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[交流]
【求助】如何在siesta中設(shè)置ghost state原子的計(jì)算
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用siesta計(jì)算體相金剛石中一個空位，形成能好像不準(zhǔn)，單胞越大，形成能也越大，沒有合理的解釋。 師兄說，siesta用原子軌道基組，可能存在鬼態(tài)原子，需要在空位處設(shè)置一個假想的原子，我查了一下手冊，沒有完全搞清楚如何設(shè)置？ 不知道哪位大俠有做過？ |
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 siesta問題 | SIESTA | siesta基本概念 |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+5): 謝謝zhang兄指教，說的太好了 2011-03-08 15:56:38
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zzy870720z(金幣+5): 謝謝zhang兄指教，說的太好了 2011-03-08 15:56:38
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其實(shí)說句實(shí)話，我是真不厲害，很菜的。不是謙虛，我是自我表白。我在論壇里面比較活躍不是顯擺我知道的多，而是恰是我知道少，但是身邊有沒有人用這個軟件。所以只能依靠emuch論壇的這個版塊。通過討論可以相互交流一下，哪怕我的是錯誤的，我也可以說一下，這樣高手看見了，可以來指正我，這也是一個自我的進(jìn)步。另外咱們這個版塊不是很活躍。貌似高手現(xiàn)在都不大來了，或者來了之后看到問題的幼稚就嗤之一笑，然后不懶的回復(fù)了。希望老蟲還是多來指點(diǎn)指點(diǎn)我們這些幼蟲們。 另外你的這個問題實(shí)際上可以通過多認(rèn)真的讀一讀手冊是可以得到解決的。使用siesta工作的是手邊要么有一本打印的手冊。要么在電腦上打開一份電子的手冊。有什么問題，直接搜索一下相關(guān)的關(guān)鍵字。比如你的問題：直接在手冊里面用ctrl+F搜索ghost,立馬會定位到ChemicalSpeciesLabel位置，再搜，會定位到AtomicMass位置，接下來在PS.KBprojectors會發(fā)現(xiàn)對ghost設(shè)置的一些條件，這個需要檢查一下產(chǎn)生的PS.KBprojectors對ghost atom是不是只有一個，如果是的話，那就是程序給你處理好了。如果不是的話，計(jì)算出來預(yù)料不到結(jié)果，需要考慮這個問題。PAO.Basis在這兒，解釋了程序?qū)host atom的基矢的處理辦法。 到此為止，應(yīng)該對siesta處理ghost atom有一個了解。如果不是量化高手的話，可能對手冊上的解釋還是知道如何下手，這個時候需要google了。在google里面輸入ghost atom in siesta,一搜，google大多數(shù)時候不會辜負(fù)你的。 http://www.google.com.hk/search? ... i=&aql=&oq= 這個頭兩條就是siesta前輩們討論關(guān)于怎么設(shè)置ghost。 很懊惱的是打不開，這個時候我來告訴你，網(wǎng)頁代理來幫助：http://www.7daili.com/，首先打開這個網(wǎng)頁代理，然后打開你要打開但是打不的那個網(wǎng)頁，從瀏覽器上把這個網(wǎng)址復(fù)制到你的網(wǎng)頁代理里面，然后讓它給你打開。不要嫌棄這個太慢，耐心點(diǎn)，能打開總比打不開好多了。燈打開之后，看到里面討論的時候，欣喜不由從心底產(chǎn)生。在之內(nèi)的鏈接可以直接打開了（其實(shí)還是網(wǎng)頁代理給你打開的）。不管你從這些討論中得沒得到你要的結(jié)果，但是起碼，你學(xué)習(xí)了，搜索了，看到之前也有人討論這個問題了。這就夠了。如果問題解決了，皆大歡喜，如果還是沒有解決，在走下一條通往羅馬的大道�？傊�，這個過程是一個需要的過程，我認(rèn)為也是發(fā)現(xiàn)問題，解決問題的作為學(xué)生的過程�？赡苣銜f，作為學(xué)生，時間短，論文壓力大。沒有時間花費(fèi)在這個上面，直接問問知道就行。前提是如果有知道在身邊什么都好說。如果沒有呢？難道咱們的問題不不解決了？向小木蟲丟出來一個求助，不一定有人立馬回復(fù)你。這個期間還得自己去走上面的過程，只不過小木蟲的討論給上面的過程多了一個希望而已。 這些只是我的感想而已。我也是初學(xué)者。來到小木蟲，首先，要搜索一下關(guān)于你的這個話題的帖子。最起碼，來到小木蟲定居之后，要把之前討論過的有關(guān)你用的這個軟件的所有帖子全部看一遍，知道別人都討論了些什么。結(jié)果怎么樣，哪怕自己用不到，說不定以后用的時候，就需要回來再次檢索。平時沒事，一定要天天登錄一下小木蟲看一下自己用的這個程序有什么新的問題，別人是怎么解決的。這樣對該軟件在小木蟲的歷史就有了了解。對歷史不懂得人，會走很多彎路的。比如最近yashumimi發(fā)的那個帖子transista的錯誤，其實(shí)，別人之前早就討論過了。只是她沒有關(guān)心，以為自己不會碰到這個問題，壓根就沒有看這個帖子。但是她就應(yīng)為自己對這個帖子的默然，也像mail-list求助了，也發(fā)帖子了。我也看到一段時間沒有人回復(fù)。估計(jì)期間她也費(fèi)了好大勁，做了不少計(jì)算，并且花了不少機(jī)時。