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賀儀鐵桿木蟲 (著名寫手)
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【分享】openmpi-intelmkl-siesta3.0 并行安裝--兩種方式---原創(chuàng)
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首先介紹一個(gè)大家常用那個(gè)的方法，然后自己試了一個(gè)簡單的方法也可以， 1.將siesta-3.0-rc2.tgz文件拷貝到一個(gè)臨時(shí)的目錄里面（如tem） 2.解壓文件：$ tar -zxvf siesta-3.0-rc2.tgz 3.進(jìn)入要生成執(zhí)行文件的目錄，可以自己隨便建立。這樣可以利用不同參數(shù)編譯 不同版本的siesta 放在不同的目錄里。這是與siesta-2.0.2 相比，采用的一種新的 執(zhí)行文件生成機(jī)制，例如到Obj 目錄生成執(zhí)行文件：$ cd siesta-3.0-rc2/Obj/ 4. 如果Obj 目錄和Src 目錄是平級的，運(yùn)行：$ sh ../Src/obj_setup.sh 總之要在你要生成可執(zhí)行文件的目錄下用sh 運(yùn)行Src/obj_setup.sh。 5. 在執(zhí)行文件生成目錄里運(yùn)行Src/configure，即： $ ../Src/configure 6.進(jìn)入/Src/MPI 7.修改Makefile vi Makefile 把 ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make 修改為絕對路徑 ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Obj/arch.make 8.再make 9.再切換到Obj目錄 10.修改arch.make # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996- . # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel FPP= FPP_OUTPUT= FC=/public/openmpi-141-icc/bin/mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS= -O2 -i-static FFLAGS_DEBUG= -g LDFLAGS=-Vaxlib FPPFLAGS= -DMPI # -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide LAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core BLACS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64 SCALAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 COMP_LIBS= NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Src/MPI/libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/public/openmpi-141-icc/include #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< 11，make 完成了 這是我根據(jù)網(wǎng)上的編譯不成功后自己看代碼改的 第二種 其實(shí)另外一個(gè)方法不會(huì)這么麻煩 就是我們在Sys目錄下編譯步驟如下： 1.將siesta-3.0-rc2.tgz文件拷貝到一個(gè)臨時(shí)的目錄里面（如tem） 2. tar -zxvf siesta-3.0-rc2.tgz 3 ，cd Syc 4 ， cd .. 5 ，sh ./obj_setup.sh 6 ， ./configure 7 ， vi arch.make 內(nèi)容和上面的一樣 8 ， cd MPI 9 ， make 10 ，cd .. 11 ，make [ Last edited by 賀儀 on 2011-3-27 at 23:17 ] |
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5. 在執(zhí)行文件生成目錄里運(yùn)行Src/configure，即： $ ../Src/configure 6.進(jìn)入/Src/MPI 7.修改Makefile vi Makefile 把 ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make 修改為絕對路徑 ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Obj/arch.make 8.make 請問在第五步，configure的時(shí)候需不需要加上FC=mpif90？ 第八步之前按您說的方法修改了makefile，但make的時(shí)候報(bào)錯(cuò)。 [mengfc@localhost MPI]$ make mpif90 -c -g -I mpi__include.f90 ifort: command line error: no files specified; for help type "ifort -help" make: *** [mpi__include.o] Error 1 請問這是什么問題呢？ |
5樓2011-10-15 12:51:04
賀儀
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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