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cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
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【求助完畢】怎么用第一性原理分子動(dòng)力學(xué)來做復(fù)雜結(jié)構(gòu)的粗優(yōu)化？
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凝聚態(tài)和固體表面催化反應(yīng)相關(guān)計(jì)算都有建模型和對(duì)模型的結(jié)構(gòu)優(yōu)化的步驟，復(fù)雜的初始結(jié)構(gòu)的優(yōu)化往往是非常痛苦和耗時(shí)的過程。如果能夠用先第一性原理分子動(dòng)力學(xué)來做復(fù)雜結(jié)構(gòu)的粗優(yōu)化，再按照正常的DFT計(jì)算來做結(jié)構(gòu)優(yōu)化，可能會(huì)極大的縮短時(shí)間。 下面一篇文章在TiO2面上放兩層Au原子條帶作為催化劑模型，初始結(jié)構(gòu)就是先用分子動(dòng)力學(xué)來優(yōu)化的。 Zhi-Pan Liu etc. PRL. Catalytic Role of Metal Oxides in Gold-Based Catalysts: A First Principles Study of CO Oxidation on TiO2 Supported Au. To obtain a physically meaningful structure for the Au/TiO2 composite system, Nose thermostat molecular dynamics simulation (T = 200 K, 5 fs/step, 500 steps) was performed. Five low energy structures were selected and each one was further optimized by a conjugate gradients procedure. The lowest energy structure was then used for all subsequent studies. In all calculations, the Au atoms and the top three layers of TiO2(110) surface were relaxed, keeping the rest of the TiO2 atoms fixed at their bulk-truncated positions. Nose thermostat molecular dynamics simulation 看起來是針對(duì)恒溫系綜的。對(duì)于一般的supercell體系，是不是就是NVT系綜呢？ Vasp 做分子動(dòng)力學(xué)模擬設(shè)置 SMASS>0(Nose mass parameter.)(此時(shí)默認(rèn)IBRION=0),就會(huì)用Nose算法模擬正則系綜。但是，如何如上面一段英文那樣得到Five low energy structures呢？ [ Last edited by cenwanglai on 2011-5-15 at 22:10 ] |
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cenwanglai
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