這個都是對歷史不解或者上小木蟲之后沒有首先檢索惹的禍。 最后，小木蟲不是一個有問題就往上丟，沒問題的時候壓根不來的地方，而是一個同行之間相互了解相互交流的平臺，窗口。就像一些學(xué)術(shù)會議一樣。只不過小木蟲上天天再開“學(xué)術(shù)會議”，“作報告的人”都是一些資源的提供者，更或者對我們這些板塊，“作報告的人”是一些遇到問題的人，報告的內(nèi)容就是問題本身而已。 當(dāng)自己不是“作報告的人”時候要常來當(dāng)聽報告的。因?yàn)檫@個問題被別人討論之后，再重復(fù)的提出來，可能會使得一些高手失去回答的耐心。不但對自己沒有好處，然高手失去了對咱們新一代新手的信心，對別的新手來說，是一個莫大的損失。 我也看到有些蟲友都工作了，都當(dāng)教授了，還是常常忙里偷閑來答復(fù)一下新蟲的問題。我看了，確實(shí)有些感動。 最后，祝愿小木蟲SIESTA板塊，越來越紅火，能成就一些新手。希望老蟲多來哺養(yǎng)一下我們這些新蟲。 末了，言辭不妥之處，望新老蟲友見諒。  |
4樓2011-03-08 11:32:09
zhangguangping
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zzy870720z(金幣+2): 謝謝指教 2011-03-07 22:20:35
hw45888792(金幣+4): 好厲害呀，好像回答過我好多問題啊~ 2011-03-08 10:18:18
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hw45888792(金幣+4): 好厲害呀，好像回答過我好多問題啊~ 2011-03-08 10:18:18
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參照手冊上的ChemicalSpeciesLabel的說明，對于gost原子的原子序數(shù)用一個負(fù)值就行，然后最好給他起一個別的元素名稱，贗勢也相應(yīng)的改變一下。這個時候他的原子質(zhì)量就會是1.0d30 a.u.如果你計(jì)算的是金剛石，那么gost原子的贗勢就用C的就行，和你就算中用的其他的C用一個贗勢就行，只不過最好起一個別的名字，然后對贗勢也重命名一下，將其元素序號用一個負(fù)值比如-6表示。 |
2樓2011-03-07 22:14:00
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你好，這是我測試NV在金剛石2*2*2超單胞C62N中的測試輸入數(shù)據(jù)： 計(jì)算鬼態(tài)為Cg，在搭建結(jié)構(gòu)的時候，我在空位處加上一個C原子，寫成輸入文件以后，將其改成Cg，標(biāo)號為3。其中，C標(biāo)號為1，N標(biāo)號為2。贗勢方面，我將C.psf直接復(fù)制成Cg.psf，然后將Cg.psf里面的元素名稱改成Cg，不知是否可行？ SystemName C62N_ghost SystemLabel C62N_ghost NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C 2 7 N 3 -6 Cg %endblock ChemicalSpeciesLabel 如果是常規(guī)計(jì)算，就不用鬼態(tài)，輸入文件如下： SystemName C62N SystemLabel C62N NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C 2 7 N %endblock ChemicalSpeciesLabel 不知道是否正確？ 計(jì)算過程沒有任何問題，對比結(jié)果我也大概寫在下面： 加入鬼態(tài)： siesta: Program's energy decomposition (eV): siesta: Eions = 16680.576136 siesta: Ena = 3653.202863 siesta: Ekin = 7163.588024 siesta: Enl = -820.400928 siesta: DEna = -182.458272 siesta: DUscf = 15.575306 siesta: DUext = 0.000000 siesta: Exc = -3054.613637 siesta: eta*DQ = 0.000000 siesta: Emadel = 0.000000 siesta: Ekinion = 0.000000 siesta: Eharris = -9905.679557 siesta: Etot = -9905.682781 siesta: FreeEng = -9905.682783 siesta: Final energy (eV): siesta: Kinetic = 7163.588024 siesta: Hartree = 894.608032 siesta: Ext. field = 0.000000 siesta: Exch.