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[交流]
【求助】NAMD: water box時(shí)，立方水體的邊界該怎樣確定？先謝了 已有3人參與
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在生成立方水體時(shí)用到的命令是： package require solvate solvate ***.psf ***.pdb -t * -o *** 現(xiàn)在有個(gè)問題： 參數(shù)-t * 是通知程序如何確定立方水體的個(gè)邊長(zhǎng)。（每個(gè)坐標(biāo)方向上選擇坐標(biāo)最大的那個(gè)原子，然后再延伸*A），那么這個(gè)-t后的*參數(shù)是怎樣確定的呢？？望各位高手指點(diǎn)，期待大家的回復(fù)，謝謝各位了 |
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wally8962
木蟲 (著名寫手)
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+5): 這個(gè)答案比較詳細(xì)，我一般都用1nm，呵呵 2011-02-21 22:31:07
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+5): 這個(gè)答案比較詳細(xì)，我一般都用1nm，呵呵 2011-02-21 22:31:07
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周期性盒該取多大？ 基本原則是，不讓你關(guān)心的目標(biāo)（蛋白質(zhì)）能作用到另一個(gè)鏡像中的自身，也即盒子尺寸要大于長(zhǎng)程作用截?cái)喟霃?蛋白質(zhì)尺寸 隨著計(jì)算機(jī)速度的提升，現(xiàn)在又傾向于另一個(gè)準(zhǔn)則，不讓你兩個(gè)盒子中的目標(biāo)能同時(shí)作用一個(gè)水分子，也即盒子尺寸要大于長(zhǎng)程作用截?cái)喟霃?2+蛋白質(zhì)尺寸 |
4樓2011-02-20 22:07:10
2樓2010-12-10 10:02:02
zhaoyanfei
木蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
3樓2011-02-20 14:11:56
5樓2011-02-21 10:57:59
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