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[交流]
【求助】Transiesta 計算出錯
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大家好，我在計算 ZnO 納米線的輸運性質(zhì)。這是我的輸入文件： #General system descriptors SystemLabel ZnO SystemName Au-ZnO-Au NumberOfSpecies 3 NumberOfAtoms 50 %block ChemicalSpeciesLabel 1 30 Zn 2 8 O 3 79 Au %endblock ChemicalSpeciesLabel #Basis set and KB projectors PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.02 Ry #Structural information LatticeConstant 1.00 Ang MD.UseStructFile true WriteCoorXmol true WriteMDXmol true #k-point sampling %block kgrid_Monkhorst_Pack 1 0 0 0.0 0 1 0 0.0 0 0 30 0.0 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack #Exchange-correlation functionals XC.functional GGA XC.authors PBE #SCF loop MaxSCFIterations 150 DM.MixingWeight 0.05 DM.NumberPulay 5 #Other MeshCutoff 400 Ry SaveHS true SolutionMethod transiesta #Band structure analysis BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors %block BandLines 1 0.0 0.0 0.0 \Gamma 20 0.0 0.0 0.5 X %endblock BandLines #DOS %block ProjectedDensityOfStates -10.0 5.0 0.10 151 eV %endblock ProjectedDensityOfStates %block LocalDensityOfStates -6.00 2.00 eV %endblock LocalDensityOfStates COOP.Write true #charge densities and potentials on the grid SaveRho true SaveDeltaRho true SaveElectrostaticPotential true SaveTotalPotential true WriteDenchar true #Relaxation MD.TypeOfRun CG MD.NumCGSteps 0 UseSaveData true WriteMDhistory true %block GeometryConstraints position from 1 to 19 position from -1 to -19 %endblock GeometryConstraints TS.HSFileLeft /home/niu/new/elec/Au.TSHS TS.NumUsedAtomsLeft 19 TS.HSFileRight /home/niu/new/elec/Au.TSHS TS.NumUsedAtomsRight 19 TS.ComplexContour.Emin -50.0 eV TS.ComplexContour.NPoles 03 TS.ComplexContour.NCircle 30 TS.ComplexContour.NLine 10 TS.BiasContour.NumPoints 20 WriteEigenValues true TS.SaveHS true TS.MixH true TS.TBT.NPoints 400 TS.TBT.Emin -1.00 eV TS.TBT.Emax 1.00 eV TS.TBT.OutputRegionData False TS.TBT.NEigen 5 TS.TBT.PDOSFrom 3 TS.TBT.PDOSTo 9 TS.Voltage -1.00 eV 但是計算中間出現(xiàn)錯誤，輸入文件的后半部分是這樣的： Begin LEFT unit cell: 37.7945 0.0000 0.0000 0.0000 37.7945 0.0000 0.0000 0.0000 13.0819 Size: 81225 Efermi: -3.6748994224532205E-002 GF: Spin number -> 1 Got LEFT Electrode GF Done Begin RIGHT unit cell: 37.7945 0.0000 0.0000 0.0000 37.7945 0.0000 0.0000 0.0000 13.0819 Size: 81225 Efermi: 3.6748994224532205E-002 GF: Spin number -> 1 Got RIGHT Electrode GF Done L-ELEC: lastoL: 0 15 30 45 60 75 90 105 120 135 150 165 180 195 210 225 240 255 270 285 R-ELEC: lastoR: 0 15 30 45 60 75 90 105 120 135 150 165 180 195 210 225 240 255 270 285 TRANSIESTA: Initializing lists From SIESTA: Efermi= -3.171 qc0 : 0.000 qcn0 : 419.530 nou,NGL,NGR: 738 285 285 TranSiesta: Qsol,Qtot: 526.113 526.000 1.000 * Maximum dynamic memory allocated = 423 MB siesta: Program's energy decomposition (eV): siesta: Ebs = -3712.819471 siesta: Eions = 56290.310725 siesta: Ena = 2049.915289 siesta: Ekin = 35787.957698 siesta: Enl = -18060.566835 siesta: DEna = 301.485341 siesta: DUscf = 36.453196 siesta: DUext = 0.000000 siesta: Exc = -131533.815024 siesta: eta*DQ = 0.000000 siesta: Emadel = 0.000000 siesta: Emeta = 0.000000 siesta: Emolmec = 0.000000 siesta: Ekinion = 0.000000 siesta: Eharris = -167708.882424 siesta: Etot = -167708.881061 siesta: FreeEng = -167708.881061 transiesta: TSiscf Eharris(eV) E_KS(eV) FreeEng(eV) dDmax Ef(eV) transiesta: 1 -167708.8824 -167708.8811 -167708.8811 0.0001 -3.1707 timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF 1 0.000 0.00 elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF 1 0.000 0.00 timer: Routine,Calls,Time,% = TS 1 3611.599 89.88 elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS 1 902.900 89.88 timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF 1 3992.787 99.36 elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF 1 998.197 99.36 siesta: E_KS(eV) = -167708.8811 siesta: E_KS - E_eggbox = -167708.8811 rank 0 in job 5 amd_34368 caused collective abort of all ranks exit status of rank 0: killed by signal 9 請問這是什么原因造成的呢？謝謝解答：） |
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原來這樣，謝謝guangping兄了，我還得多學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)。 
9樓2012-11-19 10:05:33
zhangguangping
木蟲 (著名寫手)
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★ ★ ★ ★
freewain(金幣+1):謝謝參與
freewain(金幣+9):謝謝廣平師兄！問題解決了。我是測好電極距離后直接拿過來用了，也沒刪掉態(tài)密度的內(nèi)容。上面的運算是出錯之后又計算的，TSDE是第一遍就算出來的。不過之后的計算，每次會使用上一次的TSDE和DM文件。 2010-11-18 17:58:08
sunyang1988(金幣+3):謝謝指點 2010-11-18 22:02:15
freewain(金幣+1):謝謝參與
freewain(金幣+9):謝謝廣平師兄！問題解決了。我是測好電極距離后直接拿過來用了，也沒刪掉態(tài)密度的內(nèi)容。上面的運算是出錯之后又計算的，TSDE是第一遍就算出來的。不過之后的計算，每次會使用上一次的TSDE和DM文件。 2010-11-18 17:58:08
sunyang1988(金幣+3):謝謝指點 2010-11-18 22:02:15
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你把你的輸入文件里面加上一行 TS.CalcGF F 并且把下面的東西注釋掉 #Band structure analysis BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors %block BandLines 1 0.0 0.0 0.0 \Gamma 20 0.0 0.0 0.5 X %endblock BandLines #DOS %block ProjectedDensityOfStates -10.0 5.0 0.10 151 eV %endblock ProjectedDensityOfStates %block LocalDensityOfStates -6.00 2.00 eV %endblock LocalDensityOfStates （這三項，尤其是LDOS，能帶，好像不能在算輸運的時候算。因為他不是一個周期體系了，怎么算能帶。LDOS只有方法是Diagon的時候能算的。） 還在你的原來那個目錄計算�？匆幌逻@次行不行。主要是再算一次�？吹侥愫孟裼玫氖且呀�(jīng)收斂好的*TSDE算的。如果是這樣，這個TSDE是怎么得到的呢？計算到這兒，已經(jīng)到了結(jié)尾部分了。 [ Last edited by zhangguangping on 2010-11-18 at 09:11 ] |
2樓2010-11-18 16:01:29
zhangguangping
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