雁兒霏霏

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 2645.4
帖子: 883
在線: 160.1小時(shí)
蟲號(hào): 934537

[交流] 【求助】緊急求教讀取CHGCAR的matlab腳本，謝謝

現(xiàn)在需要深入研究vasp的CHGCAR，希望用matlab讀取它，但對(duì)矩陣的讀取一直沒查到相關(guān)資料，求教哪位有讀能提供取CHGCAR的matlab小腳本，謝謝。

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

296求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
0703化學(xué)調(diào)劑已經(jīng)有13人回復(fù)
085600材料與化工求調(diào)劑已經(jīng)有15人回復(fù)
085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
生物學(xué)調(diào)劑招人�。�！已經(jīng)有4人回復(fù)
0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑有科研經(jīng)歷有二區(qū)文章已經(jīng)有17人回復(fù)
一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
0856調(diào)劑，是學(xué)校就去已經(jīng)有7人回復(fù)
申博26年已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑已經(jīng)有10人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

繼續(xù)求助Matlab繪圖！已經(jīng)有8人回復(fù)
弱弱問一下：stereochemical activity 是什么意思？謝謝已經(jīng)有5人回復(fù)
緊急求助翻譯一篇德文文獻(xiàn)~翻譯其中合成的一部分~急求~謝謝~ 已經(jīng)有4人回復(fù)
matlab 計(jì)算過程中工作空間變量保存及讀取求解決內(nèi)存不足的方法已經(jīng)有5人回復(fù)
幫翻譯幾段文獻(xiàn)，請(qǐng)不要在線翻譯，謝謝已經(jīng)有2人回復(fù)
用matlab統(tǒng)計(jì)圖片中某種顏色成分占總圖片中所有顏色成分的比率已經(jīng)有4人回復(fù)
【求助】弱弱的問一下Matlab數(shù)據(jù)提取的問題已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】用matlab編程，需要將數(shù)據(jù)自檢分類（高手進(jìn)來指點(diǎn)下）已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】CHGCAR用什么來讀取已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助】matlab如何只讀取圖像的一部分？已經(jīng)有11人回復(fù)
【求助】有哪位大俠做過次氯酸叔丁酯��？幫幫我��！謝謝已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助】matlab讀取fortran輸出的txt文件【已解決】已經(jīng)有3人回復(fù)
【求助】求教matlab解非線性方程組已經(jīng)有9人回復(fù)
【求助】Weickert的各向異性擴(kuò)散方程的濾波方法的matlab程序代碼已經(jīng)有8人回復(fù)

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼

1樓 2011-01-15 10:33:48

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

liangab_234620

木蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 1341.2
帖子: 131
在線: 145.5小時(shí)
蟲號(hào): 461188

★ ★
sunyang1988(金幣+2): 謝謝幫助。這樣直接粘貼可能有格式錯(cuò)誤，如果方便請(qǐng)上傳到網(wǎng)盤 2011-01-16 14:10:22
雁兒霏霏(金幣+20): 謝謝大蝦，能給提供個(gè)程序文件嗎？粘貼有一些格式錯(cuò)誤。郵箱：shangyan2009@gmail.com ，謝謝！ 2011-01-16 19:37:24

% Read in CHG file to 3D matrix.

fid = fopen('CHG','r');

% Read POSCAR part of CHG file:
sysname = fgetl(fid);
lconst = fscanf(fid,'%f',1);
basisvec = fscanf(fid,'%f',[3,3])';
temp1 = fgetl(fid);
temp2 = fgetl(fid);
species = sscanf(temp2,'%i');
Natoms = sum(species);
temp3 = fgetl(fid);
atompos_f3 = fscanf(fid,'%f',[3,Natoms])';

volume = abs(dot(basisvec(1,

,cross(basisvec(2,

,basisvec(3,

)))*lconst^3;

% Read charge density data. (i,j,k) value in i+(j+k*Ny)*Nx, with coordinate
% system defined by basis vectors!:
gridsize = fscanf(fid,'%i',3);
Nx = gridsize(1);
Ny = gridsize(2);
Nz = gridsize(3);

temp4 = fscanf(fid,'%f',[Nx*Ny*Nz,1]);

density_sub_h1_surf=reshape(temp4,Nx,Ny,Nz)/volume;

% % Magnitization (if present):
% temp5 = fscanf(fid,'%i',3);
% temp6 = fscanf(fid,'%f',[Nx*Ny*Nz,1]);
% magn_lowacc_t2_N�蕆eshape(temp6,Nx,Ny,Nz)/volume;

% minval = min(min(min(density)));
% maxval = max(max(max(density)));

% For rectangular unit cell, unit axes:
% Plot isosurface:
% prect = patch(isosurface(density,7.5), 'FaceColor', 'red', 'EdgeColor', 'none');
% isonormals(density,prect);
% %axis tight;
% camlight; lighting phong;

