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lbambool木蟲 (著名寫手)
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【原創(chuàng)】MS 5.0 LINUX 版小集群并行安裝手記
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MS 5.0 LINUX 版小集群并行安裝手記 這幾天重新配置了一下計(jì)算環(huán)境，順便記錄下來供同行參考，這次以安裝MS5.0為例，實(shí)際上4.0，4.2，4.4的版本這幾天我都配置過了，方法基本相同。 1.操作系統(tǒng)環(huán)境說明 客戶端要求是Windows XP Professional - SP3或Vista (Business & Enterprise Editions) SP2，客戶端只支持32位操作系統(tǒng)，也就是說裝了64位的操作系統(tǒng)也無法用64位計(jì)算，只能運(yùn)行在兼容32位模式下。 服務(wù)器端硬件現(xiàn)在一般是IA32或x86-64，后者較多，操作系統(tǒng)一般有windows、UNIX和LINUX。如果是用windows系列，可以用以下幾種： •Windows Server 2003, all editions - SP2 and R2 •Windows Server 2008, all editions - SP2 •Windows XP Professional - SP3 •Windows Vista (Business & Enterprise) - SP2 如果用UNIX系列（包含LINUX）可以用以下幾種： •x86 (32-bit) Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8 SuSE™ Linux Enterprise Server 10 (SP1 and SP2) •x86-64 (64-bit) Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8 Red Hat Enterprise Linux - 5.3 and 5.4 Red Hat Enterprise Linux Desktop - 5.3 and 5.4 SuSE Linux Enterprise Server - 10 (SP1 and SP2) and 11 一般最小化安裝就可以，不需要圖形界面，但所有節(jié)點(diǎn)都要安裝一些補(bǔ)丁，下面我以64位centos 4.8版為例，其他版本請(qǐng)參考README_Materials_Studio.htm中關(guān)于system_requirements_info部分： glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit) libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3 (32-bit) hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64 這里要注意，除了HPMPI以外，其他都要同時(shí)安裝32位和64位兩種版本，HPMPI也要在所有參與計(jì)算的節(jié)點(diǎn)上安裝。 2.SSH和RSH免認(rèn)證設(shè)置，一般都是使用SSH免認(rèn)證登錄。 首先確認(rèn)rsh-server包是否安裝，方法參考Installing Materials Studio on a Linux cluster中的部分內(nèi)容或網(wǎng)上搜索，很多教程： HP-MPI使用rsh的話要保證各節(jié)點(diǎn)間可以免認(rèn)證訪問，這可以通過創(chuàng)建或修改/etc/hosts.equiv文件來實(shí)現(xiàn)，一般來說，hosts.equiv中要包含這樣的內(nèi)容： localhost 節(jié)點(diǎn)１機(jī)器名 節(jié)點(diǎn)２機(jī)器名 …… 節(jié)點(diǎn)n機(jī)器名 如果要使用SSH的話，首先要確認(rèn)SSH服務(wù)是否安裝，一般來說，SSH服務(wù)默認(rèn)是安裝的，測(cè)試方法如下： ssh localhost 如果已經(jīng)安裝，你可以看提示符換行，并切換到當(dāng)前用戶的用戶目錄，如果沒有出現(xiàn)這樣的提示的話，就不能使用對(duì)稱多處理器并行，需要檢查SSH是否可用。 如果出現(xiàn)要求你輸入密碼的提示符，你就需要進(jìn)行SSH免認(rèn)證設(shè)置。當(dāng)你第一次采用SSH登錄時(shí)一般會(huì)看到以下提示： The authenticity of host 'dewer2 (133.27.92.5)' can't be established. RSA key fingerprint is cf:d6:77:c6:db:42:99:6f:11:07:f3:38:46:7b:f9:05. Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? 回答yes繼續(xù)，片刻后，看到一個(gè)新的提示符. 配置SSH免認(rèn)證登錄的方法如下： 為當(dāng)前安裝MS網(wǎng)關(guān)的用戶創(chuàng)建一個(gè)公鑰對(duì)，方法如下: $> ssh-keygen -t rsa 不要輸入任何密碼字符串，只回車兩次就可以了。 產(chǎn)生的私鑰放于~/.ssh目錄下的id_rsa 和id_rsa.pub文件中，將id_rsa.pub文件另存為 authorized_keys2。 