 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 48 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 9426 | 回復(fù): 47 | |||||||||
| 【獎(jiǎng)勵(lì)】 本帖被評(píng)價(jià)36次，作者lbambool增加金幣 29.85 個(gè) | |||||||||
lbambool木蟲 (著名寫手)
|
[資源]
【原創(chuàng)】MS 5.0 LINUX 版小集群并行安裝手記
|
||||||||
|
MS 5.0 LINUX 版小集群并行安裝手記 這幾天重新配置了一下計(jì)算環(huán)境，順便記錄下來供同行參考，這次以安裝MS5.0為例，實(shí)際上4.0，4.2，4.4的版本這幾天我都配置過了，方法基本相同。 1.操作系統(tǒng)環(huán)境說明 客戶端要求是Windows XP Professional - SP3或Vista (Business & Enterprise Editions) SP2，客戶端只支持32位操作系統(tǒng)，也就是說裝了64位的操作系統(tǒng)也無法用64位計(jì)算，只能運(yùn)行在兼容32位模式下。 服務(wù)器端硬件現(xiàn)在一般是IA32或x86-64，后者較多，操作系統(tǒng)一般有windows、UNIX和LINUX。如果是用windows系列，可以用以下幾種： •Windows Server 2003, all editions - SP2 and R2 •Windows Server 2008, all editions - SP2 •Windows XP Professional - SP3 •Windows Vista (Business & Enterprise) - SP2 如果用UNIX系列（包含LINUX）可以用以下幾種： •x86 (32-bit) Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8 SuSE™ Linux Enterprise Server 10 (SP1 and SP2) •x86-64 (64-bit) Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8 Red Hat Enterprise Linux - 5.3 and 5.4 Red Hat Enterprise Linux Desktop - 5.3 and 5.4 SuSE Linux Enterprise Server - 10 (SP1 and SP2) and 11 一般最小化安裝就可以，不需要圖形界面，但所有節(jié)點(diǎn)都要安裝一些補(bǔ)丁，下面我以64位centos 4.8版為例，其他版本請(qǐng)參考README_Materials_Studio.htm中關(guān)于system_requirements_info部分： glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit) libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3 (32-bit) hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64 這里要注意，除了HPMPI以外，其他都要同時(shí)安裝32位和64位兩種版本，HPMPI也要在所有參與計(jì)算的節(jié)點(diǎn)上安裝。 2.SSH和RSH免認(rèn)證設(shè)置，一般都是使用SSH免認(rèn)證登錄。 首先確認(rèn)rsh-server包是否安裝，方法參考Installing Materials Studio on a Linux cluster中的部分內(nèi)容或網(wǎng)上搜索，很多教程： HP-MPI使用rsh的話要保證各節(jié)點(diǎn)間可以免認(rèn)證訪問，這可以通過創(chuàng)建或修改/etc/hosts.equiv文件來實(shí)現(xiàn)，一般來說，hosts.equiv中要包含這樣的內(nèi)容： localhost 節(jié)點(diǎn)１機(jī)器名 節(jié)點(diǎn)２機(jī)器名 …… 節(jié)點(diǎn)n機(jī)器名 如果要使用SSH的話，首先要確認(rèn)SSH服務(wù)是否安裝，一般來說，SSH服務(wù)默認(rèn)是安裝的，測(cè)試方法如下： ssh localhost 如果已經(jīng)安裝，你可以看提示符換行，并切換到當(dāng)前用戶的用戶目錄，如果沒有出現(xiàn)這樣的提示的話，就不能使用對(duì)稱多處理器并行，需要檢查SSH是否可用。 如果出現(xiàn)要求你輸入密碼的提示符，你就需要進(jìn)行SSH免認(rèn)證設(shè)置。當(dāng)你第一次采用SSH登錄時(shí)一般會(huì)看到以下提示： The authenticity of host 'dewer2 (133.27.92.5)' can't be established. RSA key fingerprint is cf:d6:77:c6:db:42:99:6f:11:07:f3:38:46:7b:f9:05. Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? 回答yes繼續(xù)，片刻后，看到一個(gè)新的提示符. 配置SSH免認(rèn)證登錄的方法如下： 為當(dāng)前安裝MS網(wǎng)關(guān)的用戶創(chuàng)建一個(gè)公鑰對(duì)，方法如下: $> ssh-keygen -t rsa 不要輸入任何密碼字符串，只回車兩次就可以了。 產(chǎn)生的私鑰放于~/.ssh目錄下的id_rsa 和id_rsa.pub文件中，將id_rsa.pub文件另存為 authorized_keys2。 改變讀寫權(quán)限，保證目錄~./ssh和里面的文件不被其他任何用戶訪問，否則無法實(shí)現(xiàn)免認(rèn)證登錄，操作方法如下： 切換路么到保存密鑰之處 cd ~/.ssh 設(shè)置權(quán)限 chmod 600 * 設(shè)置目錄訪問權(quán)限 chmod 700 . Materials Studio用戶的主目錄必須設(shè)為對(duì)其他用戶只讀權(quán)限，如果其他用戶有寫權(quán)限的話，SSH還要要求輸入密碼，操作過程如下： 切換到用戶的主目錄 cd ~ 改變權(quán)限，命令如下： chmod 755 . 