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【求助】去除的水分子為什么還在？？ 已有2人參與
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在加水盒子: 加水盒子的過程： set sel [atomselect top all] measure minmax $sel solvate -t 3 -minmax {上一步的得到的值} -o solkcsa 然后source make_solv.tcl: set sol_infile solaqp1.pdb set aqp1_inbase aqp1 set outbase aqp1_solv_raw package require psfgen resetpsf readpsf solaqp1.psf coordpdb solaqp1.pdb readpsf ${aqp1_inbase}.psf coordpdb ${aqp1_inbase}.pdb writepdb ${outbase}.pdb writepsf ${outbase}.psf exit 然后執(zhí)行remove_wat.tcl: mol load psf aqp1_solv_raw.psf pdb aqp1_solv_raw.pdb set all [atomselect top all] $all moveby [vecinvert [measure center $all]] display resetview set solv [atomselect top "segname SOLV"] $solv set beta 1 set seltext "segname SOLV and same residue as ((z < -20) or (z > 10))" set sel [atomselect top $seltext] $sel set beta 0 set badwater [atomselect top "name OH2 and beta > 0"] set seglist [$badwater get segid] set reslist [$badwater get resid] mol delete all package require psfgen resetpsf topology ../top_all27_prot_lipid.rtf readpsf aqp1_solv_raw.psf coordpdb aqp1_solv_raw.pdb foreach segid $seglist resid $reslist { delatom $segid $resid } writepdb aqp1_solv.pdb writepsf aqp1_solv.psf exit 使用vmd打開產(chǎn)生的 aqp1_solv.psf aqp1_solv.pdb 卻發(fā)現(xiàn)去除的水分子還是存在的： |
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3樓2011-02-21 16:40:52
wally8962
木蟲 (著名寫手)
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2樓2011-02-21 16:40:05
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