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yankai131鐵蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】單機(jī)多核并行VASP，如何編譯？ 已有4人參與
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例如：2CPU，4核/cpu。單機(jī)多核并行VASP，如何編譯？ 高人指點(diǎn)一下，需要注意哪些設(shè)置：如節(jié)點(diǎn)等 |
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sunyang1988
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zzy870720z(金幣+2): 謝謝交流 2011-02-21 21:30:06
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單機(jī)就一個(gè)節(jié)點(diǎn)，沒(méi)什么節(jié)點(diǎn)問(wèn)題 關(guān)于編譯vasp,在本版VIP資源中有不少，自己找一下吧 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1505128 |
3樓2011-02-21 16:55:18
valenhou001
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2樓2011-02-21 15:41:40
enola
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版主，我有個(gè)疑問(wèn)阿，如下，版主能給點(diǎn)建議嗎？謝謝。。或者可以共享下版主的編譯經(jīng)驗(yàn)嗎？ 我的計(jì)算環(huán)境如下： 我有兩個(gè)Nodes，是HP的BL460c G7，配置是 Intel X5670 24G內(nèi)存，兩塊20G的網(wǎng)卡。 我安裝的系統(tǒng)的Debian-Lenny, 64bits 編譯器是Intel的icc,ifort和MKL（version-11), 以及MPICH2。我已經(jīng) 安裝好VASP，才用Bewulf結(jié)構(gòu)，但是計(jì)算中出現(xiàn)了問(wèn)題： 1.如果我只在一個(gè)node上做計(jì)算（只啟動(dòng)一個(gè)node），采用mpirun，可以全速計(jì)算，MPI不會(huì)出現(xiàn)問(wèn)題： 2.但是假如我同事啟動(dòng)兩個(gè)，node0和node1（也就是兩個(gè)node有數(shù)據(jù)交流時(shí)，不管用的核多少），我使用mpirun時(shí)，當(dāng)POSCAR 或者說(shuō)計(jì)算的super cell超過(guò)一定值時(shí)，就會(huì)報(bào)如下的錯(cuò)： ################################################### Fatal error in MPI_Waitall: Other MPI error, error stack: MPI_Waitall(261)..................: MPI_Waitall(count=46, req_array=0x7fffeeca46a0, status_array=0x7fffeeca4760) failed MPIDI_CH3I_Progress(150)..........: MPID_nem_mpich2_blocking_recv(948): MPID_nem_tcp_connpoll(1709).......: Communication error rank 23 in job 1 node0_55860 caused collective abort of all ranks exit status of rank 23: killed by signal 9 ###################################################舉個(gè)例子,VASP的例子，關(guān)于水的優(yōu)化： O atom in a box 1.0 ! universal scaling parameters 8.0 0.0 0.0 ! lattice vector a(1) 0.0 8.0 0.0 ! lattice vector a(2) 0.0 0.0 8.0 ! lattice vector a(3) 1 ! number of atoms cart ! positions in cartesian coordinates 0 0 0 當(dāng) “1.0 ! universal scaling parameters”，時(shí)，同時(shí)在兩個(gè)nodes上計(jì)算（也就是兩個(gè)node有數(shù)據(jù)交流時(shí)）會(huì)出錯(cuò)的，但是在一個(gè)node上不會(huì)。 但是當(dāng)把“1.0 ! universal scaling parameters”中的“1”修改成0.5時(shí)，就不會(huì)。 我也測(cè)試過(guò)不管怎么樣，當(dāng)supercell超過(guò)4，就會(huì)出錯(cuò)。 |
4樓2011-02-23 16:03:40
sunyang1988
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