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boylc789木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
獨(dú)孤
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請(qǐng)教O(píng)RCA的并行及集群上的腳本文件
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最近打算學(xué)下ORCA 看小卒版主的學(xué)習(xí)筆記很不錯(cuò) 但是沒(méi)有介紹ORCA如何在linux下并行，并且如何在集群上使用，腳本文件怎么寫(xiě)？ 望高人指點(diǎn)下~~ |
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wuy069
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
gmy1990(金幣+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金幣+10): 非常感謝你的回答，經(jīng)測(cè)試已經(jīng)好用，就是每次提交任務(wù)時(shí)在腳本文件里要修改的輸入文件名太多，麻煩而且容易遺漏，不知有什么解決辦法，我看了，如果把那個(gè)建立臨時(shí)文件加的命令刪掉，會(huì)在計(jì)算時(shí)看到很多中間文件，不知能否在腳本文件中只需輸入一次文件名，謝謝 2011-07-21 10:42:30
gmy1990(金幣+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金幣+10): 非常感謝你的回答，經(jīng)測(cè)試已經(jīng)好用，就是每次提交任務(wù)時(shí)在腳本文件里要修改的輸入文件名太多，麻煩而且容易遺漏，不知有什么解決辦法，我看了，如果把那個(gè)建立臨時(shí)文件加的命令刪掉，會(huì)在計(jì)算時(shí)看到很多中間文件，不知能否在腳本文件中只需輸入一次文件名，謝謝 2011-07-21 10:42:30
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并行，加個(gè)關(guān)鍵詞就行啊 PAL4 比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4 （4核并行） 下面是pbs腳本文件：（以安裝軟件orca2.8裝在/share/apps/下，輸入文件test.inp為例） #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -j oe #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=2400:00:00 #PBS -V cat "$PBS_NODEFILE" ############################################################################# # -S: shell the job will run under # -o: name of the queue error filename # -j: merges stdout and stderr to the same file # -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node # -l: resources required by the job: maximun job time length ############################################################################# # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR export orcapath=/share/apps/orca2.8 tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID mkdir -p $tdir cp ${PBS_O_WORKDIR}/test.inp $tdir cd $tdir echo "ORCA job start at" `date` time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log rm ${tdir}/test.inp mv ${tdir}/test.* $PBS_O_WORKDIR echo "ORCA job finished at" `date` echo "Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR" rm -rf $tdir |
2樓2011-07-20 15:55:05
wuy069
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4樓2011-07-20 16:54:00
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5樓2011-07-20 19:40:28
abdoman
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6樓2011-07-20 22:12:25
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7樓2011-07-21 10:44:46
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8樓2011-07-21 10:47:54
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我們一般還是用的GV查看；做分子軌道，用orca處理得到cube文件再用GV或其他免費(fèi)的軟件。 至于“boylc789(金幣+10): 非常感謝你的回答，經(jīng)測(cè)試已經(jīng)好用，就是每次提交任務(wù)時(shí)在腳本文件里要修改的輸入文件名太多，麻煩而且容易遺漏，不知有什么解決辦法，我看了，如果把那個(gè)建立臨時(shí)文件加的命令刪掉，會(huì)在計(jì)算時(shí)看到很多中間文件，不知能否在腳本文件中只需輸入一次文件名，謝謝” 這個(gè)也是能辦到的，只不過(guò)這是我?guī)熜值男量喙ぷ鳎瑳](méi)得到他批準(zhǔn)，不好發(fā)出來(lái)。不過(guò)，我可以說(shuō)下原理：把那腳本文件做成命令腳本，比如命名為clusterorca，放入/usr/bin/下，權(quán)限為755;最后通任務(wù)的命令：clusterorca test.inp 即可。 比如pbs腳本中的time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log 在命令腳本中為time \$orcapath/orca ${jobname} > \${PBS_O_WORKDIR}/${preinp}.log 即在命令腳本當(dāng)中，沒(méi)有明確的變量前加/ 用這個(gè)其實(shí)也可以，但里面還添加的有其他的。 |
9樓2011-07-21 11:06:56
boylc789
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10樓2011-07-21 15:09:40
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