 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 4061 | 回復(fù): 14 | |||
boylc789木蟲 (著名寫手)
獨孤
|
[求助]
請教ORCA的并行及集群上的腳本文件
|
||
|
最近打算學(xué)下ORCA 看小卒版主的學(xué)習(xí)筆記很不錯 但是沒有介紹ORCA如何在linux下并行，并且如何在集群上使用，腳本文件怎么寫？ 望高人指點下~~ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 科研錄 |
» 猜你喜歡
求調(diào)劑，本科吉大，一志愿華工339
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
意大利博洛尼亞大學(xué)招聘研究助理2名（2D材料/鋰離子與鈉離子電池方向）
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有196人回復(fù)
-
關(guān)于碳量子點抗菌的研究
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
南大化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
0703調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
1
已經(jīng)有21人回復(fù)
-
0703 調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
西南某211招27屆博士
已經(jīng)有30人回復(fù)
-
大連工業(yè)杰青/長江團隊-生物質(zhì)材料-儲能電池方向招收2026級博士生
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 請教關(guān)于活潑氫的問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 請教一下如何處理審稿人的問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 請教一下大家：XRD圖譜峰比較亂，沒有特征峰，是什么原因？
已經(jīng)有56人回復(fù)
- 請教大家一個去德國的問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 問一個比較弱的問題，請教大家
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 請教各位一個關(guān)于EDC/NHS偶聯(lián)的問題
已經(jīng)有23人回復(fù)
- 網(wǎng)申遇到問題，請教各位申請華威大學(xué)合作項目的同學(xué)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 請教個長單晶的問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 請教存放純 吡啶的20立方的大罐的放空管道 怎么處理？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 請教關(guān)于不飽和聚酯樹脂的一個問題
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【ghcacj個人文集】單機環(huán)境下安裝openmpi使用Orca并行運算的方法介紹
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】請教使用orca計算出的這個自旋密度圖是怎么畫的？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】MS 5.0 LINUX 版小集群并行安裝手記
已經(jīng)有47人回復(fù)
wuy069
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 20 (小學(xué)生)
- 金幣: 7921.9
- 散金: 15
- 紅花: 10
- 帖子: 506
- 在線: 549.1小時
- 蟲號: 760723
- 注冊: 2009-04-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
gmy1990(金幣+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金幣+10): 非常感謝你的回答，經(jīng)測試已經(jīng)好用，就是每次提交任務(wù)時在腳本文件里要修改的輸入文件名太多，麻煩而且容易遺漏，不知有什么解決辦法，我看了，如果把那個建立臨時文件加的命令刪掉，會在計算時看到很多中間文件，不知能否在腳本文件中只需輸入一次文件名，謝謝 2011-07-21 10:42:30
gmy1990(金幣+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金幣+10): 非常感謝你的回答，經(jīng)測試已經(jīng)好用，就是每次提交任務(wù)時在腳本文件里要修改的輸入文件名太多，麻煩而且容易遺漏，不知有什么解決辦法，我看了，如果把那個建立臨時文件加的命令刪掉，會在計算時看到很多中間文件，不知能否在腳本文件中只需輸入一次文件名，謝謝 2011-07-21 10:42:30
|
并行，加個關(guān)鍵詞就行啊 PAL4 比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4 （4核并行） 下面是pbs腳本文件：（以安裝軟件orca2.8裝在/share/apps/下，輸入文件test.inp為例） #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -j oe #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=2400:00:00 #PBS -V cat "$PBS_NODEFILE" ############################################################################# # -S: shell the job will run under # -o: name of the queue error filename # -j: merges stdout and stderr to the same file # -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node # -l: resources required by the job: maximun job time length ############################################################################# # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR export orcapath=/share/apps/orca2.8 tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID mkdir -p $tdir cp ${PBS_O_WORKDIR}/test.inp $tdir cd $tdir echo "ORCA job start at" `date` time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log rm ${tdir}/test.inp mv ${tdir}/test.* $PBS_O_WORKDIR echo "ORCA job finished at" `date` echo "Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR" rm -rf $tdir |
2樓2011-07-20 15:55:05
wuy069
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 20 (小學(xué)生)
- 金幣: 7921.9
- 散金: 15
- 紅花: 10
- 帖子: 506
- 在線: 549.1小時
- 蟲號: 760723