-corr. = -3054.613637 siesta: Ion-electron = -8393.758885 siesta: Ion-ion = -6515.506314 siesta: Ekinion = 0.000000 siesta: Total = -9905.682781 不加鬼態(tài) siesta: Program's energy decomposition (eV): siesta: Eions = 16680.576136 siesta: Ena = 3653.202863 siesta: Ekin = 7164.385562 siesta: Enl = -820.554764 siesta: DEna = -182.943454 siesta: DUscf = 15.589130 siesta: DUext = 0.000000 siesta: Exc = -3054.694636 siesta: eta*DQ = 0.000000 siesta: Emadel = 0.000000 siesta: Ekinion = 0.000000 siesta: Eharris = -9905.587400 siesta: Etot = -9905.591435 siesta: FreeEng = -9905.591437 siesta: Final energy (eV): siesta: Kinetic = 7164.385562 siesta: Hartree = 894.861106 siesta: Ext. field = 0.000000 siesta: Exch.-corr. = -3054.694636 siesta: Ion-electron = -8394.637153 siesta: Ion-ion = -6515.506314 siesta: Ekinion = 0.000000 siesta: Total = -9905.591435 計(jì)算結(jié)果顯示，加入鬼態(tài)后，總能量略低0.1eV左右，而且鬼態(tài)原子附近有大約0.2單自旋電荷分布，其它C原子是2個電荷分布。 |
3樓2011-03-08 11:11:00
zhangguangping
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其實(shí)，我之前從來沒有做過ghost state的計(jì)算，并且對ghost state的知識和用處不了解。僅僅是我之前看手冊的時候記得手冊中提到了ghost atom的處理。但是具體怎么處理，我是沒往心里記的。昨天晚上臨回宿舍前，上了一下小木蟲，發(fā)現(xiàn)了你的這個問題。怕你急于解答，所以我就臨時的翻看了一下手冊，并且到網(wǎng)上搜索了一下ghos state在siesta中的討論而已。具體的加入ghost atom之后計(jì)算結(jié)果應(yīng)該是什么樣子是預(yù)期，我不清楚，這個應(yīng)該你是高手。 需要指明的是，C_g.psf里面的內(nèi)容不需要改的。表頭部分的，程序是不讀的，只是給使用者一個參數(shù)介紹，讓使用者知道這個贗勢的類型和參數(shù)而已。 |
5樓2011-03-08 11:39:57
6樓2011-03-08 13:17:53
7樓2011-03-08 13:21:23
8樓2011-03-08 13:28:01
zhangguangping
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你的意思是說，你想模擬一下金剛石中產(chǎn)生一個空位的能量？ 如果直接把一個原子拿掉計(jì)算，這樣算的不準(zhǔn)，需要在拿掉的這個位置設(shè)置ghost state? 按照你的敘述，我好像得到的結(jié)論是ghost state是由于使用原子軌道基組導(dǎo)致的。如果使用平面波基組的話，這個問題就可以直接按照拿掉原子計(jì)算。 是這樣的嗎？ 不管怎么處理，這個時候采用的超胞要使得空位之間沒有相互作用。也就是說超胞足夠大吧。 另外，你用siesta編程計(jì)算嗎？ 最后，我從來沒有做過計(jì)算空位的形成能。我想形成空位之后，空位周圍的原子是弛豫還是不弛豫呢？ 按照固體物理上，形成一個空位的同時，應(yīng)該形成一個填隙原子的。真正計(jì)算的話，是不是計(jì)算一個空位-填隙原子對的形成能呢？ 所有的這些我是一個菜鳥級的問題。不對的地方請見諒。這僅僅是我出于好奇，想學(xué)習(xí)一下這個問題的處理。我不做這個方向。 [ Last edited by zhangguangping on 2011-3-8 at 08:15 ] |
9樓2011-03-08 15:14:31
zhangguangping
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我剛才想了想，不知道想的對不。 你師兄說的對。如果用原子軌道做基函數(shù)的話，確實(shí)需要在空位的地方設(shè)置一個ghost原子。原因可以解釋為：原子走了，別的原子上的電子可以在空間上到這個空隙中。但是由于使用的原子軌道做基組，所以對這個空隙的位置沒有基函數(shù)來描述，所以得到的能量比較高，是可以理解的。那樣算出來的結(jié)果空隙原子位置的電子密度比添加上ghost之后的要少。添加上空隙原子，這樣就給空隙周圍的電子的空間運(yùn)動多了一些自由度，至于過不過來，那看最后計(jì)算的結(jié)果。如果不過來，能量低，這個ghost原子的基函數(shù)前面的系數(shù)為0就是了。如果過來了，前面就有系數(shù)了。這個相當(dāng)于對體系多了自由度，或者在一個更大的希爾伯特空間求解了，得到較低的能量是可以理解的。 如果用平面波做基組，就不存在這個問題。 但是我不能解釋你用ghost atom算的能量比平面波法算的還低的原因�？赡苣愕钠矫娌ú粔蚨啵� |
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你的意思我懂，電子云可以在整個空間存在。但是這個跟color center有什么關(guān)系？這種中心不是由于體系缺陷處的光譜躍遷決定么？ 還有一個問題，為什么空位處需要波函數(shù)支撐？基組原因？平面波基組卻不需要？由于原子基組跟原子位置相關(guān)？ 其實(shí)，這個地方我有點(diǎn)不懂。如果跟基組相關(guān)，siesta如何知道在空位某一點(diǎn)是否有原子呢？分子在單胞中為什么又不需要鬼態(tài)原子計(jì)算？ 我查過文獻(xiàn)，基本沒人提這個問題，不過mail-list里面有部分人討論，據(jù)說人家在寫文章的時候，不會寫，但是計(jì)算結(jié)果如果不是預(yù)期結(jié)果，就會用這個來算算，以期望把結(jié)果修正好，不知道是真是假。 |
