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ustbmars銅蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】如何計算平均滯留時間(residence time) 已有3人參與
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分析MD模擬軌跡, 想比較氧離子在不同元素離子周圍的平均滯留時間, 即residence time, 該如何統(tǒng)計? 請有經(jīng)驗的蟲蟲們不吝賜教啊. 如果有code可供參考那就更好了. 先謝謝了!  |
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zh1987hs(金幣+3):thank you 2010-12-21 21:22:49
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有兩種可能的方法，一種是記錄氧原子與某種元素離子的距離隨時間的信息（trajectory），然后根據(jù)人為設(shè)定的標準（例如兩者距離在$r_L$與$r_U$之間定義為相互作用的狀態(tài)）從trajectory中提取滯留時間，然后就能得到該時間的分布，最后便可以確定平均滯留時間；另一種是計算距離的時間相關(guān)函數(shù)，從而確定特征的相關(guān)時間。這個時間可以看作是平均滯留時間。后一種思路你也可以參考Gromacs中氫鍵的指認算法。 |
2樓2010-12-21 20:21:16
ustbmars
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3樓2010-12-21 23:45:53
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4樓2010-12-22 00:30:09
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“分析MD模擬軌跡, 想比較氧離子在不同元素離子周圍的平均滯留時間, 即residence time, 該如何統(tǒng)計?” 你的回答“有兩種可能的方法，一種是記錄氧原子與某種元素離子的距離隨時間的信息（trajectory），然后根據(jù)人為設(shè)定的標準（例如兩者距離在$r_L$與$r_U$之間定義為相互作用的狀態(tài)）從trajectory中提取滯留時間，然后就能得到該時間的分布，最后便可以確定平均滯留時間；另一種是計算距離的時間相關(guān)函數(shù)，從而確定特征的相關(guān)時間。這個時間可以看作是平均滯留時間。后一種思路你也可以參考Gromacs中氫鍵的指認算法。” 想請問下第一種方法具體怎么弄？我是用DL_POLY算的MD，渴望您的回復(fù) |
5樓2013-03-06 19:46:37
yahoohoo
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6樓2013-03-07 01:16:42
7樓2013-03-07 10:30:31
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8樓2013-03-08 01:05:12
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