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ustbmars銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】如何計(jì)算平均滯留時(shí)間(residence time) 已有3人參與
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分析MD模擬軌跡, 想比較氧離子在不同元素離子周圍的平均滯留時(shí)間, 即residence time, 該如何統(tǒng)計(jì)? 請(qǐng)有經(jīng)驗(yàn)的蟲(chóng)蟲(chóng)們不吝賜教啊. 如果有code可供參考那就更好了. 先謝謝了!  |
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yahoohoo
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8樓2013-03-08 01:05:12
yahoohoo
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+3):thank you 2010-12-21 21:22:49
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+3):thank you 2010-12-21 21:22:49
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有兩種可能的方法，一種是記錄氧原子與某種元素離子的距離隨時(shí)間的信息（trajectory），然后根據(jù)人為設(shè)定的標(biāo)準(zhǔn)（例如兩者距離在$r_L$與$r_U$之間定義為相互作用的狀態(tài)）從trajectory中提取滯留時(shí)間，然后就能得到該時(shí)間的分布，最后便可以確定平均滯留時(shí)間；另一種是計(jì)算距離的時(shí)間相關(guān)函數(shù)，從而確定特征的相關(guān)時(shí)間。這個(gè)時(shí)間可以看作是平均滯留時(shí)間。后一種思路你也可以參考Gromacs中氫鍵的指認(rèn)算法。 |
2樓2010-12-21 20:21:16
ustbmars
銅蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2010-12-21 23:45:53
yahoohoo
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4樓2010-12-22 00:30:09
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