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【求助】用DL_POLY2.0跑完動(dòng)力學(xué)以后，怎么看體系的勢(shì)能是否達(dá)到平衡？ 已有5人參與
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| 我用dl_poly2.0跑完動(dòng)力學(xué)以后，生成的軌跡文件history文件里面有勢(shì)能這一項(xiàng)，我想查看勢(shì)能是否達(dá)到平衡，怎么樣才能把勢(shì)能提取出來(lái)，大家都是怎么做到的？望幫忙謝謝�。� |
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zh1987hs(金幣+1):謝謝 2010-12-12 22:31:54
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zh1987hs(金幣+1):謝謝 2010-12-12 22:31:54
| 看statis 中的勢(shì)能項(xiàng)就行了 |
wangyulinup2樓2010-12-12 19:52:04
3樓2010-12-12 20:17:17
043114076
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4樓2010-12-13 08:49:22
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zh1987hs(金幣+2):thank you 2010-12-13 10:41:59
zh1987hs(金幣+2):thank you 2010-12-13 10:41:59
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非常感謝你的回復(fù)，哦，可是我這里用的dlpoly是在別人的超算中心上運(yùn)行的，他們沒(méi)有安裝gui。不知道你那里有dlpoly和gui的源程序嗎，能不能給我發(fā)一個(gè)，我的郵箱是wangjy@ciac.jl.cn謝謝 其實(shí)很早以前我申請(qǐng)過(guò)dlpoly程序的下載，可是后面我把他們給我的下載密碼給丟失了，所以我就沒(méi)有在申請(qǐng)。 |
5樓2010-12-13 09:59:53
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
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兩種方式 1.顯示DL_Poly輸出的勢(shì)能數(shù)據(jù)，如果隨時(shí)間增加，波動(dòng)減小并趨于某一穩(wěn)定數(shù)值，可以看做達(dá)到平衡； 2.在Understanding Molecular Simulation一書(shū)中，第四章和附錄D中，介紹通過(guò)block average來(lái)計(jì)算statistical error，進(jìn)而判斷計(jì)算時(shí)間是否足夠長(zhǎng)的方法。用同樣的方法，可以檢測(cè)勢(shì)能是否達(dá)到平衡。 推薦第二個(gè)方法！ |
6樓2011-11-10 10:40:21
wangyulinup
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8樓2014-11-20 11:00:42
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