% Non-rectangular (general) unit cell:
% Need to created position 3D matrices
xtemp = zeros(Nx*Ny*Nz,1);
ytemp = zeros(Nx*Ny*Nz,1);
ztemp = zeros(Nx*Ny*Nz,1);

for k = 0:Nz-1
for j = 0:Ny-1
      for i = 0:Nx-1
         xtemp(1+i+(j+k*Ny)*Nx) = i/Nx*basisvec(1,1)+j/Ny*basisvec(2,1)+k/Nz*basisvec(3,1);
         ytemp(1+i+(j+k*Ny)*Nx) = i/Nx*basisvec(1,2)+j/Ny*basisvec(2,2)+k/Nz*basisvec(3,2);
         ztemp(1+i+(j+k*Ny)*Nx) = i/Nx*basisvec(1,3)+j/Ny*basisvec(2,3)+k/Nz*basisvec(3,3);
      end
end
end

X = reshape(xtemp,Nx,Ny,Nz)*lconst;
Y = reshape(ytemp,Nx,Ny,Nz)*lconst;
Z = reshape(ztemp,Nx,Ny,Nz)*lconst;

z = squeeze(Z(1,1,

);
ave_z_h1 = squeeze(sum(sum(density_sub_h1_surf,1),2))/(Nx*Ny); %(sqrt(2)*Nx*Ny)*lconst^2;

figure
%subplot(211)
plot(z,ave_z_h1,'k')

% figure
% p = patch(isosurface(X,Y,Z,density,7.5), 'FaceColor', 'red', 'EdgeColor', 'none');
% isonormals(density,p);
% % maxx = max(basisvec(:,1))*lconst;
% % minx = min(basisvec(:,1))*lconst;
% % maxy = max(basisvec(:,2))*lconst;
% % miny = min(basisvec(:,2))*lconst;
% % maxz = max(basisvec(:,3))*lconst;
% % minz = min(basisvec(:,3))*lconst;
% % axis([minx maxx miny maxy minz maxz])
% camlight; lighting phong;

% Extract charge density along certain lines:

------------------------------

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

2樓2011-01-16 12:51:04

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

09njtpw

鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 33684.9
帖子: 3231
在線: 329.2小時(shí)
蟲號(hào): 860159

★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

1樓: Originally posted by 雁兒霏霏 at 2011-01-15 10:33:48:
現(xiàn)在需要深入研究vasp的CHGCAR，希望用matlab讀取它，但對(duì)矩陣的讀取一直沒查到相關(guān)資料，求教哪位有讀能提供取CHGCAR的matlab小腳本，謝謝。

不懂樓主問題解決了沒有？？方便傳一份腳本給我么？貼的那個(gè)有點(diǎn)亂

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

3樓2011-12-30 22:59:32

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +7	Ymlll 2026-03-18	10/500	2026-03-19 19:43 by maocaozhuxi
[考研] 能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名 +4	脫穎而出 2026-03-16	12/600	2026-03-19 16:17 by 脫穎而出
[考研] 271材料工程求調(diào)劑 +6	.6lL 2026-03-18	6/300	2026-03-19 15:41 by haoshis
[考研] 材料專碩274一志愿陜西師范大學(xué)求調(diào)劑 +8	薛云鵬 2026-03-13	8/400	2026-03-19 15:36 by haoshis
[考研] 317求調(diào)劑 +3	申子申申 2026-03-19	6/300	2026-03-19 14:16 by 申子申申
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +5	pupcoco 2026-03-17	8/400	2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 一志愿天大材料與化工（085600）總分338 +5	蔡大美女 2026-03-13	5/250	2026-03-19 10:44 by 是小劉呀～
[考研] 材料工程專碩調(diào)劑 +5	204818@lcx 2026-03-17	6/300	2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 085600材料與化工 +5	安全上岸！ 2026-03-16	5/250	2026-03-18 15:33 by cmz0325
[考研] 085601專碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限 +5	share_joy 2026-03-16	5/250	2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 311求調(diào)劑 +11	冬十三 2026-03-15	12/600	2026-03-18 14:36 by 星空星月
[考研] 298-一志愿中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑 +7	手機(jī)用戶 2026-03-17	7/350	2026-03-18 14:34 by vgtyfty
[考研] 考研化學(xué)學(xué)碩調(diào)劑，一志愿985 +4	張vvvv 2026-03-15	6/300	2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3	藥學(xué)chy 2026-03-15	4/200	2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[基金申請(qǐng)] 今年的國(guó)基金是打分制嗎？ 50+3	zhanghaozhu 2026-03-14	3/150	2026-03-16 17:07 by 北京萊茵潤(rùn)色
[考研] 中科院材料273求調(diào)劑 +4	yzydy 2026-03-15	4/200	2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 290分有科研經(jīng)歷，論文在投 +7	膩膩gk 2026-03-14	7/350	2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 070305求調(diào)劑 +3	mlpqaz03 2026-03-14	4/200	2026-03-15 11:04 by peike
[基金申請(qǐng)] 現(xiàn)在如何回避去年的某一個(gè)專家，不知道名字 +3	zk200107 2026-03-12	6/300	2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 311求調(diào)劑 +3	冬十三 2026-03-13	3/150	2026-03-13 20:41 by JourneyLucky