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御劍江湖榮譽(yù)版主 (著名寫(xiě)手)
天池冶海
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【轉(zhuǎn)帖】GROMACS分析程序討論，在gromacs中添加Amber力場(chǎng) 已有7人參與
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gromacs的分析程序很多，不知到各位平時(shí)都用到哪些呢？現(xiàn)在遇到的困惑是學(xué)會(huì)了做MD，但不會(huì)深入分析結(jié)果。我先說(shuō)說(shuō)我自己的,比較常規(guī)，拋磚引玉： g_energy：能量提取和分析 g_dist：研究?jī)蓚�(gè)基團(tuán)之間的距離波動(dòng) g_rms：研究某些基團(tuán)的位置偏離 g_rmsf：計(jì)算溫度因子，查看哪些殘基波動(dòng)較強(qiáng) g_rmsf可取平均結(jié)構(gòu)，用-ox參數(shù)輸出 g_gyrate：分析蛋白質(zhì)的回旋半徑變化 蛋白質(zhì)的回旋半徑反應(yīng)了蛋白質(zhì)分子的體積和形狀。同一體系的回旋半徑越大，說(shuō)明體系發(fā)生了膨脹。 g_gyrate –f md.trr –s md.tpr –o gyrate.xvg g_sas：分析溶劑的可及表面積（SASA） 它是描述蛋白質(zhì)疏水性的重要手段，氨基酸殘基的疏水性是影響蛋白質(zhì)折疊的重要物理作用。 g_sas -f md.trr -s md.tpr -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg do_dssp：分析蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)變化 group務(wù)必選擇protein，否則…… do_dssp –s md.tpr –f md.xtc –o ss.xpm g_dist和g_bond：提取兩個(gè)原子間距離隨時(shí)間變化 提取兩個(gè)原子距離隨時(shí)間變化，用g_dist和g_bond都可以。 g_dist的index寫(xiě)法是，在里面加入兩個(gè)group，內(nèi)容分別是這兩個(gè)原子序號(hào)，運(yùn)行比如g_dist -f a-sol-md.xtc -s a-sol-md.tpr -n index.ndx，之后會(huì)提示選擇group，分別選擇那兩個(gè)group就行了，結(jié)果輸出在dist.xvg，第二列是距離，后面三列是x/y/z的距離。 如果用g_bond，則index里新加入一個(gè)group，把兩個(gè)原子都寫(xiě)進(jìn)那一個(gè)group下。用的時(shí)候選這個(gè)group就行了，結(jié)果和g_dist的第二列的內(nèi)容一樣。 gromacs的分析程序很多，不知到各位平時(shí)都用到哪些呢？現(xiàn)在遇到的困惑是學(xué)會(huì)了做MD，但不會(huì)深入分析結(jié)果。我先說(shuō)說(shuō)我自己的,比較常規(guī)，拋磚引玉： g_energy：能量提取和分析g_dist：研究?jī)蓚�(gè)基團(tuán)之間的距離波動(dòng)g_rms：研究某些基團(tuán)的位置偏離g_rmsf：計(jì)算溫度因子，查看哪些殘基波動(dòng)較強(qiáng) g_rmsf可取平均結(jié)構(gòu)，用-ox參數(shù)輸出g_gyrate：分析蛋白質(zhì)的回旋半徑變化蛋白質(zhì)的回旋半徑反應(yīng)了蛋白質(zhì)分子的體積和形狀。同一體系的回旋半徑越大，說(shuō)明體系發(fā)生了膨脹。 g_gyrate –f md.trr –s md.tpr –o gyrate.xvg g_sas：分析溶劑的可及表面積（SASA）它是描述蛋白質(zhì)疏水性的重要手段，氨基酸殘基的疏水性是影響蛋白質(zhì)折疊的重要物理作用。 g_sas -f md.trr -s md.tpr -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvgdo_dssp：分析蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)變化 group務(wù)必選擇protein，否則…… do_dssp –s md.tpr –f md.xtc –o ss.xpmg_dist和g_bond：提取兩個(gè)原子間距離隨時(shí)間變化 提取兩個(gè)原子距離隨時(shí)間變化，用g_dist和g_bond都可以。