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小木蟲(chóng)于金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】哪位有siesta-3.0-rc2呀？
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哪位有siesta-3.0-2啊，我的是beta 編譯時(shí)都能通過(guò)，單核能算但多核并行就有問(wèn)題，用mpich2和openmpi都有問(wèn)題，網(wǎng)上說(shuō)的很多辦法都試了，都不行，想試一下siesta-3.0-rc2，能奉獻(xiàn)一下么?萬(wàn)分感謝。 我郵箱yugd10@mails.jlu.edu.cn |
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guohuazhong
至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
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2樓2011-01-18 16:17:47
zhangguangping
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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小木蟲(chóng)于(金幣+1):謝謝參與
sunyang1988(金幣+2): 謝謝交流 2011-01-18 17:32:36
小木蟲(chóng)于(金幣+1): 2011-01-18 17:40:28
小木蟲(chóng)于(金幣+1):謝謝參與
sunyang1988(金幣+2): 謝謝交流 2011-01-18 17:32:36
小木蟲(chóng)于(金幣+1): 2011-01-18 17:40:28
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這個(gè)和版本沒(méi)有關(guān)系，和你的編譯有關(guān)系。就如樓上的所說(shuō)，試試吧。如果是Intel的內(nèi)核，建議用openmpi,我的沒(méi)有發(fā)現(xiàn)有什么問(wèn)題。并行不成功，一般說(shuō)來(lái)是因?yàn)閙pi的問(wèn)題。不要使用ifort11編譯，盡量使用ifort10或者ifort9。 另外能不能給出一個(gè)并行失敗的例子。包括輸入文件,出錯(cuò)信息。 [ Last edited by zhangguangping on 2011-1-18 at 10:36 ] |
3樓2011-01-18 17:26:09
zhangguangping
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4樓2011-01-18 20:26:06
小木蟲(chóng)于
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5樓2011-01-18 21:46:11
zhangguangping
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+3): 謝謝討論 2011-01-18 22:27:22
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+3): 謝謝討論 2011-01-18 22:27:22
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不知道你用的mkl是什么版本，建議用和ifort版本相近的。不要使用過(guò)高的版本。 我的mkl的em64t是沒(méi)有blas的，只有l(wèi)apack，但是我沒(méi)有直接使用這個(gè)。 是編譯的時(shí)候使用的庫(kù)函數(shù)是： BLAS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide LAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core BLACS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64 SCALAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 在使用blacs的時(shí)候由于我使用的是openmpi，所以選擇的是這個(gè)。 我去測(cè)試了一下你說(shuō)的那個(gè)例子，我的串行能算，但是并行的時(shí)候也是不能算。 具體的錯(cuò)誤是cell的分配問(wèn)題。 Cells per Processor = 0 36 Cells per Processor = 1 0 Cells per Processor = 2 0 Cells per Processor = 3 0 Warning: Bad load balancing: no cells allocated to node 1 Try specifying a number of nodes that is an exact factor of the number of cells: 36 ERROR STOP from Node: 0 ERROR STOP from Node: 0 -------------------------------------------------------------------------- MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1. NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them. -------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- mpirun has exited due to process rank 0 with PID 29111 on node localhost exiting without calling "finalize". This may have caused other processes in the application to be terminated by signals sent by mpirun (as reported here). -------------------------------------------------------------------------- 我平時(shí)不使用這個(gè)Ordern方法。 我記得群里有人使用Ordern方法�？梢詥�(wèn)一下他們是怎么編譯的。估計(jì)這個(gè)方法的使用可能和編譯時(shí)有關(guān)系的。 |
6樓2011-01-18 22:17:43
小木蟲(chóng)于
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我曾用mkl10 和ifort11中自帶的mkl 無(wú)論 前者是只有blas95我用的是這個(gè) 后者是有blas95和lapack95，這兩個(gè)我都試了，前者我用的mpich2 后者用的openmpi都能并行了。只是ordern都有問(wèn)題，在manual中有這樣一段話(huà): The Ordern(N) subsystem is quite fragile and only works for systems with clearly separated occupied and empty states. Note also that the option to compute the chemical potential auto-matically does not yet work in parallel. 不知這個(gè)參數(shù)能否用在并行版本中。 |
7樓2011-01-19 09:13:34
小木蟲(chóng)于
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8樓2011-01-19 09:17:20
zhangguangping
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9樓2011-01-19 13:43:44
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