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[交流]
【求助】安裝mpich2時如何產(chǎn)生mpicc及mpifort
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mpich2安裝好了之后沒有mpicc或者mpifort啊，怎么辦，下一步單機并行編譯的時候需要這個東西啊，看了網(wǎng)上很多帖子，還是沒有弄明白，大家怎么讓icc成為mpicc及ifort成為mpifort的，不會是做個軟鏈接吧，我太菜了看不懂啊 也就是如何讓mpicc認(rèn)定自己鏈接的是icc，還是gcc，及mpifort鏈接的是ifort還是gfortran 謝謝了 [ Last edited by xk6891 on 2010-11-29 at 08:57 ] |
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2樓2010-11-29 09:37:10
3樓2010-11-29 09:51:20
4樓2010-11-29 10:29:24
5樓2010-11-29 10:34:27
頂一下 6樓2010-11-29 11:15:51
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-11-29 18:12:30
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-11-29 18:12:30
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在我的mac系統(tǒng)下解決 步驟如下 (1) # ./configure --prefix=/YOUR_DESTTINITION_FOLDER --enable-f77 --enable-fc --enable-cxx F77=ifort FC=ifort CC=icc CXX=icc (2) # make (3) # make install 然后進(jìn)入(1) 中指定的mpich的安裝目錄, 可以看到如下命令: mpic++, mpicc, mpicxx, mpif77, mpif90 證明了mpich 和 C++, Fortran編譯器的耦合 前提: 安裝好Intel C++ 和 Intel Fortran Compiler 后續(xù)注意: 如果系統(tǒng)中安裝多個版本的編譯命令, 在使用的時候, 指明其絕對路徑, 以免系統(tǒng)自己調(diào)用的那個, 不是你想要的. 此貼已解. |
7樓2010-11-29 11:46:16
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太感謝了，我剛剛做好，但是效率不高。原來做過一次并行l(wèi)ammps，是直接從新立德里面安裝的openmpi，我當(dāng)時不知道怎么生成的這些mpif77，mpicc這些東西。直到昨天晚上想把cpmd并行一下，一直無法成功，才發(fā)現(xiàn)這些新立德安裝的東西是直接指向gfortran與gcc的，而cpmd貌似不能用gfortran編譯，我不知道怎么辦了（如果可以更改新立德的mpif77的軟鏈接指向ifort或者f77，可能就可以通過了）。接著用mpich2，自己設(shè)置了一下。下面是比較并行與串行的結(jié)果： （1）并行 ================================================================ BIG MEMORY ALLOCATIONS EIGRB 1716008 SCR 811025 SCR 810871 TWNS 520000 ATWFR 401600 C2 367016 C0 367016 SC0 367016 PME 367008 GNL 321280 ---------------------------------------------------------------- [PEAK NUMBER 100] PEAK MEMORY 7655183 = 61.2 MBytes ================================================================ **************************************************************** * * * TIMING * * * **************************************************************** SUBROUTINE CALLS CPU TIME ELAPSED TIME FFT-G/S 43614 149.00 135.40 INVFFTN 9600 88.00 114.19 FNONLOC 141 85.00 96.83 RNLSM1 259 54.00 59.25 FWFFTN 3384 39.00 40.34 RHOOFR 259 31.00 35.82 N-FFTCOM 12984 30.00 37.82 FWFFT 1295 25.00 24.74 VPSI 141 21.00 23.22 GCENER 259 19.00 19.43 EICALC 259 15.00 13.30 INVFFT 1036 15.00 19.29 RGS 221 14.00 10.27 GLOSUM 2864 12.00 10.72 PHASE 2331 7.00 5.43 FFTCOM 2331 7.00 13.26 RNLSM2 11 6.00 8.21 GRADEN 259 5.00 8.10 XCENER 259 4.00 4.58 ROTATE 141 4.00 3.06 PCGRAD 100 4.00 5.73 VOFRHOA 259 3.00 2.17 FORCES 141 2.00 1.22 ---------------------------------------------------------------- TOTAL TIME 639.00 692.40 **************************************************************** CPU TIME : 0 HOURS 10 MINUTES 42.00 SECONDS ELAPSED TIME : 0 HOURS 11 MINUTES 45.81 SECONDS *** CPMD| SIZE OF THE PROGRAM IS 46828/ 156904 kBYTES *** PROGRAM CPMD ENDED AT: Mon Nov 29 11:33:57 2010 ================================================================ = COMMUNICATION TASK AVERAGE MESSAGE LENGTH NUMBER OF CALLS = = SEND/RECEIVE 38691. BYTES 481. = = BROADCAST 10919. BYTES 543. = = GLOBAL SUMMATION 9510. BYTES 3687. = = GLOBAL MULTIPLICATION 0. BYTES 1. = = ALL TO ALL COMM 594281. BYTES 15315. = = PERFORMANCE TOTAL TIME = = SEND/RECEIVE 98.938 MB/S 0.188 SEC = = BROADCAST 198.743 MB/S 0.030 SEC = = GLOBAL SUMMATION 2.342 MB/S 14.973 SEC = = GLOBAL MULTIPLICATION 0.000 MB/S 0.001 SEC = = ALL TO ALL COMM 178.818 MB/S 50.898 SEC = = SYNCHRONISATION 0.085 SEC = ================================================================ （2）串行 ================================================================ BIG MEMORY ALLOCATIONS EIGRB 3433808 SCR 1649515 SCR 1649361 SC0 734312 C0 734312 C2 734312 PME 734304 XF 610610 PSI 610610 YF 610610 ---------------------------------------------------------------- [PEAK NUMBER 98] PEAK MEMORY 14009863 = 112.1 MBytes ================================================================ **************************************************************** * * * TIMING * * * **************************************************************** SUBROUTINE CALLS CPU TIME ELAPSED TIME INVFFTN 9600 172.00 178.95 FNONLOC 141 99.00 103.04 FFT-G/S 25968 87.00 98.18 RNLSM1 259 76.00 80.03 FWFFTN 3384 60.00 64.62 RHOOFR 259 45.00 44.45 FWFFT 1295 39.00 42.39 INVFFT 1036 37.00 33.23 GCENER 259 36.00 34.37 VPSI 141 34.00 28.35 EICALC 259 16.00 14.40 RGS 221 13.00 11.96 RNLSM2 11 9.00 10.64 PHASE 2331 8.00 7.07 XCENER 259 7.00 7.94 GRADEN 259 6.00 10.17 ROTATE 141 5.00 4.80 PCGRAD 100 4.00 5.14 FORCES 141 3.00 1.29 VOFRHOB 259 3.00 3.66 OVLAP 141 3.00 4.35 KIN_ENERGY 259 2.00 1.18 ---------------------------------------------------------------- TOTAL TIME 764.00 790.19 **************************************************************** CPU TIME : 0 HOURS 12 MINUTES 46.00 SECONDS ELAPSED TIME : 0 HOURS 13 MINUTES 15.23 SECONDS *** CPMD| SIZE OF THE PROGRAM IS 65168/ 156984 kBYTES *** PROGRAM CPMD ENDED AT: Mon Nov 29 10:29:00 2010 （3）并行只用一個cpu ================================================================ BIG MEMORY ALLOCATIONS EIGRB 3433808 SCR 1649515 SCR 1649361 SC0 734312 C0 734312 C2 734312 PME 734304 YF 610610 XF 610610 PSI 610610 ---------------------------------------------------------------- [PEAK