在各節(jié)點(diǎn)進(jìn)行同樣的操作，然后將所有id_rsa.pub的內(nèi)容全并到一個(gè)文件里并命名為 authorized_keys2，放到每一個(gè)節(jié)點(diǎn)的~/.ssh路徑下。 這樣應(yīng)該就可以做到免認(rèn)證SSH了，如果還提示要輸入密碼的 話再仔細(xì)檢查一下上述各步是否有誤。 注意，MS的安裝用戶一定是非root用戶，否則無法實(shí)現(xiàn)免認(rèn)證登錄，也無法實(shí)現(xiàn)多節(jié)點(diǎn)并行。 3.MS安裝 先將MS文件上傳到主節(jié)點(diǎn)，可以以打包的形式上傳，也可以先做成ISO，我一般是習(xí)慣先做成ISO上傳，以免出現(xiàn)權(quán)限不夠的問題，遇到權(quán)限不夠的時(shí)候改變文件屬性，加上執(zhí)行權(quán)限就可以了。 上傳后將ISO文件掛載到某一目錄下，如果想掛到根目錄下mnt目錄下的iso目錄中，命令如下： mount -o loop -t iso9660 ms50_unix.iso /mnt/iso 在主節(jié)點(diǎn)上切換到MS安裝用戶，本人用的是msi，然后到換到/mnt/iso/UNIX下執(zhí)行./Install --type cluster,或是直接./mnt/iso/UNIX/Install --type cluster --type cluster這個(gè)參數(shù)是并行時(shí)必須的加的參數(shù)，另一個(gè)要注意的就是要用非root用戶安裝。 安裝過程中其他基本上用默認(rèn)的就可以，但有一個(gè)臨時(shí)文件夾建議不要放在共享目錄下，每個(gè)節(jié)點(diǎn)放一個(gè)tmp，這樣可以減少節(jié)點(diǎn)間的通信量，提高性能。比如說我的安裝目錄是/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享給其他節(jié)點(diǎn)的目錄，那tmp我就放在/home/msi/下，用MS的用戶創(chuàng)建，保證可寫入。其他每個(gè)節(jié)點(diǎn)的用戶目錄下都創(chuàng)建一個(gè)tmp目錄。安裝完成后將Accelrys目錄共享給其他節(jié)點(diǎn)。 先將Accelrys共享，編輯/etc/exports，加入下面一行內(nèi)容： /home/msi/Accelrys *(rw,no_root_squash) 保存退出后，重啟NFS服務(wù) service NFS restart 然后到其他節(jié)點(diǎn)上，su root，輸入密碼，執(zhí)行以下命令： mount -t nfs 主節(jié)點(diǎn)名:/home/msi/Accelrys /home/msi/Accelrys 再將hosts.equiv文件放在/etc下和/home/msi/Accelrys/etc下. 將licenses里第一行中的機(jī)器名改為你的主節(jié)點(diǎn)的機(jī)器名后，文件名改為msi.lic放到/home/msi/Accelrys/LicensePack/Licenses里。 修改 /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，寫上各節(jié)點(diǎn)的機(jī)器名：CPU數(shù)。修改/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里兩個(gè)文件里的CPU數(shù)為你各節(jié)點(diǎn)CPU總數(shù)。 重新啟動(dòng)網(wǎng)關(guān)，進(jìn)入/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，執(zhí)行 ./msgateway_control_18888 start 到此，LINUX下的安裝結(jié)束。 回到windows下，配置服務(wù)控制臺(tái)，加入新的網(wǎng)關(guān)，然后測(cè)試是否可用，如有問題再回頭一下排查。 寫的較匆忙，可能有不準(zhǔn)確的地方，以后慢慢再修改。附近上正在用的lincense文件 [ Last edited by lbambool on 2010-1-21 at 16:03 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 材料計(jì)算模擬實(shí)用技巧 | Materials Studio 相關(guān) | 計(jì)算資料 | Materials Modeling |
| MS安裝使用 | 第一性原理 | 其他 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
» 猜你喜歡
生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績338
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
343求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
305求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動(dòng)285求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
332求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
學(xué)碩274求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
壓國家一區(qū)線，求導(dǎo)師收留，有恩必謝！
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
22408 359分調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- Linux集群增加新用戶的問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- ms從PC 利用gateway連接到服務(wù)器的問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】comsol可否安裝在服務(wù)器上，linux系統(tǒng)的服務(wù)器
