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[交流] 【求助/交流】提取基因組DNA后瓊脂糖凝膠電泳顯示拖尾

各位大蝦，我提取基因組DNA活，跑瓊脂糖凝膠電泳顯示出拖尾現(xiàn)象，不知道是什么原因，怎么解決，藥品我已經(jīng)換過(guò)一批，但是結(jié)果還是一樣！請(qǐng)各位幫助！

我提的是沼氣發(fā)酵過(guò)程中樣品的DNA，用的是氯苯法！

[ Last edited by laughitoff on 2011-1-9 at 14:55 ]

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1樓 2011-01-09 13:08:22

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yangguoliguo

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rainwander(金幣+1):鼓勵(lì)積極參與交流~~~ 2011-01-09 21:39:49

1、瓊脂糖檢測(cè)DNA一般去1~5微升原液，加2微升溴酚藍(lán)便可，注意上樣濃度；
2、可能是原液濃度太大造成的；
3、可能DNA已降解。

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2樓2011-01-09 16:41:15

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brightfuture01

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rainwander(金幣+2):鼓勵(lì)積極參與交流~~~ 2011-01-09 21:40:49

引用回帖:

Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 13:08:22:
各位大蝦，我提取基因組DNA活，跑瓊脂糖凝膠電泳顯示出拖尾現(xiàn)象，不知道是什么原因，怎么解決，藥品我已經(jīng)換過(guò)一批，但是結(jié)果還是一樣！請(qǐng)各位幫助！

我提的是沼氣發(fā)酵過(guò)程中樣品的DNA，用的是氯苯法！

[ La ...

呵呵，拖尾的問(wèn)題很可能是實(shí)驗(yàn)上的一些細(xì)節(jié)造成的。我提沼氣發(fā)酵樣品微生物宏基因組DNA的時(shí)候用的是周集中的那個(gè)經(jīng)典CTAB法，跑0.8%的電泳看，23kb是單一條帶。

注意整個(gè)過(guò)程中的槍尖是剪掉頭部的，吸取上清等步驟要輕柔。注意到這些細(xì)節(jié)，提取出來(lái)的應(yīng)該是23kb左右的單一條帶。另外，可能需要多提幾次練練手。

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3樓2011-01-09 16:47:30

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也許有腐殖酸等雜質(zhì)的污染呢？

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4樓2011-01-09 19:43:02

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5樓2011-01-09 19:51:07

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我取過(guò)的樣品是加入Extration Buffer，在-20度保存的，提取前兩天解凍的，但從第一次提取的時(shí)候就脫尾啦，但現(xiàn)在已經(jīng)好幾天了，會(huì)不會(huì)出現(xiàn)菌體自溶現(xiàn)象，造成有小的DNA片段，產(chǎn)生拖尾嗎，而且我在提取之前我已經(jīng)離心了！

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6樓2011-01-09 20:56:58

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Originally posted by 在雨中 at 2011-01-09 19:43:02:
也許有腐殖酸等雜質(zhì)的污染呢？

有什么解決方法嗎？

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7樓2011-01-09 20:57:42

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Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 20:56:58:
我取過(guò)的樣品是加入Extration Buffer，在-20度保存的，提取前兩天解凍的，但從第一次提取的時(shí)候就脫尾啦，但現(xiàn)在已經(jīng)好幾天了，會(huì)不會(huì)出現(xiàn)菌體自溶現(xiàn)象，造成有小的DNA片段，產(chǎn)生拖尾嗎，而且我在提取之前我已經(jīng)離 ...

為什么是提取前兩天解凍而不是臨時(shí)解凍的呢？

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8樓2011-01-09 21:13:47

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Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 20:57:42:

有什么解決方法嗎？

在提取前對(duì)樣品進(jìn)行一定的脫腐處理呀。很簡(jiǎn)單。有一種TENP buffer，文獻(xiàn)中查的到的。

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9樓2011-01-09 21:48:20

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Originally posted by brightfuture01 at 2011-01-09 21:13:47:

為什么是提取前兩天解凍而不是臨時(shí)解凍的呢？

我樣品比較多，本想解凍完直接提DNA的，但是實(shí)驗(yàn)室進(jìn)儀器，收拾來(lái)著，沒(méi)提上，我想知道，會(huì)有影響嗎？

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10樓2011-01-09 22:20:38

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Originally posted by 在雨中 at 2011-01-09 21:48:20:

在提取前對(duì)樣品進(jìn)行一定的脫腐處理呀。很簡(jiǎn)單。有一種TENP buffer，文獻(xiàn)中查的到的。

是在提取前先加入這種Buffer，溶解嗎？我加入的是Extration Buffer，請(qǐng)問(wèn)加這種TENP buffer混勻之后需要將TENP buffer離心，棄掉嗎？

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11樓2011-01-09 22:25:11

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Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 22:25:11:

是在提取前先加入這種Buffer，溶解嗎？我加入的是Extration Buffer，請(qǐng)問(wèn)加這種TENP buffer混勻之后需要將TENP buffer離心，棄掉嗎？

是的。將這種buffer和樣品混合，震蕩，然后離心去上清，重復(fù)洗滌2,3次就可以達(dá)到去除腐殖酸的目的。如果你的樣品中腐殖酸很多，你會(huì)發(fā)現(xiàn)，棄去的上清很黑很黑的哦。

請(qǐng)參考文獻(xiàn)：楊戀，楊朝暉，曾光明，等．2008．好氧堆肥高溫期的嗜熱真菌和嗜熱放線菌群落結(jié)構(gòu) 環(huán)境科學(xué)學(xué)報(bào)，28(12)：2514—2521

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12樓2011-01-09 22:43:47

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Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 22:20:38:

我樣品比較多，本想解凍完直接提DNA的，但是實(shí)驗(yàn)室進(jìn)儀器，收拾來(lái)著，沒(méi)提上，我想知道，會(huì)有影響嗎？

Of course!!!!!!!!!! 樣品分成小份凍存，每次取出一只來(lái)提取DNA�？磥�(lái)你的樣品十分不珍貴。

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13樓2011-01-09 22:49:05

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