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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » 【求助】【求助模建中有關模板的選擇】
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[交流]
【求助】【求助模建中有關模板的選擇】
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各位大俠： 請問下，我要模建一個蛋白，現(xiàn)在是選擇了一個模板，比如這個模板叫A，它與我要建的蛋白同源性很高，也是一個家族的，而且它有晶體結構，它其中還含有我所需要的藥物小分子。 所以問題產生了，我可以可以既把這個蛋白作為我的模板蛋白，也同時對接或者驗證的時候取其中小分子的晶體結構，是不是同時選取這樣一個蛋白會不會可靠性不高呢。 是不是我要模建蛋白的時候最好取別的蛋白，但是用小分子驗證的時候再取這個蛋白？ |
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★ ★ ★
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-11-25 11:26:31
lvyanni(金幣+8): 2010-11-25 20:28:52
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-11-25 11:26:31
lvyanni(金幣+8): 2010-11-25 20:28:52
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模擬就像摸象, 從點到面再到體, 那是很合理的. 所以你的例子里面, 如果無法直接得到想要的蛋白, 那么從A開始是很好的嘗試. 話說回來了, 如果現(xiàn)有的文獻, 不管是模擬還是計算, 有很多關于A的, 那么不管是不是可以直接得到你想要的蛋白, 你都應該將A和你target 蛋白的一些相同的性質做一些對比, 做一些假設, 然后再從計算中驗證. 這本身就是從未知到已知的過程, 符合科學的認知過程. 放心大膽去做吧. |
2樓2010-11-25 10:53:34
3樓2010-11-25 11:25:55
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