值在做開始的SIESTA的時(shí)候可能會(huì)用到。...

原來(lái)這樣，謝謝guangping兄了，我還得多學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)。

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9樓2012-11-19 10:05:33

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