 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2234 | 回復(fù): 5 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
yankai131鐵蟲 (小有名氣)
|
[交流]
【求助】單機(jī)多核并行VASP，如何編譯？ 已有4人參與
|
||
|
例如：2CPU，4核/cpu。單機(jī)多核并行VASP，如何編譯？ 高人指點(diǎn)一下，需要注意哪些設(shè)置：如節(jié)點(diǎn)等 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
環(huán)境工程 085701，267求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
275求調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
334分 一志愿武理 材料求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
085600 286分 材料求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
材料與化工272求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
085601材料工程找調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
考研調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
085600 材料與化工 329分求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- vasp并行編譯后出現(xiàn)錯(cuò)誤，請(qǐng)大家指教
已經(jīng)有23人回復(fù)
- vasp5.2 并行編譯如何修改makefile
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】求教VASP并行版的含義？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】VASP編譯出錯(cuò)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助成功】單機(jī)編譯并行VASP，出現(xiàn)語法錯(cuò)誤
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】VASP考慮自旋軌道耦合的話，如何編譯
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【求助】20金幣求VASP編譯軟件 Fortran編譯器和單機(jī)安裝VASP4.6的過程
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】vasp5.2 在centos linux上的編譯
已經(jīng)有22人回復(fù)
enola
捐助貴賓 (正式寫手)
- 1ST強(qiáng)帖: 2
- 應(yīng)助: 13 (小學(xué)生)
- 金幣: 1485.9
- 散金: 1549
- 紅花: 14
- 帖子: 847
- 在線: 102.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 947564
- 注冊(cè): 2010-01-24
- 專業(yè): 半導(dǎo)體光電子器件
★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
|
版主，我有個(gè)疑問阿，如下，版主能給點(diǎn)建議嗎？謝謝。。或者可以共享下版主的編譯經(jīng)驗(yàn)嗎？ 我的計(jì)算環(huán)境如下： 我有兩個(gè)Nodes，是HP的BL460c G7，配置是 Intel X5670 24G內(nèi)存，兩塊20G的網(wǎng)卡。 我安裝的系統(tǒng)的Debian-Lenny, 64bits 編譯器是Intel的icc,ifort和MKL（version-11), 以及MPICH2。我已經(jīng) 安裝好VASP，才用Bewulf結(jié)構(gòu)，但是計(jì)算中出現(xiàn)了問題： 1.如果我只在一個(gè)node上做計(jì)算（只啟動(dòng)一個(gè)node），采用mpirun，可以全速計(jì)算，MPI不會(huì)出現(xiàn)問題： 2.但是假如我同事啟動(dòng)兩個(gè)，node0和node1（也就是兩個(gè)node有數(shù)據(jù)交流時(shí)，不管用的核多少），我使用mpirun時(shí)，當(dāng)POSCAR 或者說計(jì)算的super cell超過一定值時(shí)，就會(huì)報(bào)如下的錯(cuò)： ################################################### Fatal error in MPI_Waitall: Other MPI error, error stack: MPI_Waitall(261)..................: MPI_Waitall(count=46, req_array=0x7fffeeca46a0, status_array=0x7fffeeca4760) failed MPIDI_CH3I_Progress(150)..........: MPID_nem_mpich2_blocking_recv(948): MPID_nem_tcp_connpoll(1709).......: Communication error rank 23 in job 1 node0_55860 caused collective abort of all ranks exit status of rank 23: killed by signal 9 ###################################################舉個(gè)例子,VASP的例子，關(guān)于水的優(yōu)化： O atom in a box 1.0 ! universal scaling parameters 8.0 0.0 0.0 ! lattice vector a(1) 0.0 8.0 0.0 ! lattice vector a(2) 0.0 0.0 8.0 ! lattice vector a(3) 1 ! number of atoms cart ! positions in cartesian coordinates 0 0 0 當(dāng) “1.0 ! universal scaling parameters”，時(shí)，同時(shí)在兩個(gè)nodes上計(jì)算（也就是兩個(gè)node有數(shù)據(jù)交流時(shí)）會(huì)出錯(cuò)的，但是在一個(gè)node上不會(huì)。 但是當(dāng)把“1.0 ! universal scaling parameters”中的“1”修改成0.5時(shí)，就不會(huì)。 我也測(cè)試過不管怎么樣，當(dāng)supercell超過4，就會(huì)出錯(cuò)。 |
4樓2011-02-23 16:03:40
valenhou001
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 1ST強(qiáng)帖: 13
- 應(yīng)助: 241 (大學(xué)生)
- 金幣: 25701.7
- 散金: 602
- 紅花: 166
- 帖子: 3782
- 在線: 873.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 1007127
- 注冊(cè): 2010-04-27
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
2樓2011-02-21 15:41:40
sunyang1988
至尊木蟲 (著名寫手)
- 1ST強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 24 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.984
- 金幣: 9397.7
- 散金: 1593
- 紅花: 23
- 沙發(fā): 1
- 帖子: 1744
- 在線: 1255.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 965316
- 注冊(cè): 2010-03-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+2): 謝謝交流 2011-02-21 21:30:06
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+2): 謝謝交流 2011-02-21 21:30:06
|
單機(jī)就一個(gè)節(jié)點(diǎn)，沒什么節(jié)點(diǎn)問題 關(guān)于編譯vasp,在本版VIP資源中有不少，自己找一下吧 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1505128 |
3樓2011-02-21 16:55:18
sunyang1988
至尊木蟲 (著名寫手)
- 1ST強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 24 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.984
- 金幣: 9397.7
- 散金: 1593
- 紅花: 23
- 沙發(fā): 1
- 帖子: 1744
- 在線: 1255.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 965316
- 注冊(cè): 2010-03-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
5樓2011-02-24 00:01:03
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿雙一流機(jī)械285分求調(diào)劑 +4 | 幸運(yùn)的三木 2026-03-29 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 070305高分子化學(xué)與物理 304分求調(diào)劑 +11 | c297914 2026-03-28 | 11/550 |
|
|
[考研] 349求調(diào)劑 +6 | 李木子啊哈哈 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +4 | 蝶舞輕繞 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +7 | 璞玉~~ 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動(dòng)285求調(diào)劑 +7 | AZMK 2026-03-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 347求調(diào)劑 +3 | 山頂見α 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703一志愿9，初試成績：338，四六級(jí)已過，有科研經(jīng)歷，求調(diào)劑！ +4 | Zuhui0306 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +12 | PolarBear11 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑推薦 材料 304 +15 | 荷包蛋hyj 2026-03-26 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +8 | 小木蟲085600 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考博] 26申博 +3 | 加油沖啊！ 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +10 | land xuxu 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑，一志愿南農(nóng)083200食品科學(xué)與工程 +5 | XQTJZ 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 李嘉圖·S·路 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 085602 289分求調(diào)劑
+8
|
WWW西西弗斯 2026-03-24 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)339材料與化工求調(diào)劑 +3 | 江往賣魚 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求調(diào)劑 +4 | 李李不服輸 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
材料考研調(diào)劑生
+3
|
黃粱一夢(mèng)千年 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 開開心心沒煩惱 2026-03-23 | 4/200 |
|