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幽幽之蘭鐵蟲 (初入文壇)
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[交流]
【求助/交流】懇求：如何進行序列拼接 已有6人參與
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請問各位如何將測得的序列進行拼接啊，要是有詳細的圖文解析那就更感謝啦， O(∩_∩)O~ |
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wywangying169
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用ContigExpress軟件就可以拼接
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
1949stone(金幣+4):夠熱心 鼓勵 2010-12-03 16:56:03
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此名為ContigExpress的軟件可用于做序列拼接，主要使用方法如下： 1. 解壓縮下載的壓縮文件contig.zip文件，保證文件CExpress.exe,Gexudat.def在同一個目錄下，打開Cexpress.exe應(yīng)用程序，進入ContigExpress操作界面，如圖1。 圖1 2. 點擊菜單上的“Project”選擇“Add Fragments”，一般我們發(fā)給您的是AB1文件，如果您有其它格式的文件，也可以選擇，在這里我們選擇AB1文件，以其為例，如圖2。 圖2 3. 選擇您存放AB1文件（即我們Email給您的測序結(jié)果的彩圖文件）的目錄，選擇文件類型為ALL FILES, 之后打開要拼接的AB1，從而添加進ContigExpress軟件。在此以A、B兩個序列為例，如果有多個序列的也可以同時添加進入。 圖3 4. 選中要拼接的序列，再選菜單 “Assemble”欄下的“Assemble Selected Fragments”命令，或用工具欄上的按鈕，如圖3。若兩個結(jié)果能夠拼接起來的，會得到一個Assemble1下的contig1的結(jié)果，如圖4。 圖4 5. 雙擊contig1，打開拼接后的結(jié)果，選中菜單“VIEW”欄，進入VIEW OPTION，將SHOW ALIGNMENT AS 由 TEXT 改為 GRAPH.，點擊OK 后得到結(jié)果如圖5。此時可能會因為兩條序列的測序結(jié)果誤差，會有不同的地方，在拼接圖片框中的綠色豎杠就表示了這些不同的地方，如圖所示。接著可點擊綠色豎杠找到有誤差的地方，進行修改。 6. 在修改過程中，遇到有誤差的地方，可以根據(jù)峰形來判斷是多讀還是漏讀來進行修改，此時電腦認為是漏讀堿基的地方會以點來表示，如圖5，此處很明顯是A序列上多讀了一個G堿基，可將其刪除。（注：因為軟件本身的問題，只有在拼接過程中是正向的序列才能進行修改操作，若在反向上修改堿基，保存時會產(chǎn)生錯誤而直接關(guān)閉程序。所以若要修改反向序列上的堿基，可先保存后，把原有的Assemble1的結(jié)果拆開，點序列圖標上的“Name”，如圖3，所選中的序列上的一個“name”橫欄，使序列按Name的升降次序來排列，把要作為正向的序列放到要作為反向序列上面即可。以此序列為例，將其改變方向后可實現(xiàn)反向拼接，如圖6。此時反向拼接中，電腦也會將整條序列自動進行反向互補。若有多條序列只要讓反向序列在正向序列上即可。建議最好是修改一個堿基后就保存一下，然后拆開了再拼接，這樣可以最大程度地避免誤差。） 圖5 圖6 7. 全部修改完成后，所有的綠色豎杠就消失了，但電腦對那些個別堿基不同，即沒有多讀或漏讀的現(xiàn)象，不會用綠色豎杠標出，這樣也就是說，在整個序列中還有誤差存在，所以這時我們就需要用到工具欄上的另一個按鈕“find next ambiguous”，如圖7，來找序列中因兩條序列堿基不同而出現(xiàn)的N值，需要記住此時也只能在正鏈上進行修改。如圖，此處依據(jù)峰形可確定A鏈上的C應(yīng)該為A，把它校正即可。 圖7 8. 經(jīng)過校正和修改之后，兩條序列的重疊部分已經(jīng)完全一致，序列已經(jīng)拼通，可以把整個拼接結(jié)果保存下來，若想拷貝并保存整條序列，可以右擊contig1選取“Select All”，再選“Copy sequence from … bp to … bp”，如圖8。然后打開可存放文本的應(yīng)用程序，如記事本，把整個序列粘貼進去，保存即可。 圖8 |
2樓2010-12-03 16:47:45
wywangying169
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謝謝指點 9樓2015-10-01 15:04:07
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