NUMBER 100] PEAK MEMORY 14128259 = 113.0 MBytes ================================================================ **************************************************************** * * * TIMING * * * **************************************************************** SUBROUTINE CALLS CPU TIME ELAPSED TIME INVFFTN 9600 171.00 171.87 FFT-G/S 43614 149.00 134.67 FNONLOC 141 133.00 70.52 RNLSM1 259 100.00 51.25 FWFFTN 3384 53.00 59.53 FWFFT 1295 51.00 37.25 RHOOFR 259 47.00 48.39 VPSI 141 36.00 29.66 GCENER 259 33.00 33.61 INVFFT 1036 25.00 29.12 RGS 221 15.00 6.36 EICALC 259 12.00 13.97 RNLSM2 11 12.00 6.32 PCGRAD 100 9.00 5.07 FFTCOM 2331 6.00 3.76 OVLAP 141 6.00 2.54 GRADEN 259 5.00 9.44 N-FFTCOM 12984 4.00 6.13 PHASE 2331 4.00 8.01 XCENER 259 4.00 7.83 ROTATE 141 4.00 2.36 VOFRHOA 259 3.00 2.97 VOFRHOB 259 2.00 3.54 ---------------------------------------------------------------- TOTAL TIME 884.00 744.18 **************************************************************** CPU TIME : 0 HOURS 14 MINUTES 48.00 SECONDS ELAPSED TIME : 0 HOURS 12 MINUTES 29.39 SECONDS *** CPMD| SIZE OF THE PROGRAM IS 67768/ 177868 kBYTES *** PROGRAM CPMD ENDED AT: Mon Nov 29 11:47:49 2010 AMD Athlon64 X2的cpu，用的是icc與ifort，好像內(nèi)存的使用率一直不高，并行和串行的差不多，但是cpu的利用率一直都是很高的。這是只能達(dá)到這個并行的地步了，還是還有提高的空間，我剛接觸linux還很菜，還請專家多多指教。謝謝了。 |
8樓2010-11-29 12:06:33
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
xk6891(金幣+5):3Q～～專家顧問～～呵呵 2010-11-29 13:19:50
ghcacj(金幣+7):謝謝 2010-11-29 18:12:45
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
xk6891(金幣+5):3Q～～專家顧問～～呵呵 2010-11-29 13:19:50
ghcacj(金幣+7):謝謝 2010-11-29 18:12:45
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首先, 啥叫"新立德", 我看到你回復(fù)有好幾處, 大概能猜到, 但是想確認(rèn)一下, 哈哈. 另外, 關(guān)于編譯器的選擇, 這個是很"為難"的事情. 從我自己的經(jīng)驗來講 (沒有benchmark的數(shù)據(jù)), 大概我估摸出這么幾個比較優(yōu)化的組合: (1) Quantum-espresso: Intel (2) Lammps, CPMD: PGI 或者說, 我感覺除了 Quantum-espresso 在intel下速度很滿意之外, 其他的都是PGI占優(yōu). 當(dāng)然, 這只是在你自己的cluster上的時候的情況. 一般大型的機器, 一般都有專門經(jīng)過優(yōu)化的編譯器. 所以我的建議是: 在允許的范圍內(nèi), 嘗試幾種編譯器. 不管怎樣, 能安裝起來, 能順利并行起來是王道, 后面的優(yōu)化, 是比較tricky的, 而且, 似乎如果"太"專注優(yōu)化了, 可能會帶來比較大的浮點數(shù)誤差. 我依稀記得有文章(或者書)說過這個, 但是忘記出處了. |
9樓2010-11-29 12:24:31
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哦，呵呵，我剛剛接觸linux系統(tǒng)用的是ubuntu，據(jù)說比較容易上手，“新立得軟件包管理器”有點像windows里面的“控制面板”，如果在“新立得”能找到你所需要的安裝代碼的話，安裝的時候只要選定，點擊“應(yīng)用”就可以安裝了，省去了編譯的過程，感覺這是ubuntu最方便之處。 啊，不好意思，  ，還沒有cluster，我只是在自己的單機上雙核并行實驗一下，感謝專家的經(jīng)驗，一定謹(jǐn)記回頭有機會一定實驗一下這些優(yōu)化。再次對您詳盡的指導(dǎo)表示感謝  真的是受益匪淺，學(xué)到很多東西。謝謝您。 [ Last edited by xk6891 on 2010-11-29 at 13:20 ] |
10樓2010-11-29 13:18:48
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