 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3298 | 回復(fù): 7 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
auybv金蟲 (小有名氣)
|
[交流]
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多嗎？如何選擇？ 已有5人參與
|
||
| 現(xiàn)在剛剛開始做分子動(dòng)力學(xué)模擬，在這方面應(yīng)該說還是初學(xué)者。我們實(shí)驗(yàn)室動(dòng)力學(xué)以前一直都用Amber，但是我要做的體系太大了，導(dǎo)師說計(jì)算起來會(huì)非常的慢。盡管不會(huì)慢到難以接受的程度，但還是感覺花費(fèi)的時(shí)間太多。老師曾經(jīng)給我們提到過Gromacs和NAMD，當(dāng)時(shí)只是說這兩個(gè)功能強(qiáng)大，但是學(xué)起來特別難，建議我們把Amber掌握好了之后再慢慢學(xué)習(xí)。我最近聽說這兩個(gè)程序的計(jì)算速度比Amber快很多，是這樣嗎？如果確實(shí)快，對(duì)同樣的體系能快多少？另外，如果跳過Amber，直接學(xué)習(xí)Gromacs或者NAMD是否可行？我需要計(jì)算的分子這三個(gè)程序都是可以很好的完成的。畢竟現(xiàn)在還缺乏這方面的基礎(chǔ)，對(duì)相關(guān)的研究也還缺乏了解，所以想聽聽大家的意見。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
11408總分309，一志愿東南大學(xué)求調(diào)劑，不挑專業(yè)
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
求調(diào)劑，一志愿 南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
環(huán)境工程 085701，267求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料工程專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
297求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
281求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
288資源與環(huán)境專碩求調(diào)劑，不限專業(yè)，有學(xué)上就行
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
求收留
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
085600 295分求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 【求助】關(guān)于藥物合成和微生物與生化藥學(xué)如何選擇的問題，想向有經(jīng)驗(yàn)的各位請(qǐng)教
已經(jīng)有27人回復(fù)
- 這樣的工作單位（南京vs中部省會(huì)城市）該如何選擇？？？
已經(jīng)有32人回復(fù)
- 請(qǐng)問在arcmap中如何加載coverage數(shù)據(jù)？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 不知道該如何選擇學(xué)校和導(dǎo)師
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 如何準(zhǔn)確快速的檢索所需要的信息————視頻如何編寫檢索式
已經(jīng)有63人回復(fù)
- 糾結(jié)！丹麥法國如何選擇，請(qǐng)大家?guī)兔μ峤ㄗh
已經(jīng)有33人回復(fù)
- 出國讀博士，國內(nèi)工作和博士，如何選擇，大家?guī)蛶兔�，謝了
已經(jīng)有23人回復(fù)
- 大家?guī)臀曳治鲆幌挛业膐ffer該如何選擇
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 研究生應(yīng)該如何選擇導(dǎo)師~~~
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 如何選擇小語種專業(yè)
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】GROMACS分析程序討論，在gromacs中添加Amber力場(chǎng)
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】在NAMD運(yùn)行中使用CHARMM格式的力場(chǎng)文件，但力場(chǎng)參數(shù)來自AMBER力場(chǎng)，會(huì)出問題?/a>
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】NAMD和Gromacs哪個(gè)簡(jiǎn)單？
已經(jīng)有5人回復(fù)
auybv
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1379.6
- 紅花: 1
- 帖子: 65
- 在線: 46.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 772565
- 注冊(cè): 2009-05-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
|
Amber我們實(shí)驗(yàn)室有，不需要再購買了，所以是免費(fèi)還是收費(fèi)關(guān)系不大。我關(guān)心的是計(jì)算速度以及學(xué)習(xí)的難度。畢竟我們老師用Amber已經(jīng)很熟練了，出現(xiàn)問題隨時(shí)都可以去請(qǐng)教。而如果用Gromacs和NAMD的話沒有任何人可以輔導(dǎo)，只能我自己一點(diǎn)點(diǎn)的摸索。所以后兩個(gè)程序如果在計(jì)算上能節(jié)省大量的時(shí)間，我可以考慮去學(xué)一下，否則還是先用Amber為好。目前正對(duì)這個(gè)比較頭疼，所以想請(qǐng)教一下。 [ Last edited by auybv on 2010-10-25 at 10:21 ] |
3樓2010-10-25 10:17:46
yalefield
金蟲 (文壇精英)
老漢一枚
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 129 (高中生)
- 貴賓: 0.17
- 金幣: 21238.9
- 散金: 3440
- 紅花: 66
- 帖子: 12101
- 在線: 759.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 96063
- 注冊(cè): 2005-10-07
- 專業(yè): 高等教育學(xué)
- 管轄: 計(jì)算模擬
2樓2010-10-25 08:42:59
yalefield
金蟲 (文壇精英)
老漢一枚
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 129 (高中生)
- 貴賓: 0.17
- 金幣: 21238.9
- 散金: 3440
- 紅花: 66
- 帖子: 12101
- 在線: 759.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 96063
- 注冊(cè): 2005-10-07
- 專業(yè): 高等教育學(xué)
- 管轄: 計(jì)算模擬
4樓2010-10-25 10:53:56
★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+1):謝謝 2010-10-25 12:23:50
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+1):謝謝 2010-10-25 12:23:50
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
5樓2010-10-25 11:37:18
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料工程專碩求調(diào)劑 +8 | hyl3153942 2026-03-29 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +5 | 亞克西good 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分 +6 | dongfang59 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 266分，求材料相關(guān)專業(yè)調(diào)劑 +5 | 哇呼哼呼哼 2026-03-30 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
 304材料求調(diào)劑
+5
|
鐘llll 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 化工專碩求調(diào)劑 +5 | question挽風(fēng) 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +6 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿廈門大學(xué)材料工程專碩354找調(diào)劑�。�！ +5 | 貝唄鋇鋇 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 282求調(diào)劑 +4 | wcq131415 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085404求調(diào)劑，總分309，本科經(jīng)歷較為豐富 +6 | 來財(cái)aa 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600，專業(yè)課化工原理，321分求調(diào)劑 +5 | 大饞小子 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 330分求調(diào)劑 +5 | qzenlc 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085602 307分 求調(diào)劑 +7 | 不知道叫什么！ 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +10 | jjjjjjjjjjl 2026-03-27 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 086000調(diào)劑 +3 | 7901117076 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[有機(jī)交流]
高溫高壓反應(yīng)求助
 10+4
|
chibby 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 08開頭275求調(diào)劑 +4 | 拉誰不重要 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[碩博家園] 北京林業(yè)大學(xué)碩導(dǎo)招生廣告 +6 | kongweilin 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +6 | 藍(lán)山月 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +3 | AZMK 2026-03-24 | 3/150 |
|