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[交流]
【求助】關于用DS藥效團篩選數(shù)據(jù)庫的問題
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用建好的藥效團篩選小分子數(shù)據(jù)庫 遇到的問題 利用DS中的search 3D database 模塊 進行篩選 以DS中自帶的Minimaybridge數(shù)據(jù)庫為例 參數(shù)默認，其中Maximum Hits 為300。 篩選得到300個分子，F(xiàn)itValue從6.97到0。 把Maximum Hits 改為 100 ， 篩選得到100個分子，F(xiàn)itValue從 6.97到0.001 再次把Maximum Hits 改為 1000， 篩選得到782個分子，F(xiàn)itValue從 7.48到0 問題一：Maximum Hits 設置的不同，得到的結果差異很大。同一個分子在上述三種情況下的FitValue可能是不一樣的，那我如何篩選化合物？對于不同大小的數(shù)據(jù)庫，Maximum Hits 該怎么設置？ 還有個現(xiàn)象：Minimaybridge數(shù)據(jù)庫中編號是以A-Z的順序排列的 Maximum Hits 為100時，得到的化合物編號是從AW--BTB Maximum Hits 為300，得到的化合物編號是從AW--JFD Maximum Hits 為1000，得到的化合物編號是從AW--XAX。 問題二：DS好像只會把符合某一藥效團的前Maximum Hits（100,300,1000）數(shù)量的化合物篩選出來 ；并不是我一開始理解的對數(shù)據(jù)庫中所有分子進行匹配，然后根據(jù)FitValue值進行排列。該如何操作，能讓DS篩選數(shù)據(jù)庫中每個分子對其FitValue進行排列？？ |
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