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auybv金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多嗎？如何選擇？ 已有5人參與
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| 現(xiàn)在剛剛開始做分子動力學模擬，在這方面應該說還是初學者。我們實驗室動力學以前一直都用Amber，但是我要做的體系太大了，導師說計算起來會非常的慢。盡管不會慢到難以接受的程度，但還是感覺花費的時間太多。老師曾經(jīng)給我們提到過Gromacs和NAMD，當時只是說這兩個功能強大，但是學起來特別難，建議我們把Amber掌握好了之后再慢慢學習。我最近聽說這兩個程序的計算速度比Amber快很多，是這樣嗎？如果確實快，對同樣的體系能快多少？另外，如果跳過Amber，直接學習Gromacs或者NAMD是否可行？我需要計算的分子這三個程序都是可以很好的完成的。畢竟現(xiàn)在還缺乏這方面的基礎，對相關的研究也還缺乏了解，所以想聽聽大家的意見。 |
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5樓2010-10-25 11:37:18
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8樓2010-11-03 12:39:10
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