g_dist的index寫(xiě)法是，在里面加入兩個(gè)group，內(nèi)容分別是這兩個(gè)原子序號(hào)，運(yùn)行比如g_dist -f a-sol-md.xtc -s a-sol-md.tpr -n index.ndx，之后會(huì)提示選擇group，分別選擇那兩個(gè)group就行了，結(jié)果輸出在dist.xvg，第二列是距離，后面三列是x/y/z的距離。如果用g_bond，則index里新加入一個(gè)group，把兩個(gè)原子都寫(xiě)進(jìn)那一個(gè)group下。用的時(shí)候選這個(gè)group就行了，結(jié)果和g_dist的第二列的內(nèi)容一樣。 gromacs的分析程序很多，不知到各位平時(shí)都用到哪些呢？現(xiàn)在遇到的困惑是學(xué)會(huì)了做MD，但不會(huì)深入分析結(jié)果。我先說(shuō)說(shuō)我自己的,比較常規(guī)，拋磚引玉：g_energy：能量提取和分析g_dist：研究?jī)蓚�(gè)基團(tuán)之間的距離波動(dòng)g_rms：研究某些基團(tuán)的位置偏離g_rmsf：計(jì)算溫度因子，查看哪些殘基波動(dòng)較強(qiáng)g_rmsf可取平均結(jié)構(gòu)，用-ox參數(shù)輸出g_gyrate：分析蛋白質(zhì)的回旋半徑變化蛋白質(zhì)的回旋半徑反應(yīng)了蛋白質(zhì)分子的體積和形狀。同一體系的回旋半徑越大，說(shuō)明體系發(fā)生了膨脹。g_gyrate –f md.trr –s md.tpr –o gyrate.xvgg_sas：分析溶劑的可及表面積（SASA）它是描述蛋白質(zhì)疏水性的重要手段，氨基酸殘基的疏水性是影響蛋白質(zhì)折疊的重要物理作用。g_sas -f md.trr -s md.tpr -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvgdo_dssp：分析蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)變化group務(wù)必選擇protein，否則……do_dssp –s md.tpr –f md.xtc –o ss.xpmg_dist和g_bond：提取兩個(gè)原子間距離隨時(shí)間變化提取兩個(gè)原子距離隨時(shí)間變化，用g_dist和g_bond都可以。g_dist的index寫(xiě)法是，在里面加入兩個(gè)group，內(nèi)容分別是這兩個(gè)原子序號(hào)，運(yùn)行比如g_dist -f a-sol-md.xtc -s a-sol-md.tpr -n index.ndx，之后會(huì)提示選擇group，分別選擇那兩個(gè)group就行了，結(jié)果輸出在dist.xvg，第二列是距離，后面三列是x/y/z的距離。如果用g_bond，則index里新加入一個(gè)group，把兩個(gè)原子都寫(xiě)進(jìn)那一個(gè)group下。用的時(shí)候選這個(gè)group就行了，結(jié)果和g_dist的第二列的內(nèi)容一樣。 在gromacs中添加Amber力場(chǎng) （GROMACS4.5自帶Amber力場(chǎng)） Install FF: 所有信息來(lái)自http://folding.stanford.edu/ffamber/ 1.下載力場(chǎng) ： http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1.tar.gz (490 kB) http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1-doc.tar.gz (6.54 MB)帶文獻(xiàn)例子 2.解壓縮 3.把a(bǔ)minoacides.dat、vdwradii.dat拷到top文件夾下覆蓋，實(shí)際上一股腦考過(guò)去就完了。 4.子文件夾下的東西都拷到外面，也就是top里面。 5.修改FF.dat,修改第一行的數(shù)字，加上新添的力場(chǎng)數(shù)。 6.為每個(gè)新的力場(chǎng)增加新行，如： ffamber94 AMBER94 Cornell protein/nucleic forcefield ffamber99 AMBER99 Wang protein/nucleic acid forcefield ffamber99p AMBER99p protein/nucleic forcefield ffamber03 AMBER03 Duan protein/nucleic forcefield [ Last edited by 御劍江湖 on 2011-4-9 at 09:48 ] |
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