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雁兒霏霏

木蟲 (正式寫手)

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[交流] 【求助】緊急求教讀取CHGCAR的matlab腳本，謝謝

現(xiàn)在需要深入研究vasp的CHGCAR，希望用matlab讀取它，但對矩陣的讀取一直沒查到相關(guān)資料，求教哪位有讀能提供取CHGCAR的matlab小腳本，謝謝。

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1樓 2011-01-15 10:33:48

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liangab_234620

木蟲 (小有名氣)

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★ ★
sunyang1988(金幣+2): 謝謝幫助。這樣直接粘貼可能有格式錯誤，如果方便請上傳到網(wǎng)盤 2011-01-16 14:10:22
雁兒霏霏(金幣+20): 謝謝大蝦，能給提供個程序文件嗎？粘貼有一些格式錯誤。郵箱：shangyan2009@gmail.com ，謝謝！ 2011-01-16 19:37:24

% Read in CHG file to 3D matrix.

fid = fopen('CHG','r');

% Read POSCAR part of CHG file:
sysname = fgetl(fid);
lconst = fscanf(fid,'%f',1);
basisvec = fscanf(fid,'%f',[3,3])';
temp1 = fgetl(fid);
temp2 = fgetl(fid);
species = sscanf(temp2,'%i');
Natoms = sum(species);
temp3 = fgetl(fid);
atompos_f3 = fscanf(fid,'%f',[3,Natoms])';

volume = abs(dot(basisvec(1,

,cross(basisvec(2,

,basisvec(3,

)))*lconst^3;

% Read charge density data. (i,j,k) value in i+(j+k*Ny)*Nx, with coordinate
% system defined by basis vectors!:
gridsize = fscanf(fid,'%i',3);
Nx = gridsize(1);
Ny = gridsize(2);
Nz = gridsize(3);

temp4 = fscanf(fid,'%f',[Nx*Ny*Nz,1]);

density_sub_h1_surf=reshape(temp4,Nx,Ny,Nz)/volume;

% % Magnitization (if present):
% temp5 = fscanf(fid,'%i',3);
% temp6 = fscanf(fid,'%f',[Nx*Ny*Nz,1]);
% magn_lowacc_t2_N�蕆eshape(temp6,Nx,Ny,Nz)/volume;

% minval = min(min(min(density)));
% maxval = max(max(max(density)));

% For rectangular unit cell, unit axes:
% Plot isosurface:
% prect = patch(isosurface(density,7.5), 'FaceColor', 'red', 'EdgeColor', 'none');
% isonormals(density,prect);
% %axis tight;
% camlight; lighting phong;

% Non-rectangular (general) unit cell:
% Need to created position 3D matrices
xtemp = zeros(Nx*Ny*Nz,1);
ytemp = zeros(Nx*Ny*Nz,1);
ztemp = zeros(Nx*Ny*Nz,1);

for k = 0:Nz-1
for j = 0:Ny-1
      for i = 0:Nx-1
         xtemp(1+i+(j+k*Ny)*Nx) = i/Nx*basisvec(1,1)+j/Ny*basisvec(2,1)+k/Nz*basisvec(3,1);
         ytemp(1+i+(j+k*Ny)*Nx) = i/Nx*basisvec(1,2)+j/Ny*basisvec(2,2)+k/Nz*basisvec(3,2);
         ztemp(1+i+(j+k*Ny)*Nx) = i/Nx*basisvec(1,3)+j/Ny*basisvec(2,3)+k/Nz*basisvec(3,3);
      end
end
end

X = reshape(xtemp,Nx,Ny,Nz)*lconst;
Y = reshape(ytemp,Nx,Ny,Nz)*lconst;
Z = reshape(ztemp,Nx,Ny,Nz)*lconst;

z = squeeze(Z(1,1,

);
ave_z_h1 = squeeze(sum(sum(density_sub_h1_surf,1),2))/(Nx*Ny); %(sqrt(2)*Nx*Ny)*lconst^2;

figure
%subplot(211)
plot(z,ave_z_h1,'k')

% figure
% p = patch(isosurface(X,Y,Z,density,7.5), 'FaceColor', 'red', 'EdgeColor', 'none');
% isonormals(density,p);
% % maxx = max(basisvec(:,1))*lconst;
% % minx = min(basisvec(:,1))*lconst;
% % maxy = max(basisvec(:,2))*lconst;
% % miny = min(basisvec(:,2))*lconst;
% % maxz = max(basisvec(:,3))*lconst;
% % minz = min(basisvec(:,3))*lconst;
% % axis([minx maxx miny maxy minz maxz])
% camlight; lighting phong;

% Extract charge density along certain lines:

------------------------------

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2樓2011-01-16 12:51:04

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09njtpw

鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖

引用回帖:

1樓: Originally posted by 雁兒霏霏 at 2011-01-15 10:33:48:
現(xiàn)在需要深入研究vasp的CHGCAR，希望用matlab讀取它，但對矩陣的讀取一直沒查到相關(guān)資料，求教哪位有讀能提供取CHGCAR的matlab小腳本，謝謝。

不懂樓主問題解決了沒有？？方便傳一份腳本給我么？貼的那個有點亂

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3樓2011-12-30 22:59:32

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