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 關(guān)于MS的一些最新信息，MS 6.1 SP2 and 7.0【附Materials Studio 6.1 SP2下載地址】
已經(jīng)有41人回復(fù)
- 關(guān)于 MS 5.5并行的問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 怎樣把windows操作系統(tǒng)的MS連接到linux系統(tǒng)的服務(wù)器進(jìn)行計(jì)算？
已經(jīng)有21人回復(fù)
- 求可用的MS 5.0的.lic
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 材料計(jì)算PC集群配置討論
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 請(qǐng)教ORCA的并行及集群上的腳本文件
已經(jīng)有14人回復(fù)
- MS5.0安裝問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】MS5.0 出現(xiàn)這樣一個(gè)問題。。。
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】MS 5.0 修改msi.lic后不能保存
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】linux 系統(tǒng)MS 如何運(yùn)行
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】MS5.0并行安裝出錯(cuò)了
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】MS4.4在REDHAT5.0集群上安裝出錯(cuò)，附步驟，望高手指正
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 【求助】MS4.0并行計(jì)算的問題
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】linux下安裝MS軟件不成功
已經(jīng)有9人回復(fù)
2樓2010-01-20 17:40:24
3樓2010-01-21 08:12:05
abinitio
版主 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 221 (大學(xué)生)
- 貴賓: 0.093
- 金幣: 7365.2
- 帖子: 1317
- 在線: 485.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 368545
4樓2010-01-21 08:32:47
5樓2010-01-22 01:50:04
6樓2010-01-22 03:05:26
7樓2010-01-22 08:57:41
lbambool
木蟲 (著名寫手)
- 1ST強(qiáng)帖: 7
- 應(yīng)助: 35 (小學(xué)生)
- 金幣: 3755.1
- 帖子: 2403
- 在線: 393.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 96218
8樓2010-01-22 12:03:58
10樓2010-01-22 13:07:50
11樓2010-01-22 15:01:09
14樓2010-01-23 09:19:04
lbambool
木蟲 (著名寫手)
- 1ST強(qiáng)帖: 7
- 應(yīng)助: 35 (小學(xué)生)
- 金幣: 3755.1
- 帖子: 2403
- 在線: 393.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 96218
15樓2010-01-30 17:18:33
16樓2010-01-30 20:03:06
17樓2010-02-05 15:13:51
18樓2010-02-05 17:33:38
19樓2010-03-20 08:25:45
20樓2010-03-20 11:57:52
21樓2010-03-22 15:48:31
22樓2010-05-20 14:46:09
lbambool
木蟲 (著名寫手)
- 1ST強(qiáng)帖: 7
- 應(yīng)助: 35 (小學(xué)生)
- 金幣: 3755.1
- 帖子: 2403
- 在線: 393.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 96218
23樓2010-12-17 19:17:28
24樓2010-12-24 15:32:44
26樓2012-03-26 14:46:38
29樓2012-04-01 17:09:34
lbambool
木蟲 (著名寫手)
- 1ST強(qiáng)帖: 7
- 應(yīng)助: 35 (小學(xué)生)
- 金幣: 3755.1
- 帖子: 2403
- 在線: 393.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 96218
30樓2012-04-02 19:37:52
31樓2012-04-06 10:55:48
32樓2012-04-11 13:02:09
35樓2012-07-07 10:53:16
★★★★★ 五星級(jí),優(yōu)秀推薦
|
(1)MS6.0 for linux下載地址，(2)詳細(xì)的在cluster上的安裝方法，(3)使用torque提交作業(yè)的腳本。很全的�；ハ鄬W(xué)習(xí)。請(qǐng)參見 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4702095&page=1 |
36樓2012-07-13 23:47:35
38樓2013-03-18 10:18:46
48樓2016-10-06 16:50:23
簡單回復(fù)
2010-01-22 12:13
回復(fù)
warmhouse12樓
2010-01-22 16:47
回復(fù)
zdhlover13樓
2010-01-22 22:35
