[交流] 【求助】大俠們，求葉綠素a的詳細的鍵長鍵角~~

大俠們，請問有研究葉綠素a結(jié)構(gòu)的嗎，我現(xiàn)在要開題了，需要葉綠素a的詳細的結(jié)構(gòu)，包含鍵長鍵角的。
哪位大俠有的話，直接20金幣，不夠的話，我可以再追加……謝謝……

我有葉綠素a的結(jié)構(gòu)圖的……

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1樓 2010-11-28 00:01:02

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gujing136

禁蟲 (文壇精英)

我都等到花兒都謝了……自己頂自己的吧……唉……

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2樓2010-12-27 20:31:31

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xmzhong

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可以自己用Gaussian 03 計算

★ ★
gujing136(金幣+3):我就是想用高斯構(gòu)建，但是初始的鍵長鍵角的數(shù)據(jù)呢？ 2010-12-29 18:26:21
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-12-30 09:54:40

可以用Gaussian 計算得到葉綠素的鍵長和鍵角。

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3樓2010-12-29 15:44:16

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z5476t4508

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★ ★ ★
gujing136(金幣+5):我現(xiàn)在要用ADF計算……我要植物的葉綠素a……謝謝您給的建議…… 2010-12-30 16:44:52
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-12-31 14:09:52
gujing136(金幣+4): 大俠，就麻煩你把細菌葉綠素A的結(jié)構(gòu)發(fā)一個給我吧，287471115@qq.com 2011-04-26 10:19:12

引用回帖:

Originally posted by gujing136 at 2010-11-28 00:01:02:
大俠們，請問有研究葉綠素a結(jié)構(gòu)的嗎，我現(xiàn)在要開題了，需要葉綠素a的詳細的結(jié)構(gòu)，包含鍵長鍵角的。
哪位大俠有的話，直接20金幣，不夠的話，我可以再追加……謝謝……

我有葉綠素a的結(jié)構(gòu)圖的……

我有細菌葉綠素A的結(jié)構(gòu)和參數(shù)，但是不知道你用什么程序，你要的話我可以給你
另外我記得在找細菌葉綠素結(jié)構(gòu)的時候在amber maillist 上見過葉綠素A的參數(shù)，是charmm格式的你可以找找...

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4樓2010-12-30 11:20:08

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z5476t4508

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引用回帖:

Originally posted by xmzhong at 2010-12-29 15:44:16:
可以用Gaussian 計算得到葉綠素的鍵長和鍵角。

您好，請問如何通過gaussian計算得到分子的鍵長鍵角等參數(shù)呢？只需要gaussian就可以嗎？

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5樓2010-12-30 19:36:56

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xmzhong

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是的

★ ★
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-12-31 14:10:07
gujing136(金幣+2): 行家……呵呵…… 2011-03-23 20:18:39

先用chenmdraw 畫出葉綠素的分子結(jié)構(gòu)，然后用Gaussian 模擬計算，可以輸出鍵長、鍵角等。

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6樓2010-12-31 10:30:51

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yongleli

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★ ★
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-12-31 14:10:14
gujing136(金幣+2):有道理有道理……呵呵…… 2011-01-01 01:11:28

引用回帖:

Originally posted by xmzhong at 2010-12-31 10:30:51:
先用chenmdraw 畫出葉綠素的分子結(jié)構(gòu)，然后用Gaussian 模擬計算，可以輸出鍵長、鍵角等。

這樣搞，只能得到local minima附近的參數(shù)。
比如ferrocene，如果建模的時候畫了一個D5h群的，
是優(yōu)化不出來C5v群的結(jié)構(gòu)的。
竊以為這樣復(fù)雜的分子，必須有XRD等實驗數(shù)據(jù)才好辦。

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7樓2010-12-31 11:20:49

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xmzhong

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★ ★
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-12-31 14:10:21
gujing136(金幣+2):葉綠素a有單晶么？ 2011-01-01 01:12:09

對于Gaussian，分子復(fù)雜不要緊，只是計算時間長而已。
分子結(jié)構(gòu)模型，可以在CHEM 3D 中修改，以滿足立體結(jié)構(gòu)要求。
如果采用XRD，是否須是單晶做的？

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8樓2010-12-31 11:53:27

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yongleli

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gujing136(金幣+2):哦……查文獻沒有找到哦…… 2011-01-01 01:12:48
ghcacj(金幣+7):謝謝 2011-01-04 17:22:30

引用回帖:

Originally posted by xmzhong at 2010-12-31 11:53:27:
對于Gaussian，分子復(fù)雜不要緊，只是計算時間長而已。
分子結(jié)構(gòu)模型，可以在CHEM 3D 中修改，以滿足立體結(jié)構(gòu)要求。
如果采用XRD，是否須是單晶做的？

請注意，計算時間長也只能是優(yōu)化到local minimal。
如果手畫的分子到真實的global minimal之間有能壘，
優(yōu)化是優(yōu)化不到global minimal的。只有用MC或者MD才行。
但是對于應(yīng)用來說，一般算什么分子都會有結(jié)構(gòu)的。比如
CCDC數(shù)據(jù)庫、合作組里的cif或者pdb文件什么的。
XRD實驗我不懂，我目前為止做的系統(tǒng)都是有結(jié)構(gòu)的。
根據(jù)我所有經(jīng)驗的老師講，自己猜的分子結(jié)構(gòu)的話確實需要很
精細的考慮的。

葉綠素的話有很多人做，需要查一番文獻才行。
這東西不能手懶，ChemOffice里簡單一畫通常是不行的。

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9樓2010-12-31 15:08:09

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