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cgdsbsd新蟲 (初入文壇)
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[求助]
葉綠體序列拼接 已有1人參與
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我現(xiàn)在有基因組數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，怎么提取出葉綠體基因，并且拼接成一個(gè)圓環(huán)��？ 我開始是想先用一個(gè)從NCBI上下載的一個(gè)相近物種的葉綠體基因做reference，然后用soap2把基因組序列mapping到reference上，篩選出可能是葉綠體的短read，用soapdenovo將這些read拼接成contig，然后用BWA mapping在reference上，看有多少gap ，在gap兩端設(shè)計(jì)引物做PCR，將gap補(bǔ)滿，不知道這個(gè)思路對(duì)不對(duì)？ 現(xiàn)在我得出的短read都是單序列，沒有成對(duì)的，然后從頭合成拼接的時(shí)候生成2500多條contig,而且最長的才300多bp，沒有scafer生成，下一步不知道該怎么繼續(xù)了，很茫然，請(qǐng)各位大牛幫忙，謝謝。。。 |
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2樓2012-07-27 17:06:54
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【答案】應(yīng)助回帖
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目前我也在做水稻葉綠體基因組組裝，原始數(shù)據(jù)如下是水稻基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)（rawdata.fastq.gz），根據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)已經(jīng)進(jìn)行了以下分析： 利用bwa得到mapping到reference的.bam文件 利用samtools從bam文件提取mapped reads.bam（20M左右） 利用soapdenovo或者velvet進(jìn)行組裝獲得了scaffold序列，但是只有100k不到，而水稻葉綠體基因組大約130多k 下面就不知道怎么做了，也不知道前面的步驟對(duì)不對(duì)！ 樓主問題解決了嗎？是怎么做的呢？ |
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9樓2019-03-05 16:23:49
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