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wuy069

鐵桿木蟲 (正式寫手)

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注冊: 2009-04-30
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專業(yè): 理論和計算化學

引用回帖:

Originally posted by boylc789 at 2011-07-21 15:09:40:
沒有明確的變量是指與任務名稱有關的嗎？
非明確變量加“/”還是這個“\”

是后者“\”。正常tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID
在命令腳本中為tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID

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11樓2011-07-21 15:56:16

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boylc789

木蟲 (著名寫手)

獨孤

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注冊: 2008-07-11
專業(yè): 理論和計算化學

引用回帖:

Originally posted by wuy069 at 2011-07-21 15:56:16:
是后者“\”。正常tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID
在命令腳本中為tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID

在下愚鈍

看看我這樣該有啥問題，為啥還不好用？

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -V

cat "\$PBS_NODEFILE"

#############################################################################
#  -S: shell the job will run under
#  -o: name of the queue error filename
#  -j: merges stdout and stderr to the same file
#  -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node
#  -l: resources required by the job: maximun job time length
#############################################################################

# go to work dir
cd \$PBS_O_WORKDIR

export orcapath=/home/cliu/orca_x86_64_exe_r2360

tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID

mkdir -p \$tdir

cp \${PBS_O_WORKDIR}/\${jobname} \$tdir

cd \$tdir

echo "ORCA job start at" `date`

time \$orcapath/orca \${jobname} > \${PBS_O_WORKDIR}/\${preinp}.log

rm \${tdir}/\${jobname}
mv \${tdir}/\${preinp}.* \$PBS_O_WORKDIR

echo "ORCA job finished at" `date`

echo "Work Dir is : \$PBS_O_WORKDIR"

rm -rf \$tdir

這是錯誤信息
[cliu@cluster orca-ceshi]$ corca test2.inp
cat: $PBS_NODEFILE: No such file or directory
/home/cliu/bin/corca: line 19: cd: $PBS_O_WORKDIR: No such file or directory
cp: cannot stat `${PBS_O_WORKDIR}/${jobname}': No such file or directory
ORCA job start at Fri Jul 22 11:08:31 CST 2011
/home/cliu/bin/corca: line 33: ${PBS_O_WORKDIR}/${preinp}.log: No such file or directory

real 0m0.001s
user 0m0.000s
sys    0m0.000s
rm: cannot remove `${tdir}/${jobname}': No such file or directory
mv: cannot stat `${tdir}/${preinp}.*': No such file or directory
ORCA job finished at Fri Jul 22 11:08:31 CST 2011
Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR

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有種相遇叫緣分；有種責任叫承諾；有份心情叫思念；有種痛苦叫煎熬；有種后悔叫錯過；有種等待叫守候。

12樓2011-07-22 11:11:28

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bluesxn

銀蟲 (正式寫手)

應助: 1 (幼兒園)
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引用回帖:

2樓: Originally posted by wuy069 at 2011-07-20 15:55:05
并行，加個關鍵詞就行啊 PAL4
比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4 （4核并行）
下面是pbs腳本文件：（以安裝軟件orca2.8裝在/share/apps/下，輸入文件test.inp為例）
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
...

orca要求每份作業(yè)單獨一個存放臨時文件的目錄，這樣處理就行了。
但是提醒下，time是shell keyword，這行其實是不會重定向運行消耗時間統(tǒng)計信息到log文件的。

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13樓2014-01-29 17:07:12

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jasonmumu

新蟲 (初入文壇)

應助: 0 (幼兒園)
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專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結構

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14樓2018-05-31 17:47:59

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jasonmumu

新蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結構

我個人在天河二號使用 ORCA 的腳本（2節(jié)點48進程）如下：
#!/bin/bash
#SBATCH -n 48
#SBATCH -N 2
#SBATCH -p xxx
#SBATCH -J orca

DIR="$( cd "$DIRNAME" && pwd)"
cd $DIR

#openmpi
export PATH=$HOME/xxx/soft/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/xxx/soft/openmpi/lib

for i in *.inp; do

$HOME/xxx/soft/orca_install/orca $i > ${i%.*}.out

done

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15樓2018-05-31 18:31:01

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