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hw45888792金蟲(chóng) (正式寫手)
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[交流]
【求助】如何在siesta中設(shè)置ghost state原子的計(jì)算
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用siesta計(jì)算體相金剛石中一個(gè)空位，形成能好像不準(zhǔn)，單胞越大，形成能也越大，沒(méi)有合理的解釋。 師兄說(shuō)，siesta用原子軌道基組，可能存在鬼態(tài)原子，需要在空位處設(shè)置一個(gè)假想的原子，我查了一下手冊(cè)，沒(méi)有完全搞清楚如何設(shè)置？ 不知道哪位大俠有做過(guò)？ |
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zhangguangping
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+2): 謝謝討論 2011-03-08 15:57:17
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+2): 謝謝討論 2011-03-08 15:57:17
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你的意思是說(shuō)，你想模擬一下金剛石中產(chǎn)生一個(gè)空位的能量？ 如果直接把一個(gè)原子拿掉計(jì)算，這樣算的不準(zhǔn)，需要在拿掉的這個(gè)位置設(shè)置ghost state? 按照你的敘述，我好像得到的結(jié)論是ghost state是由于使用原子軌道基組導(dǎo)致的。如果使用平面波基組的話，這個(gè)問(wèn)題就可以直接按照拿掉原子計(jì)算。 是這樣的嗎？ 不管怎么處理，這個(gè)時(shí)候采用的超胞要使得空位之間沒(méi)有相互作用。也就是說(shuō)超胞足夠大吧。 另外，你用siesta編程計(jì)算嗎？ 最后，我從來(lái)沒(méi)有做過(guò)計(jì)算空位的形成能。我想形成空位之后，空位周圍的原子是弛豫還是不弛豫呢？ 按照固體物理上，形成一個(gè)空位的同時(shí)，應(yīng)該形成一個(gè)填隙原子的。真正計(jì)算的話，是不是計(jì)算一個(gè)空位-填隙原子對(duì)的形成能呢？ 所有的這些我是一個(gè)菜鳥(niǎo)級(jí)的問(wèn)題。不對(duì)的地方請(qǐng)見(jiàn)諒。這僅僅是我出于好奇，想學(xué)習(xí)一下這個(gè)問(wèn)題的處理。我不做這個(gè)方向。 [ Last edited by zhangguangping on 2011-3-8 at 08:15 ] |
9樓2011-03-08 15:14:31
zhangguangping
木蟲(chóng) (著名寫手)
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zzy870720z(金幣+2): 謝謝指教 2011-03-07 22:20:35
hw45888792(金幣+4): 好厲害呀，好像回答過(guò)我好多問(wèn)題啊~ 2011-03-08 10:18:18
zzy870720z(金幣+2): 謝謝指教 2011-03-07 22:20:35
hw45888792(金幣+4): 好厲害呀，好像回答過(guò)我好多問(wèn)題啊~ 2011-03-08 10:18:18
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參照手冊(cè)上的ChemicalSpeciesLabel的說(shuō)明，對(duì)于gost原子的原子序數(shù)用一個(gè)負(fù)值就行，然后最好給他起一個(gè)別的元素名稱，贗勢(shì)也相應(yīng)的改變一下。這個(gè)時(shí)候他的原子質(zhì)量就會(huì)是1.0d30 a.u.如果你計(jì)算的是金剛石，那么gost原子的贗勢(shì)就用C的就行，和你就算中用的其他的C用一個(gè)贗勢(shì)就行，只不過(guò)最好起一個(gè)別的名字，然后對(duì)贗勢(shì)也重命名一下，將其元素序號(hào)用一個(gè)負(fù)值比如-6表示。 |
2樓2011-03-07 22:14:00
hw45888792
金蟲(chóng) (正式寫手)
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你好，這是我測(cè)試NV在金剛石2*2*2超單胞C62N中的測(cè)試輸入數(shù)據(jù)： 計(jì)算鬼態(tài)為Cg，在搭建結(jié)構(gòu)的時(shí)候，我在空位處加上一個(gè)C原子，寫成輸入文件以后，將其改成Cg，標(biāo)號(hào)為3。其中，C標(biāo)號(hào)為1，N標(biāo)號(hào)為2。贗勢(shì)方面，我將C.psf直接復(fù)制成Cg.psf，然后將Cg.psf里面的元素名稱改成Cg，不知是否可行？ SystemName C62N_ghost SystemLabel C62N_ghost NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C 2 7 N 3 -6 Cg %endblock ChemicalSpeciesLabel 如果是常規(guī)計(jì)算，就不用鬼態(tài)，輸入文件如下： SystemName C62N SystemLabel C62N NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C 2 7 N %endblock ChemicalSpeciesLabel 不知道是否正確？ 