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[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
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[考研] 285化工學(xué)碩求調(diào)劑（081700） +9 | 柴郡貓_ 2026-03-12 | 9/450 |
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[考研] 278求調(diào)劑 +3 | Yy7400 2026-03-13 | 3/150 |
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[考研] 0854控制工程 359求調(diào)劑 可跨專業(yè) +3 | 626776879 2026-03-14 | 9/450 |
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[考研] 一志愿華中師范071000，325求調(diào)劑 +6 | RuitingC 2026-03-12 | 6/300 |
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[考研] 0703 物理化學(xué)調(diào)劑 +3 | 我可以上岸的對?/a> 2026-03-13 | 5/250 |
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[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢微 2026-03-15 | 3/150 |
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[考研] 0856專碩279求調(diào)劑 +5 | 加油加油！? 2026-03-15 | 5/250 |
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[考研] 294求調(diào)劑 +3 | Zys010410@ 2026-03-13 | 4/200 |
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[考研] 328求調(diào)劑 +3 | 5201314Lsy！ 2026-03-13 | 6/300 |
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[考研] 308 085701 四六級已過求調(diào)劑 +7 | 溫喬喬喬喬 2026-03-12 | 14/700 |
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[考研] 學(xué)碩285求調(diào)劑 +13 | Wisjxn 2026-03-12 | 46/2300 |
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[考研] 材料371求調(diào)劑 +9 | 鱷魚? 2026-03-11 | 11/550 |
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[考研] 337一志愿華南理工0805材料求調(diào)劑 +7 | mysdl 2026-03-11 | 9/450 |
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[考研] 一志愿中科院，化學(xué)方向，295求調(diào)劑 +4 | 一氧二氮 2026-03-11 | 4/200 |
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[考研] 求材料調(diào)劑 085600英一數(shù)二總分302 前三科235 精通機(jī)器學(xué)習(xí) 一志愿哈工大 +4 | 林yaxin 2026-03-12 | 4/200 |
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[考研] 材料與化工085600調(diào)劑求老師收留 +9 | jiaanl 2026-03-11 | 9/450 |
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[考研] 求調(diào)劑 +5 | 一定有學(xué)上- 2026-03-12 | 5/250 |
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[考研] 【0856】化學(xué)工程（085602）313 分，本科學(xué)科評估A類院�；瘜W(xué)工程與工藝，誠求調(diào)劑 +7 | 小劉快快上岸 2026-03-11 | 7/350 |
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[考研] 求調(diào)劑 +3 | 程雨杭 2026-03-12 | 3/150 |
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