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【求助】siesta 安裝出錯
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siesta 安裝出錯前面正常編譯到一定程度提示 mpif90 -c -g -O2 -I-L/opt/intel/impi/3.2.2.006/include. -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT /home/Zhanghl209/siesta/Src/MPI/mpi.F Error: Can't open included file 'V_S.uses' Error: Can't open included file 'VS.uses' make[1]: *** [mpi.o] Error 1 make[1]: Leaving directory `/home/Zhanghl209/siesta/Obj/MPI' make: *** [libmpi_f90.a] Error 2 我的編譯器和mpi全是intel的，網(wǎng)上沒有用intelmpi的列子，自己改就出這樣的錯誤了 |
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14樓2012-04-14 22:09:06
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zhangguangping
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zhangguangping
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8樓2011-03-09 09:23:10
9樓2011-03-09 09:39:31
10樓2011-03-09 19:08:17
11樓2011-03-10 20:01:24
12樓2012-04-14 11:30:10
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這是我的arch.make文件（我回帖時刪掉了文字注釋），是根據(jù)一位學(xué)姐的改的，她安裝時沒有錯誤，但是我安裝時就有有了，我也很郁悶 # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS=-g FPPFLAGS=-DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= #BLAS_LIBS=libblas.a #LAPACK_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a #BLACS_LIBS= #SCALAPACK_LIBS= LIBS=-L/home/ghzheng/intel/Compiler/11.1/072/mkl/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lmkl_lapack -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_lapack -lmkl_core -lpthread -i-static #COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= #LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/home/ghzheng/intel/impi/3.2.0.011/include64/ DEFS_MPI=-DMPI .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< |
13樓2012-04-14 11:37:48
15樓2012-04-15 09:47:15
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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改成ifort之后，仍然有很多錯誤提示，不知蟲友是否能發(fā)一下你的arch.make文件，讓我參閱一下，如果方便的話，麻煩發(fā)到zhengguo35@163.com |
16樓2012-04-15 22:31:49
17樓2012-04-15 22:43:29
★
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我最初參閱的就是zhangguangping蟲友的《smeagol-siesta-transiesta并行安裝筆記》，但是后來改動頗多。 至于我先前所說的MPI_INCLUDE=.，學(xué)姐給了我一個測試腳本，腳本內(nèi)容和測試結(jié)果如下，望各位蟲友給我分析一下（我剛開始學(xué)習(xí)，對于并行計算不了解） 腳本sge-mpirun-siesta-3.0.sh內(nèi)容 #! bin/bash # #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash #$ -q parallel.q date source /home/ghzheng/.bashrc mpirun -r ssh -f $TMPDIR/machines -n $NSLOTS /home/ghzheng/SIESTA/Obj/siesta 提交任務(wù) qsub -pe mpich 8 sge-mpirun-siesta-3.0.sh 之后，生成3個文件 sge-mpirun-siesta-3.0.sh.o4972 ： /opt/gridengine/default/spool/compute-0-2/job_scripts/4972: line 2: bin/bash: No such file or directory Sat Apr 14 22:21:05 CST 2012 /opt/gridengine/default/spool/compute-0-2/job_scripts/4972: line 12: a.fdf: No such file or directory Sat Apr 14 22:21:05 CST 2012 sge-mpirun-siesta-3.0.sh.po4972： -catch_rsh /opt/gridengine/default/spool/compute-0-2/active_jobs/4972.1/pe_hostfile compute-0-2 compute-0-2 compute-0-2 compute-0-2 compute-0-2 compute-0-2 compute-0-2 compute-0-2 a.out：空文件。 請問諸位蟲友，這并行安裝是否成功？ |
18樓2012-04-16 18:25:02
19樓2018-02-26 16:42:09
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