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[交流]
【求助】MS中建立amorphous cell時(shí)如何修改其周期邊界條件
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各位大俠，我創(chuàng)建了包含4個(gè)單體的homopolymer型的聚乙烯鏈，然后想在Amorphous Cell Tools模塊里建立amorphous cell，下圖是創(chuàng)建amorphous cell的窗口和構(gòu)建后的包含10條PE鏈的晶胞。構(gòu)建晶胞時(shí)，系統(tǒng)默認(rèn)的是XYZ三個(gè)方向上都建立了周期邊界邊界條件（如標(biāo)記處所示）。 問一下各位，如何進(jìn)行設(shè)置，使XY方向上建立周期邊界條件，而在Z方向上自由？ 謝謝各位了！   |
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MS中建立表面的過程大致就是: 先導(dǎo)入體材結(jié)構(gòu),之后build->surfaces->cleave surface,在cleave surface對(duì)話框中可以具體的設(shè)置表面參數(shù). 首先是surface box,這頁中的參數(shù)比較容易填寫. cleave plane選項(xiàng)是你要切割的表面,你要選擇哪個(gè)表面肯定是確定的,因此沒有什么說的 TOP是體材中平面所在的位置,某一方向的面,在體材中可能截取在不同的位置上. Depth是截取的slab的厚度,建議多取一些,建立模型之后覺得取多了可以刪除,如果取少了還得返工. 覺得建立表面,尤其是界面,關(guān)鍵的問題多是在Surface mash分頁選項(xiàng)中 我們知道,對(duì)于同一個(gè)晶體結(jié)構(gòu),如果選擇晶格矢量的不同,那么得到的晶胞形狀是差很多的.對(duì)于表面,Surface vectors(也就是前面提到的u,v)就是它的晶格矢量.如果單純考慮一個(gè)表面的話,選擇什么基失都沒有關(guān)系,選擇最小的重復(fù)單元就可以了.但是如果建立界面則需要考慮匹配的問題,選擇的結(jié)構(gòu)單元不對(duì)則兩個(gè)表面匹配不上.比如有時(shí)看到類似(根號(hào)3)*(根號(hào)3)這樣的表面(不會(huì)輸入"根號(hào)",丟人了),這是表示使用的基失是最小基失的(根號(hào)3)倍長(zhǎng).但郁悶的是文獻(xiàn)中提供的信息一般只到這里,具體這個(gè)長(zhǎng)度對(duì)應(yīng)哪個(gè)方向還要自己找. 具體設(shè)置的時(shí)候,u,v就是兩個(gè)基失方向,注意的是u,v一定要在所選平面內(nèi),并且兩個(gè)矢量不平行,否則會(huì)出錯(cuò). Mesh origin晶格矢量原點(diǎn)所在位置,這個(gè)不是很重要 至此,表面的切割就基本完成了,點(diǎn)cleave完成 |
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數(shù)峰青8208樓2011-04-18 22:19:31
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