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konglingbing

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[交流] 【請教】Squeeze使用

MOF框架中的溶劑分子無序，
1：于是使用squeeze掉溶劑分子，因為自學，所以不知道自己的操作是否正確，請高手賜教具體步驟？
2：如果要使用OMIT命令，是squeeze掉后OMIT，還是先OMIT再squeeze
3：投稿時，不是要上傳squeeze之前和squeeze之后的cif,這是指把squeeze之前處理好的數(shù)據(jù)，然后squeeze，做好cif--check上傳,想問如果squeeze之后發(fā)現(xiàn)有問題是否還可以再精修數(shù)據(jù)，或者再加一些限制命令，或者還能否OMIT
4: 對于MOF，最后完成度達到最低多少可以發(fā)表

[ Last edited by konglingbing on 2011-2-17 at 13:26 ]

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1樓 2011-02-16 22:51:30

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騰龍云飛

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konglingbing(金幣+1): 2011-02-25 21:52:55

引用回帖:

Originally posted by konglingbing at 2011-02-25 20:41:46:
請教squeeze 之后，產(chǎn)生的sqf文件中例如下面所示各代表什么
# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
...

(residual electron density xxxx e per unit cel) ÷ （electron density of solvent molecule such as water）

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4樓2011-02-25 21:15:12

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騰龍云飛

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konglingbing(金幣+3): 2011-02-25 20:37:07

個人認為：
1、用platon squeeze處理ins或者res，把sqf中的數(shù)據(jù)考入cif
2、omit可以放在最后用
3、squeeze之后數(shù)據(jù)一般都會變好，可以使用其它的命令修改數(shù)據(jù)到最完美。
4、好象是0.95，最好要大于0.97
另外，在溶劑分子能確認的情況下不建議使用squeeze，可以用低溫等方法測試后實在無法確認才使用，并且在文章中要做說明。

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2樓2011-02-24 17:05:08

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引用回帖:

Originally posted by 騰龍云飛 at 2011-02-24 17:05:08:
個人認為：
1、用platon squeeze處理ins或者res，把sqf中的數(shù)據(jù)考入cif
2、omit可以放在最后用
3、squeeze之后數(shù)據(jù)一般都會變好，可以使用其它的命令修改數(shù)據(jù)到最完美。
4、好象是0.95，最好要大于0.97
另外 ...

請教squeeze 之后，產(chǎn)生的sqf文件中例如下面所示各代表什么
# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
  _platon_squeeze_void_average_z
  _platon_squeeze_void_volume
  _platon_squeeze_void_count_electrons
      1    0.000    0.000    0.000    653.2    37.9
      2 -0.024    0.499    0.499 2646.7    173.1
_platon_squeeze_details
; ?
;
怎么根據(jù)electrons in the void space per unit去推測溶劑

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3樓2011-02-25 20:41:46

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Originally posted by 騰龍云飛 at 2011-02-25 21:15:12:
(residual electron density xxxx e per unit cel) ÷ （electron density of solvent molecule such as water）

which one is residual electron density per unit cel?

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5樓2011-02-25 21:21:48

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