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auybv金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多嗎？如何選擇？ 已有5人參與
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| 現(xiàn)在剛剛開始做分子動(dòng)力學(xué)模擬，在這方面應(yīng)該說還是初學(xué)者。我們實(shí)驗(yàn)室動(dòng)力學(xué)以前一直都用Amber，但是我要做的體系太大了，導(dǎo)師說計(jì)算起來會(huì)非常的慢。盡管不會(huì)慢到難以接受的程度，但還是感覺花費(fèi)的時(shí)間太多。老師曾經(jīng)給我們提到過Gromacs和NAMD，當(dāng)時(shí)只是說這兩個(gè)功能強(qiáng)大，但是學(xué)起來特別難，建議我們把Amber掌握好了之后再慢慢學(xué)習(xí)。我最近聽說這兩個(gè)程序的計(jì)算速度比Amber快很多，是這樣嗎？如果確實(shí)快，對(duì)同樣的體系能快多少？另外，如果跳過Amber，直接學(xué)習(xí)Gromacs或者NAMD是否可行？我需要計(jì)算的分子這三個(gè)程序都是可以很好的完成的。畢竟現(xiàn)在還缺乏這方面的基礎(chǔ)，對(duì)相關(guān)的研究也還缺乏了解，所以想聽聽大家的意見。 |
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yalefield
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2樓2010-10-25 08:42:59
auybv
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Amber我們實(shí)驗(yàn)室有，不需要再購買了，所以是免費(fèi)還是收費(fèi)關(guān)系不大。我關(guān)心的是計(jì)算速度以及學(xué)習(xí)的難度。畢竟我們老師用Amber已經(jīng)很熟練了，出現(xiàn)問題隨時(shí)都可以去請(qǐng)教。而如果用Gromacs和NAMD的話沒有任何人可以輔導(dǎo)，只能我自己一點(diǎn)點(diǎn)的摸索。所以后兩個(gè)程序如果在計(jì)算上能節(jié)省大量的時(shí)間，我可以考慮去學(xué)一下，否則還是先用Amber為好。目前正對(duì)這個(gè)比較頭疼，所以想請(qǐng)教一下。 [ Last edited by auybv on 2010-10-25 at 10:21 ] |
3樓2010-10-25 10:17:46
yalefield
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4樓2010-10-25 10:53:56
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+1):謝謝 2010-10-25 12:23:50
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5樓2010-10-25 11:37:18
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8樓2010-11-03 12:39:10
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