- 注冊: 2009-04-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
3樓2011-07-20 16:09:44
abdoman
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 56 (初中生)
- 金幣: 5369.5
- 散金: 918
- 紅花: 3
- 沙發(fā): 1
- 帖子: 1321
- 在線: 451.5小時
- 蟲號: 301521
- 注冊: 2006-12-01
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
4樓2011-07-20 16:54:00
wuy069
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 20 (小學(xué)生)
- 金幣: 7921.9
- 散金: 15
- 紅花: 10
- 帖子: 506
- 在線: 549.1小時
- 蟲號: 760723
- 注冊: 2009-04-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
5樓2011-07-20 19:40:28
abdoman
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 56 (初中生)
- 金幣: 5369.5
- 散金: 918
- 紅花: 3
- 沙發(fā): 1
- 帖子: 1321
- 在線: 451.5小時
- 蟲號: 301521
- 注冊: 2006-12-01
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
6樓2011-07-20 22:12:25
boylc789
木蟲 (著名寫手)
獨孤
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 3144.7
- 散金: 82
- 紅花: 5
- 帖子: 1775
- 在線: 539.1小時
- 蟲號: 579648
- 注冊: 2008-07-11
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
7樓2011-07-21 10:44:46
boylc789
木蟲 (著名寫手)
獨孤
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 3144.7
- 散金: 82
- 紅花: 5
- 帖子: 1775
- 在線: 539.1小時
- 蟲號: 579648
- 注冊: 2008-07-11
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
8樓2011-07-21 10:47:54
wuy069
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 20 (小學(xué)生)
- 金幣: 7921.9
- 散金: 15
- 紅花: 10
- 帖子: 506
- 在線: 549.1小時
- 蟲號: 760723
- 注冊: 2009-04-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
|
我們一般還是用的GV查看；做分子軌道，用orca處理得到cube文件再用GV或其他免費的軟件。 至于“boylc789(金幣+10): 非常感謝你的回答，經(jīng)測試已經(jīng)好用，就是每次提交任務(wù)時在腳本文件里要修改的輸入文件名太多，麻煩而且容易遺漏，不知有什么解決辦法，我看了，如果把那個建立臨時文件加的命令刪掉，會在計算時看到很多中間文件，不知能否在腳本文件中只需輸入一次文件名，謝謝” 這個也是能辦到的，只不過這是我?guī)熜值男量喙ぷ�，沒得到他批準，不好發(fā)出來。不過，我可以說下原理：把那腳本文件做成命令腳本，比如命名為clusterorca，放入/usr/bin/下，權(quán)限為755;最后通任務(wù)的命令：clusterorca test.inp 即可。 比如pbs腳本中的time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log 在命令腳本中為time \$orcapath/orca ${jobname} > \${PBS_O_WORKDIR}/${preinp}.log 即在命令腳本當(dāng)中，沒有明確的變量前加/ 用這個其實也可以，但里面還添加的有其他的。 |
9樓2011-07-21 11:06:56
boylc789
木蟲 (著名寫手)
獨孤
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 3144.7
- 散金: 82
- 紅花: 5
- 帖子: 1775
- 在線: 539.1小時
- 蟲號: 579648
- 注冊: 2008-07-11
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
10樓2011-07-21 15:09:40
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 boylc789 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 廣西大學(xué)材料導(dǎo)師推薦 +3 | 夏夏夏小正 2026-03-17 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 +5 | @taotao 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級已過，有科研經(jīng)歷 +14 | 曦熙兮 2026-03-15 | 14/700 |
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +4 | mlpqaz03 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 要好好無聊 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0805 316求調(diào)劑 +3 | 大雪深藏 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿深大，0703化學(xué)，總分302，求調(diào)劑 +4 | 七月-七七 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +3 | 北道巷 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 二本跨考鄭大材料306英一數(shù)二 +3 | z1z2z3879 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑 +12 | 墨墨漠 2026-03-18 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境專碩，總分308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交通 專碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑 +5 | 西南交通專材355 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +7 | heming3743 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑（0805） +14 | 煙汐憶海 2026-03-16 | 25/1250 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5 | 1孫悟空 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 324分 +10 | llllkkkhh 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項國獎兩個實用型專利一項省級立項 +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[論文投稿] 有沒有大佬發(fā)小論文能帶我個二作 +3 | 增銳漏人 2026-03-17 | 4/200 |
|