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meixinqing金蟲 (著名寫手)
梅心晴｜一只蘑菇
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[交流]
【分享】metadynamics 的幾篇文獻(xiàn) 已有6人參與
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最近在研究metadynamics，發(fā)現(xiàn)小木蟲上討論的很少，之搜索到2個(gè)相關(guān)帖子，都是很久以前的 metadynamics主要用于計(jì)算free energy，有很多針對(duì)不同variables的sampling方法，我自己用的比較多是coordination number。 因?yàn)閙etadynamics可以做到time independent, 計(jì)算不同鍵長(zhǎng)鍵角下的自由能，對(duì)研究化學(xué)反應(yīng)的模擬有很大意義 下面一篇是Parrinello 的原始文獻(xiàn)，另一個(gè)是CPMD 4DAY tutorial的例子和練習(xí)，希望有所幫助，呵呵。 希望更多做metadynamics的可以來討論討論～ 那個(gè)4DAY tutorial源下載地址已經(jīng)失效了，但是很多論壇上都有下載，相信熟悉cpmd的同學(xué)都不陌生，我就不提供啦 http://pic.www.gaoyang168.com/file.php?id=151 [ Last edited by meixinqing on 2010-11-29 at 06:39 ] |
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4樓2011-02-27 11:18:04
qphll
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-11-29 18:14:42
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-11-29 18:14:42
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樓主做化學(xué)反應(yīng), 或者計(jì)算rare event? metadynamics比較tricky, 當(dāng)然, 所有的rare event的模擬, 現(xiàn)在還都沒有很好的方法. 覺得有幾點(diǎn)值得關(guān)注: (1) String method http://www.cims.nyu.edu/~eve2/ (2) Accelerated molecular dynamics methods 文獻(xiàn)蠻多的, 也有綜述 (3) 日本有個(gè)家伙在做 abinit+Blue Moon method, 可是似乎還沒有收工 (4) Lammps里面的PRD, 也是這一類的. 我自己對(duì)這個(gè)也有些興趣, 大家可以一起討論. |
2樓2010-11-29 09:47:59
meixinqing
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木有做化學(xué)反應(yīng)，模擬的也是很簡(jiǎn)單的體系，諸如幾十個(gè)H2O＋若干金屬離子＋陰離子之類的。因?yàn)槲已芯康捏w系對(duì)coordination number有要求，正好metadynamics可以以這個(gè)作為其中一個(gè)變量，所以就拿來用（老板的idea。。我也是初學(xué)） ls提出的觀點(diǎn)很專業(yè)，呵呵。也不知道算不算是計(jì)算小概率事件。之前想通過fitting potential然后用MM計(jì)算的，但是fitting potential貌似很困難，用DFT算出來的結(jié)果怎么都不能fit到L-J potential，所以用metadynamics計(jì)算free energy也是一個(gè)嘗試吧 另外因?yàn)閙etadynamics是time independent的 所以也想計(jì)算到更長(zhǎng)時(shí)間， ab initio計(jì)算幾個(gè)ps感覺還是比較短 這是目前的一點(diǎn)體會(huì)，也不知道對(duì)不對(duì)，要是有錯(cuò)誤的地方還請(qǐng)ls專家多多指教  |
3樓2010-11-29 18:22:44
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5樓2011-12-18 23:24:02
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