改變讀寫權(quán)限，保證目錄~./ssh和里面的文件不被其他任何用戶訪問，否則無法實(shí)現(xiàn)免認(rèn)證登錄，操作方法如下： 切換路么到保存密鑰之處 cd ~/.ssh 設(shè)置權(quán)限 chmod 600 * 設(shè)置目錄訪問權(quán)限 chmod 700 . Materials Studio用戶的主目錄必須設(shè)為對(duì)其他用戶只讀權(quán)限，如果其他用戶有寫權(quán)限的話，SSH還要要求輸入密碼，操作過程如下： 切換到用戶的主目錄 cd ~ 改變權(quán)限，命令如下： chmod 755 . 在各節(jié)點(diǎn)進(jìn)行同樣的操作，然后將所有id_rsa.pub的內(nèi)容全并到一個(gè)文件里并命名為 authorized_keys2，放到每一個(gè)節(jié)點(diǎn)的~/.ssh路徑下。 這樣應(yīng)該就可以做到免認(rèn)證SSH了，如果還提示要輸入密碼的 話再仔細(xì)檢查一下上述各步是否有誤。 注意，MS的安裝用戶一定是非root用戶，否則無法實(shí)現(xiàn)免認(rèn)證登錄，也無法實(shí)現(xiàn)多節(jié)點(diǎn)并行。 3.MS安裝 先將MS文件上傳到主節(jié)點(diǎn)，可以以打包的形式上傳，也可以先做成ISO，我一般是習(xí)慣先做成ISO上傳，以免出現(xiàn)權(quán)限不夠的問題，遇到權(quán)限不夠的時(shí)候改變文件屬性，加上執(zhí)行權(quán)限就可以了。 上傳后將ISO文件掛載到某一目錄下，如果想掛到根目錄下mnt目錄下的iso目錄中，命令如下： mount -o loop -t iso9660 ms50_unix.iso /mnt/iso 在主節(jié)點(diǎn)上切換到MS安裝用戶，本人用的是msi，然后到換到/mnt/iso/UNIX下執(zhí)行./Install --type cluster,或是直接./mnt/iso/UNIX/Install --type cluster --type cluster這個(gè)參數(shù)是并行時(shí)必須的加的參數(shù)，另一個(gè)要注意的就是要用非root用戶安裝。 安裝過程中其他基本上用默認(rèn)的就可以，但有一個(gè)臨時(shí)文件夾建議不要放在共享目錄下，每個(gè)節(jié)點(diǎn)放一個(gè)tmp，這樣可以減少節(jié)點(diǎn)間的通信量，提高性能。比如說我的安裝目錄是/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享給其他節(jié)點(diǎn)的目錄，那tmp我就放在/home/msi/下，用MS的用戶創(chuàng)建，保證可寫入。其他每個(gè)節(jié)點(diǎn)的用戶目錄下都創(chuàng)建一個(gè)tmp目錄。安裝完成后將Accelrys目錄共享給其他節(jié)點(diǎn)。 先將Accelrys共享，編輯/etc/exports，加入下面一行內(nèi)容： /home/msi/Accelrys *(rw,no_root_squash) 保存退出后，重啟NFS服務(wù) service NFS restart 然后到其他節(jié)點(diǎn)上，su root，輸入密碼，執(zhí)行以下命令： mount -t nfs 主節(jié)點(diǎn)名:/home/msi/Accelrys /home/msi/Accelrys 再將hosts.equiv文件放在/etc下和/home/msi/Accelrys/etc下. 將licenses里第一行中的機(jī)器名改為你的主節(jié)點(diǎn)的機(jī)器名后，文件名改為msi.lic放到/home/msi/Accelrys/LicensePack/Licenses里。 修改 /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，寫上各節(jié)點(diǎn)的機(jī)器名：CPU數(shù)。修改/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里兩個(gè)文件里的CPU數(shù)為你各節(jié)點(diǎn)CPU總數(shù)。 重新啟動(dòng)網(wǎng)關(guān)，進(jìn)入/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，執(zhí)行 ./msgateway_control_18888 start 到此，LINUX下的安裝結(jié)束。 回到windows下，配置服務(wù)控制臺(tái)，加入新的網(wǎng)關(guān)，然后測(cè)試是否可用，如有問題再回頭一下排查。 寫的較匆忙，可能有不準(zhǔn)確的地方，以后慢慢再修改。附近上正在用的lincense文件 [ Last edited by lbambool on 2010-1-21 at 16:03 ] |
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7樓2010-01-22 08:57:41
2樓2010-01-20 17:40:24
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abinitio
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4樓2010-01-21 08:32:47
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