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【討論】怎樣在平衡后生成最終的psf?pdb??謝謝指點 已有3人參與
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我自己模建的一個蛋白的三維結(jié)構(gòu),平衡動力學(xué)后,RMSD值也不錯,就想生成像結(jié)晶那樣含有水分子的pdb,以便后面的分析。我用這個命令生成的是含水合子的: 載入boule_wb.psf 載入boule_wb_eq.dcd 然后在Tk里輸入: set all [atomselect top protein] $all writepdb final.pdb $all writepsf final.psf 怎樣才能生成像結(jié)晶那樣含有水分子的pdb呢?、謝謝各位指點了 |
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