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小木蟲于

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[交流] 【求助】哪位有siesta-3.0-rc2呀？

哪位有siesta-3.0-2啊，我的是beta 編譯時都能通過，單核能算但多核并行就有問題，用mpich2和openmpi都有問題，網(wǎng)上說的很多辦法都試了，都不行，想試一下siesta-3.0-rc2，能奉獻(xiàn)一下么?萬分感謝。
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1樓 2011-01-18 16:14:24

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guohuazhong

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

★ ★ ★
小木蟲于(金幣+1):謝謝參與
sunyang1988(金幣+2): 謝謝幫助 2011-01-18 17:32:22
小木蟲于(金幣+1): 2011-01-18 17:40:24
小木蟲于(金幣+6): 非常感謝 2011-01-18 21:50:12

看看這里，也許可以解決你的問題

http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=391611

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2樓2011-01-18 16:17:47

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★
小木蟲于(金幣+1):謝謝參與
sunyang1988(金幣+2): 謝謝交流 2011-01-18 17:32:36
小木蟲于(金幣+1): 2011-01-18 17:40:28

引用回帖:

Originally posted by 小木蟲于 at 2011-01-18 09:14:24:
哪位有siesta-3.0-2啊，我的是beta 編譯時都能通過，單核能算但多核并行就有問題，用mpich2和openmpi都有問題，網(wǎng)上說的很多辦法都試了，都不行，想試一下siesta-3.0-rc2，能奉獻(xiàn)一下么?萬分感謝。
我郵箱[ema ...

這個和版本沒有關(guān)系，和你的編譯有關(guān)系。就如樓上的所說，試試吧。如果是Intel的內(nèi)核，建議用openmpi,我的沒有發(fā)現(xiàn)有什么問題。并行不成功，一般說來是因為mpi的問題。不要使用ifort11編譯，盡量使用ifort10或者ifort9。
另外能不能給出一個并行失敗的例子。包括輸入文件,出錯信息。

[ Last edited by zhangguangping on 2011-1-18 at 10:36 ]

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3樓2011-01-18 17:26:09

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

小木蟲于(金幣+10): 非常感謝 2011-01-18 21:49:35

引用回帖:

源代碼的壓縮包已經(jīng)發(fā)到你的郵箱了。

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4樓2011-01-18 20:26:06

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小木蟲于

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Originally posted by zhangguangping at 2011-01-18 20:26:06:

源代碼的壓縮包已經(jīng)發(fā)到你的郵箱了。

十分感謝，我后來發(fā)現(xiàn)，由于我用的是mkl庫，如果我不用/mkl/bin/em64t/下的blas與lapack，二十重新編譯/mkl/interface/lapack95與/mkl/interface/blas95這兩個庫，用重新編譯的blas與lapack就行了，但是在并行計算siesta/example/h2o/orderN的例子還是會出錯。總之，非常感謝你。

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5樓2011-01-18 21:46:11

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zhangguangping

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★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+3): 謝謝討論 2011-01-18 22:27:22

引用回帖:

Originally posted by 小木蟲于 at 2011-01-18 14:46:11:

十分感謝，我后來發(fā)現(xiàn)，由于我用的是mkl庫，如果我不用/mkl/bin/em64t/下的blas與lapack，二十重新編譯/mkl/interface/lapack95與/mkl/interface/blas95這兩個庫，用重新編譯的blas與lapack就行了，但是在并行計 ...

不知道你用的mkl是什么版本，建議用和ifort版本相近的。不要使用過高的版本。
我的mkl的em64t是沒有blas的，只有l(wèi)apack，但是我沒有直接使用這個。
是編譯的時候使用的庫函數(shù)是：
BLAS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide
LAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64
在使用blacs的時候由于我使用的是openmpi，所以選擇的是這個。
我去測試了一下你說的那個例子，我的串行能算，但是并行的時候也是不能算。
具體的錯誤是cell的分配問題。
  Cells per Processor =       0    36
  Cells per Processor =       1       0
  Cells per Processor =       2       0
  Cells per Processor =       3       0

Warning: Bad load balancing: no cells allocated to node          1
Try specifying a number of nodes that is
an exact factor of the number of cells:       36
ERROR STOP from Node: 0
ERROR STOP from Node: 0
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 0 with PID 29111 on
node localhost exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
我平時不使用這個Ordern方法。
我記得群里有人使用Ordern方法�？梢詥栆幌滤麄兪窃趺淳幾g的。估計這個方法的使用可能和編譯時有關(guān)系的。

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6樓2011-01-18 22:17:43

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我曾用mkl10 和ifort11中自帶的mkl 無論前者是只有blas95我用的是這個后者是有blas95和lapack95，這兩個我都試了，前者我用的mpich2 后者用的openmpi都能并行了。只是ordern都有問題，在manual中有這樣一段話:
The Ordern(N) subsystem is quite fragile and only works for systems with clearly separated occupied and empty states. Note also that the option to compute the chemical potential auto-matically does not yet work in parallel.
不知這個參數(shù)能否用在并行版本中。

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7樓2011-01-19 09:13:34

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小木蟲于

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我剛才看了一下，在mkl10.0.1中是有blas95和lapack95的，在目錄/intel/mkl/10.0.1.014/interfaces目錄下，不是bin下，我把這兩個重新編譯了一下。

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8樓2011-01-19 09:17:20

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zhangguangping

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★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+1): 謝謝提示 2011-01-19 16:08:09

引用回帖:

Originally posted by 小木蟲于 at 2011-01-19 02:17:20:
我剛才看了一下，在mkl10.0.1中是有blas95和lapack95的，在目錄/intel/mkl/10.0.1.014/interfaces目錄下，不是bin下，我把這兩個重新編譯了一下。

在interfaces下是有的，我說的沒是指的lib下。呵呵呵。看來是ordern本身的問題。另外并行Ordern的時候，最好機(jī)器是全空的，就是不要提交任務(wù)。你可以讓ordern的這個任務(wù)把機(jī)器全占了。這樣可能解決問題。我沒有嘗試。

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9樓2011-01-19 13:43:44

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