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meixinqing金蟲 (著名寫手)
梅心晴｜一只蘑菇
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[交流]
【分享】metadynamics 的幾篇文獻 已有6人參與
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最近在研究metadynamics，發(fā)現(xiàn)小木蟲上討論的很少，之搜索到2個相關(guān)帖子，都是很久以前的 metadynamics主要用于計算free energy，有很多針對不同variables的sampling方法，我自己用的比較多是coordination number。 因為metadynamics可以做到time independent, 計算不同鍵長鍵角下的自由能，對研究化學反應的模擬有很大意義 下面一篇是Parrinello 的原始文獻，另一個是CPMD 4DAY tutorial的例子和練習，希望有所幫助，呵呵。 希望更多做metadynamics的可以來討論討論～ 那個4DAY tutorial源下載地址已經(jīng)失效了，但是很多論壇上都有下載，相信熟悉cpmd的同學都不陌生，我就不提供啦 http://pic.www.gaoyang168.com/file.php?id=151 [ Last edited by meixinqing on 2010-11-29 at 06:39 ] |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-11-29 18:14:42
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-11-29 18:14:42
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樓主做化學反應, 或者計算rare event? metadynamics比較tricky, 當然, 所有的rare event的模擬, 現(xiàn)在還都沒有很好的方法. 覺得有幾點值得關(guān)注: (1) String method http://www.cims.nyu.edu/~eve2/ (2) Accelerated molecular dynamics methods 文獻蠻多的, 也有綜述 (3) 日本有個家伙在做 abinit+Blue Moon method, 可是似乎還沒有收工 (4) Lammps里面的PRD, 也是這一類的. 我自己對這個也有些興趣, 大家可以一起討論. |
2樓2010-11-29 09:47:59
meixinqing
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木有做化學反應，模擬的也是很簡單的體系，諸如幾十個H2O＋若干金屬離子＋陰離子之類的。因為我研究的體系對coordination number有要求，正好metadynamics可以以這個作為其中一個變量，所以就拿來用（老板的idea。。我也是初學） ls提出的觀點很專業(yè)，呵呵。也不知道算不算是計算小概率事件。之前想通過fitting potential然后用MM計算的，但是fitting potential貌似很困難，用DFT算出來的結(jié)果怎么都不能fit到L-J potential，所以用metadynamics計算free energy也是一個嘗試吧 另外因為metadynamics是time independent的 所以也想計算到更長時間， ab initio計算幾個ps感覺還是比較短 這是目前的一點體會，也不知道對不對，要是有錯誤的地方還請ls專家多多指教  |
3樓2010-11-29 18:22:44
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