計(jì)算過(guò)程沒(méi)有任何問(wèn)題，對(duì)比結(jié)果我也大概寫在下面： 加入鬼態(tài)： siesta: Program's energy decomposition (eV): siesta: Eions = 16680.576136 siesta: Ena = 3653.202863 siesta: Ekin = 7163.588024 siesta: Enl = -820.400928 siesta: DEna = -182.458272 siesta: DUscf = 15.575306 siesta: DUext = 0.000000 siesta: Exc = -3054.613637 siesta: eta*DQ = 0.000000 siesta: Emadel = 0.000000 siesta: Ekinion = 0.000000 siesta: Eharris = -9905.679557 siesta: Etot = -9905.682781 siesta: FreeEng = -9905.682783 siesta: Final energy (eV): siesta: Kinetic = 7163.588024 siesta: Hartree = 894.608032 siesta: Ext. field = 0.000000 siesta: Exch.-corr. = -3054.613637 siesta: Ion-electron = -8393.758885 siesta: Ion-ion = -6515.506314 siesta: Ekinion = 0.000000 siesta: Total = -9905.682781 不加鬼態(tài) siesta: Program's energy decomposition (eV): siesta: Eions = 16680.576136 siesta: Ena = 3653.202863 siesta: Ekin = 7164.385562 siesta: Enl = -820.554764 siesta: DEna = -182.943454 siesta: DUscf = 15.589130 siesta: DUext = 0.000000 siesta: Exc = -3054.694636 siesta: eta*DQ = 0.000000 siesta: Emadel = 0.000000 siesta: Ekinion = 0.000000 siesta: Eharris = -9905.587400 siesta: Etot = -9905.591435 siesta: FreeEng = -9905.591437 siesta: Final energy (eV): siesta: Kinetic = 7164.385562 siesta: Hartree = 894.861106 siesta: Ext. field = 0.000000 siesta: Exch.-corr. = -3054.694636 siesta: Ion-electron = -8394.637153 siesta: Ion-ion = -6515.506314 siesta: Ekinion = 0.000000 siesta: Total = -9905.591435 計(jì)算結(jié)果顯示，加入鬼態(tài)后，總能量略低0.1eV左右，而且鬼態(tài)原子附近有大約0.2單自旋電荷分布，其它C原子是2個(gè)電荷分布。 |
3樓2011-03-08 11:11:00
zhangguangping
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zzy870720z(金幣+5): 謝謝zhang兄指教，說(shuō)的太好了 2011-03-08 15:56:38
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+5): 謝謝zhang兄指教，說(shuō)的太好了 2011-03-08 15:56:38
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其實(shí)說(shuō)句實(shí)話，我是真不厲害，很菜的。不是謙虛，我是自我表白。我在論壇里面比較活躍不是顯擺我知道的多，而是恰是我知道少，但是身邊有沒(méi)有人用這個(gè)軟件。所以只能依靠emuch論壇的這個(gè)版塊。通過(guò)討論可以相互交流一下，哪怕我的是錯(cuò)誤的，我也可以說(shuō)一下，這樣高手看見(jiàn)了，可以來(lái)指正我，這也是一個(gè)自我的進(jìn)步。另外咱們這個(gè)版塊不是很活躍。貌似高手現(xiàn)在都不大來(lái)了，或者來(lái)了之后看到問(wèn)題的幼稚就嗤之一笑，然后不懶的回復(fù)了。希望老蟲(chóng)還是多來(lái)指點(diǎn)指點(diǎn)我們這些幼蟲(chóng)們。 另外你的這個(gè)問(wèn)題實(shí)際上可以通過(guò)多認(rèn)真的讀一讀手冊(cè)是可以得到解決的。使用siesta工作的是手邊要么有一本打印的手冊(cè)。要么在電腦上打開(kāi)一份電子的手冊(cè)。有什么問(wèn)題，直接搜索一下相關(guān)的關(guān)鍵字。