回復(fù)
wjf89111425樓
2012-03-16 23:58
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
28535206527樓
2012-03-28 11:20
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
28535206528樓
2012-03-31 18:47
回復(fù)
頂一下，感謝分享！
dreamfly_ykf33樓
2012-06-27 15:44
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
cavediger34樓
2012-07-04 17:48
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
juaner8037樓
2013-03-18 10:18
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
happy小海39樓
2013-05-09 10:27
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
happy小海40樓
2013-05-09 10:28
回復(fù)
感謝分享
andyzheng41樓
2013-05-14 15:56
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
冰淼201242樓
2013-05-15 15:41
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
冰淼201243樓
2013-05-15 15:41
回復(fù)
送紅花一朵
dppeng44樓
2013-05-15 22:36
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
zhl037345樓
2013-07-17 20:11
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
dukyaseu46樓
2014-06-24 14:08
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
103287161747樓
2015-04-16 09:45
回復(fù)
五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 lbambool 的主題更新
| 48 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績338 +5 | YYYYYNNNNN 2026-03-26 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分求調(diào)劑 +9 | 大饞小子 2026-03-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué) +10 | 妮妮ninicgb 2026-03-27 | 10/500 |
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 希望上岸阿小楊 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[有機(jī)交流]
高溫高壓反應(yīng)求助
 10+4
|
chibby 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 一志愿 西北大學(xué) 總分282 英語一62 求調(diào)劑
+7
|
18419759900 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[碩博家園] 北京林業(yè)大學(xué)碩導(dǎo)招生廣告 +6 | kongweilin 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +4 | 崔wj 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 一志愿 本科 北科大 化學(xué) 343 +6 | 13831862839 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)工程085602 305分求調(diào)劑 +17 | RichLi_ 2026-03-25 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 初試270分 求調(diào)劑 +6 | 谷雨上岸 2026-03-23 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程 317求調(diào)劑 +4 | JKSOIID 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +6 | 田洪有 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 尋找調(diào)劑 +5 | 倔強(qiáng)芒? 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)303求調(diào)劑 +5 | 睿08 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿南航材料專317分求調(diào)劑 +5 | 炸呀炸呀炸薯?xiàng)l 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 請(qǐng)教下大家 2026年國家基金申請(qǐng)是雙盲審嗎？ +3 | lishucheng1 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求老師收我 +3 | zzh16938784 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 石河子大學(xué)（211、雙一流）碩博研究生長期招生公告 +3 | 李子目 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑 +5 | vv迷 2026-03-21 | 8/400 |
|