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【求助】【求助模建中有關(guān)模板的選擇】
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各位大俠： 請(qǐng)問下，我要模建一個(gè)蛋白，現(xiàn)在是選擇了一個(gè)模板，比如這個(gè)模板叫A，它與我要建的蛋白同源性很高，也是一個(gè)家族的，而且它有晶體結(jié)構(gòu)，它其中還含有我所需要的藥物小分子。 所以問題產(chǎn)生了，我可以可以既把這個(gè)蛋白作為我的模板蛋白，也同時(shí)對(duì)接或者驗(yàn)證的時(shí)候取其中小分子的晶體結(jié)構(gòu)，是不是同時(shí)選取這樣一個(gè)蛋白會(huì)不會(huì)可靠性不高呢。 是不是我要模建蛋白的時(shí)候最好取別的蛋白，但是用小分子驗(yàn)證的時(shí)候再取這個(gè)蛋白？ |
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zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-11-25 11:26:31
lvyanni(金幣+8): 2010-11-25 20:28:52
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-11-25 11:26:31
lvyanni(金幣+8): 2010-11-25 20:28:52
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模擬就像摸象, 從點(diǎn)到面再到體, 那是很合理的. 所以你的例子里面, 如果無法直接得到想要的蛋白, 那么從A開始是很好的嘗試. 話說回來了, 如果現(xiàn)有的文獻(xiàn), 不管是模擬還是計(jì)算, 有很多關(guān)于A的, 那么不管是不是可以直接得到你想要的蛋白, 你都應(yīng)該將A和你target 蛋白的一些相同的性質(zhì)做一些對(duì)比, 做一些假設(shè), 然后再從計(jì)算中驗(yàn)證. 這本身就是從未知到已知的過程, 符合科學(xué)的認(rèn)知過程. 放心大膽去做吧. |
2樓2010-11-25 10:53:34
★ ★ ★ ★ ★
lvyanni(金幣+8): 2010-11-25 20:29:00
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-11-26 12:59:31
lvyanni(金幣+8): 2010-11-25 20:29:00
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-11-26 12:59:31
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其實(shí)你這樣的情況是最好進(jìn)行分子模擬方面的研究的 1.有同源性較高的模板-這就保證了你構(gòu)建的模型與真實(shí)結(jié)構(gòu)的差異會(huì)比較小，所以利用同源模建可能可以得到比較精確的結(jié)構(gòu) 2.有同樣的小分子，這就保證了你驗(yàn)證對(duì)接的結(jié)果時(shí)有依據(jù)選擇合適的結(jié)合模式，而不是單純的依賴于打分函數(shù)。 因此，最好的情況就是類似的蛋白結(jié)合同樣的分子~這是很好的基礎(chǔ)啊~哈哈 |
3樓2010-11-25 11:25:55
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