比如你的問(wèn)題：直接在手冊(cè)里面用ctrl+F搜索ghost,立馬會(huì)定位到ChemicalSpeciesLabel位置，再搜，會(huì)定位到AtomicMass位置，接下來(lái)在PS.KBprojectors會(huì)發(fā)現(xiàn)對(duì)ghost設(shè)置的一些條件，這個(gè)需要檢查一下產(chǎn)生的PS.KBprojectors對(duì)ghost atom是不是只有一個(gè)，如果是的話，那就是程序給你處理好了。如果不是的話，計(jì)算出來(lái)預(yù)料不到結(jié)果，需要考慮這個(gè)問(wèn)題。PAO.Basis在這兒，解釋了程序?qū)host atom的基矢的處理辦法。 到此為止，應(yīng)該對(duì)siesta處理ghost atom有一個(gè)了解。如果不是量化高手的話，可能對(duì)手冊(cè)上的解釋還是知道如何下手，這個(gè)時(shí)候需要google了。在google里面輸入ghost atom in siesta,一搜，google大多數(shù)時(shí)候不會(huì)辜負(fù)你的。 http://www.google.com.hk/search? ... i=&aql=&oq= 這個(gè)頭兩條就是siesta前輩們討論關(guān)于怎么設(shè)置ghost。 很懊惱的是打不開(kāi)，這個(gè)時(shí)候我來(lái)告訴你，網(wǎng)頁(yè)代理來(lái)幫助：http://www.7daili.com/，首先打開(kāi)這個(gè)網(wǎng)頁(yè)代理，然后打開(kāi)你要打開(kāi)但是打不的那個(gè)網(wǎng)頁(yè)，從瀏覽器上把這個(gè)網(wǎng)址復(fù)制到你的網(wǎng)頁(yè)代理里面，然后讓它給你打開(kāi)。不要嫌棄這個(gè)太慢，耐心點(diǎn)，能打開(kāi)總比打不開(kāi)好多了。燈打開(kāi)之后，看到里面討論的時(shí)候，欣喜不由從心底產(chǎn)生。在之內(nèi)的鏈接可以直接打開(kāi)了（其實(shí)還是網(wǎng)頁(yè)代理給你打開(kāi)的）。不管你從這些討論中得沒(méi)得到你要的結(jié)果，但是起碼，你學(xué)習(xí)了，搜索了，看到之前也有人討論這個(gè)問(wèn)題了。這就夠了。如果問(wèn)題解決了，皆大歡喜，如果還是沒(méi)有解決，在走下一條通往羅馬的大道。總之，這個(gè)過(guò)程是一個(gè)需要的過(guò)程，我認(rèn)為也是發(fā)現(xiàn)問(wèn)題，解決問(wèn)題的作為學(xué)生的過(guò)程。可能你會(huì)說(shuō)，作為學(xué)生，時(shí)間短，論文壓力大。沒(méi)有時(shí)間花費(fèi)在這個(gè)上面，直接問(wèn)問(wèn)知道就行。前提是如果有知道在身邊什么都好說(shuō)。如果沒(méi)有呢？難道咱們的問(wèn)題不不解決了？向小木蟲(chóng)丟出來(lái)一個(gè)求助，不一定有人立馬回復(fù)你。這個(gè)期間還得自己去走上面的過(guò)程，只不過(guò)小木蟲(chóng)的討論給上面的過(guò)程多了一個(gè)希望而已。 這些只是我的感想而已。我也是初學(xué)者。來(lái)到小木蟲(chóng)，首先，要搜索一下關(guān)于你的這個(gè)話題的帖子。最起碼，來(lái)到小木蟲(chóng)定居之后，要把之前討論過(guò)的有關(guān)你用的這個(gè)軟件的所有帖子全部看一遍，知道別人都討論了些什么。結(jié)果怎么樣，哪怕自己用不到，說(shuō)不定以后用的時(shí)候，就需要回來(lái)再次檢索。平時(shí)沒(méi)事，一定要天天登錄一下小木蟲(chóng)看一下自己用的這個(gè)程序有什么新的問(wèn)題，別人是怎么解決的。這樣對(duì)該軟件在小木蟲(chóng)的歷史就有了了解。對(duì)歷史不懂得人，會(huì)走很多彎路的。比如最近yashumimi發(fā)的那個(gè)帖子transista的錯(cuò)誤，其實(shí)，別人之前早就討論過(guò)了。只是她沒(méi)有關(guān)心，以為自己不會(huì)碰到這個(gè)問(wèn)題，壓根就沒(méi)有看這個(gè)帖子。但是她就應(yīng)為自己對(duì)這個(gè)帖子的默然，也像mail-list求助了，也發(fā)帖子了。我也看到一段時(shí)間沒(méi)有人回復(fù)。估計(jì)期間她也費(fèi)了好大勁，做了不少計(jì)算，并且花了不少機(jī)時(shí)。這個(gè)都是對(duì)歷史不解或者上小木蟲(chóng)之后沒(méi)有首先檢索惹的禍。 最后，小木蟲(chóng)不是一個(gè)有問(wèn)題就往上丟，沒(méi)問(wèn)題的時(shí)候壓根不來(lái)的地方，而是一個(gè)同行之間相互了解相互交流的平臺(tái)，窗口。就像一些學(xué)術(shù)會(huì)議一樣。只不過(guò)小木蟲(chóng)上天天再開(kāi)“學(xué)術(shù)會(huì)議”，“作報(bào)告的人”都是一些資源的提供者，更或者對(duì)我們這些板塊，“作報(bào)告的人”是一些遇到問(wèn)題的人，報(bào)告的內(nèi)容就是問(wèn)題本身而已。 當(dāng)自己不是“作報(bào)告的人”時(shí)候要常來(lái)當(dāng)聽(tīng)報(bào)告的。因?yàn)檫@個(gè)問(wèn)題被別人討論之后，再重復(fù)的提出來(lái)，可能會(huì)使得一些高手失去回答的耐心。不但對(duì)自己沒(méi)有好處，然高手失去了對(duì)咱們新一代新手的信心，對(duì)別的新手來(lái)說(shuō)，是一個(gè)莫大的損失。 我也看到有些蟲(chóng)友都工作了，都當(dāng)教授了，還是常常忙里偷閑來(lái)答復(fù)一下新蟲(chóng)的問(wèn)題。我看了，確實(shí)有些感動(dòng)。 最后，祝愿小木蟲(chóng)SIESTA板塊，越來(lái)越紅火，能成就一些新手。希望老蟲(chóng)多來(lái)哺養(yǎng)一下我們這些新蟲(chóng)。 末了，言辭不妥之處，望新老蟲(chóng)友見(jiàn)諒。  |
