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titanheart銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】關(guān)于用DS藥效團(tuán)篩選數(shù)據(jù)庫(kù)的問(wèn)題
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用建好的藥效團(tuán)篩選小分子數(shù)據(jù)庫(kù) 遇到的問(wèn)題 利用DS中的search 3D database 模塊 進(jìn)行篩選 以DS中自帶的Minimaybridge數(shù)據(jù)庫(kù)為例 參數(shù)默認(rèn)，其中Maximum Hits 為300。 篩選得到300個(gè)分子，F(xiàn)itValue從6.97到0。 把Maximum Hits 改為 100 ， 篩選得到100個(gè)分子，F(xiàn)itValue從 6.97到0.001 再次把Maximum Hits 改為 1000， 篩選得到782個(gè)分子，F(xiàn)itValue從 7.48到0 問(wèn)題一：Maximum Hits 設(shè)置的不同，得到的結(jié)果差異很大。同一個(gè)分子在上述三種情況下的FitValue可能是不一樣的，那我如何篩選化合物？對(duì)于不同大小的數(shù)據(jù)庫(kù)，Maximum Hits 該怎么設(shè)置？ 還有個(gè)現(xiàn)象：Minimaybridge數(shù)據(jù)庫(kù)中編號(hào)是以A-Z的順序排列的 Maximum Hits 為100時(shí)，得到的化合物編號(hào)是從AW--BTB Maximum Hits 為300，得到的化合物編號(hào)是從AW--JFD Maximum Hits 為1000，得到的化合物編號(hào)是從AW--XAX。 問(wèn)題二：DS好像只會(huì)把符合某一藥效團(tuán)的前Maximum Hits（100,300,1000）數(shù)量的化合物篩選出來(lái) ；并不是我一開(kāi)始理解的對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)中所有分子進(jìn)行匹配，然后根據(jù)FitValue值進(jìn)行排列。該如何操作，能讓DS篩選數(shù)據(jù)庫(kù)中每個(gè)分子對(duì)其FitValue進(jìn)行排列？？ |
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titanheart(金幣+5): 2011-02-09 20:53:40
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-02-09 21:17:54
titanheart(金幣+5): 2011-02-09 20:53:40
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-02-09 21:17:54
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回復(fù)問(wèn)題一：這是一個(gè)綜合性的問(wèn)題，你的DS是哪個(gè)版本啊，Maximum Hits的確差異很大，關(guān)鍵是你如何你把握好，你參數(shù)的設(shè)置至關(guān)重要。不大好描述，你用心做吧，慢慢就明白了。 回復(fù)問(wèn)題二：你把Maximum Hits設(shè)置大點(diǎn)就行了噻，結(jié)果出來(lái)就是按FitValue值排序的�。� |
2樓2011-02-09 11:19:19
chemozhang
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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3樓2011-09-05 19:53:28
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