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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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[交流] 【討論】看到一個(gè)gcmc算CO的模型

其中使用的CO的模型如圖片所示，貌似有什么質(zhì)心距離，這個(gè)在ms中不知道怎么實(shí)現(xiàn)，在music中比較好實(shí)現(xiàn)。。。。

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1樓 2011-04-02 21:42:48

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ghcacj

榮譽(yù)版主 (著名寫手)

★ ★ ★
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-04-04 22:45:14

MS應(yīng)該很難實(shí)現(xiàn)，推薦使用普通的CO模型，就是只包含C和O

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2樓2011-04-02 22:01:20

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御劍江湖

榮譽(yù)版主 (著名寫手)

★ ★ ★
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-04-04 22:45:22
zyj8119(金幣+3): 謝謝提示。。。 2011-04-05 08:27:54

學(xué)習(xí)下ms中的help，弱弱的揣測一下，質(zhì)心距離能否理解為原子對半徑加鍵長，如果是就不難了。

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3樓2011-04-02 22:59:11

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zyj8119

木蟲 (著名寫手)

引用回帖:

Originally posted by ghcacj at 2011-04-02 22:01:20:
MS應(yīng)該很難實(shí)現(xiàn)，推薦使用普通的CO模型，就是只包含C和O

那樣貌似算的就不準(zhǔn)確了。。。

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4樓2011-04-03 14:22:13

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zyj8119

木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-03 21:23:19
zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-04-04 22:45:31
zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-04-04 22:45:53

引用回帖:

Originally posted by 御劍江湖 at 2011-04-02 22:59:11:
學(xué)習(xí)下ms中的help，弱弱的揣測一下，質(zhì)心距離能否理解為原子對半徑加鍵長，如果是就不難了。

質(zhì)心距離估計(jì)是要使用原子量的，[m(c)/(m(c)+m(o))]*l(c-o)距離C的位置。。。

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5樓2011-04-03 14:25:32

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yingbin2010

金蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 711.3
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在線: 66.1小時(shí)
蟲號: 1129411

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zyj8119(金幣+1):謝謝參與

頂起

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7樓2011-04-03 15:11:09

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20002504

至尊木蟲 (知名作家)

應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
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在線: 538.3小時(shí)
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★
zyj8119(金幣+1):謝謝參與

引用回帖:

Originally posted by ghcacj at 2011-04-02 22:01:20:
MS應(yīng)該很難實(shí)現(xiàn)，推薦使用普通的CO模型，就是只包含C和O

支持CO模型��！

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8樓2011-04-03 15:18:47

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zyj8119

木蟲 (著名寫手)

引用回帖:

Originally posted by 20002504 at 2011-04-03 15:18:47:
支持CO模型��！

什么？？？？？

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9樓2011-04-03 15:37:08

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winterz

木蟲 (小有名氣)

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★ ★ ★ ★ ★
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
御劍江湖: 鼓勵回帖 2011-04-03 22:46:55
zh1987hs(金幣+4): 謝謝 2011-04-04 22:45:50
zyj8119(金幣+4): 謝謝建議。。。 2011-04-05 08:27:37

LZ提供的CO模型是一個(gè)4-site模型，其中有兩個(gè)虛原子位表示負(fù)電荷。MS里面好像還不能設(shè)置虛原子位，它里面所用的力場模型均是All-atom模型，再說LJ參數(shù)修改也不是太方便。
許多人使用MS做MC或MD模擬一開始都是為了圖個(gè)方便，可是在做研究的過程中真正需要我們對參數(shù)customized的時(shí)候MS又顯得比較雞肋。所以還是使用像MUSIC、towhee這樣的軟件來實(shí)現(xiàn)這種4-site CO模型要好一些的。

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10樓2011-04-03 16:44:14

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ghcacj

榮譽(yù)版主 (著名寫手)

zyj8119(金幣+5): 是版主吧，ls說的沒啥道理，ls就是我吧？ 2011-04-04 15:48:23

LS說的有道理

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11樓2011-04-03 19:14:32

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簡單回復(fù)

yyp_1236樓

2011-04-03 14:44 回復(fù)

zyj8119(金幣+1):謝謝參與

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