4樓2011-03-08 11:32:09
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[考研] 求調(diào)劑，總分315，考的生物醫(yī)藥，一志愿湖南師范大學(xué)。調(diào)劑到任何專業(yè)都可以 +4 | 小丁想進(jìn)步 2026-03-11 | 5/250 |
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[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國(guó)獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專利一項(xiàng)省級(jí)立項(xiàng) +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
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[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調(diào)劑 +6 | 薛云鵬 2026-03-15 | 6/300 |
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[考研] 267一志愿南京工業(yè)大學(xué)0817化工求調(diào)劑 +6 | SUICHILD 2026-03-12 | 6/300 |
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[考研] 274求調(diào)劑 +5 | 時(shí)間點(diǎn) 2026-03-13 | 5/250 |
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[基金申請(qǐng)] 國(guó)自科面上基金字體 +6 | iwuli 2026-03-12 | 7/350 |
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[考研] 304求調(diào)劑 +4 | ahbd 2026-03-14 | 4/200 |
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[考研] 321求調(diào)劑 +5 | 大米飯！ 2026-03-15 | 5/250 |
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[考研] 327求調(diào)劑 +6 | 拾光任染 2026-03-15 | 11/550 |
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[考研] 070305求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-14 | 4/200 |
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[考研] 求調(diào)劑（材料與化工327） +4 | 愛(ài)吃香菜啦 2026-03-11 | 4/200 |
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[考研] （081700）化學(xué)工程與技術(shù)-298分求調(diào)劑 +12 | 11啦啦啦 2026-03-11 | 35/1750 |
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[考研] 329求調(diào)劑 +3 | miaodesi 2026-03-12 | 4/200 |
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[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +7 | 綠豆芹菜湯 2026-03-12 | 7/350 |
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[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
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[考研] 070303一志愿西北大學(xué)學(xué)碩310找調(diào)劑 +3 | d如愿上岸 2026-03-13 | 3/150 |
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[考博] 福州大學(xué)楊黃浩課題組招收2026年專業(yè)學(xué)位博士研究生，2026.03.20截止 +3 | Xiangyu_ou 2026-03-12 | 3/150 |
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[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 152697 2026-03-12 | 4/200 |
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